More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_0788 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_3941  NAD-dependent epimerase/dehydratase  91.15 
 
 
342 aa  645    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.438556 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0788  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
342 aa  710    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.266201  normal  0.21169 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3193  NAD-dependent epimerase/dehydratase  72.73 
 
 
342 aa  528  1e-149  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000177376  hitchhiker  0.0000622856 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1108  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  70.76 
 
 
342 aa  519  1e-146  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5187  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.12 
 
 
350 aa  511  1e-143  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3132  NAD-dependent epimerase/dehydratase  68.14 
 
 
347 aa  506  9.999999999999999e-143  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.239685  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0570  NAD-dependent epimerase/dehydratase  70.8 
 
 
353 aa  503  1e-141  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0601377  normal  0.103625 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2147  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.71 
 
 
342 aa  462  1e-129  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.538907  hitchhiker  0.000599316 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4971  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.65 
 
 
352 aa  410  1e-113  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0026  epimerase/dehydratase  57.06 
 
 
351 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1655  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.76 
 
 
351 aa  404  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.428497 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2180  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.59 
 
 
351 aa  394  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.865242  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2385  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.41 
 
 
349 aa  340  1e-92  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3093  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.7 
 
 
350 aa  341  1e-92  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2157  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50 
 
 
336 aa  338  9.999999999999999e-92  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.523915  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2946  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.53 
 
 
346 aa  327  2.0000000000000001e-88  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0355882  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.75 
 
 
349 aa  319  3e-86  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0435  epimerase/dehydratase family protein, putative  47.94 
 
 
353 aa  316  3e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0291791  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1564  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.34 
 
 
346 aa  316  4e-85  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.697204 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0070  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.45 
 
 
338 aa  313  2.9999999999999996e-84  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.214439  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0638  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  51.33 
 
 
347 aa  312  4.999999999999999e-84  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.531653  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0214  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.15 
 
 
342 aa  311  1e-83  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.378919  normal  0.293641 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0367  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.85 
 
 
340 aa  310  2e-83  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.134105  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3387  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.35 
 
 
353 aa  300  2e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.718202  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0378  putative epimerase/dehydratase family protein  43.66 
 
 
326 aa  276  2e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0067  UDP-glucose 4-epimerase  39.71 
 
 
346 aa  222  6e-57  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2038  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  39.71 
 
 
344 aa  222  7e-57  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1474  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.03 
 
 
322 aa  220  3e-56  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00013526  normal  0.0975355 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4217  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.4 
 
 
348 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4539  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.29 
 
 
356 aa  211  2e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.049862  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2553  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.6 
 
 
342 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.5 
 
 
368 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5138  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.64 
 
 
459 aa  189  5e-47  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1046  putative sugar nucleotide epimerase/dehydratase  36.83 
 
 
345 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2465  DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase  33.43 
 
 
724 aa  185  1.0000000000000001e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2240  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.14 
 
 
342 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.87 
 
 
510 aa  182  8.000000000000001e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0579282  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.89 
 
 
501 aa  176  4e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.770644  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.81 
 
 
330 aa  162  9e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.591198 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14191  hypothetical protein  32.39 
 
 
352 aa  159  5e-38  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4449  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.44 
 
 
312 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179885  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5133  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.23 
 
 
328 aa  156  4e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.54 
 
 
312 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1543  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.6 
 
 
346 aa  150  3e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14431  putative nucleoside-diphosphate sugar epimerase  33.69 
 
 
315 aa  145  8.000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1115  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.54 
 
 
315 aa  144  2e-33  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.325994  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5633  putative sugar-nucleotide epimerase/dehydratase  32.06 
 
 
312 aa  139  8.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1228  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.04 
 
 
325 aa  137  3.0000000000000003e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0794  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  32.39 
 
 
337 aa  135  9.999999999999999e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1074  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.8 
 
 
325 aa  123  5e-27  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1226  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.06 
 
 
310 aa  102  7e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.29106  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0873  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.53 
 
 
319 aa  101  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4919  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.75 
 
 
309 aa  98.6  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5423  UDP-glucose 4-epimerase  32.53 
 
 
328 aa  98.6  2e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0946684  normal  0.770282 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1845  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.06 
 
 
321 aa  96.3  7e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4249  UDP-galactose 4-epimerase  32.96 
 
 
327 aa  94.7  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.444052 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0958  ADP-glyceromanno-heptose 6-epimerase precursor  26.03 
 
 
314 aa  94.7  2e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.257763  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1762  HrEpiB  27.62 
 
 
313 aa  93.6  4e-18  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1861  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.76 
 
 
310 aa  92.4  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1887  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.76 
 
 
310 aa  92.4  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1425  HrEpiB  27.3 
 
 
312 aa  91.7  2e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.01 
 
 
328 aa  90.9  3e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.95 
 
 
327 aa  90.9  3e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1324  UDP-glucose 4-epimerase  29.47 
 
 
330 aa  87  4e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1555  UDP-glucose 4-epimerase  29.47 
 
 
330 aa  87  4e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3550  UDP-galactose 4-epimerase  30.04 
 
 
355 aa  86.7  6e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.211522 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.32 
 
 
333 aa  84.7  0.000000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1352  UDP-glucose 4-epimerase  28.07 
 
 
329 aa  84  0.000000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5674  UDP-galactose 4-epimerase  29.45 
 
 
337 aa  84  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.304425 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0495  UDP-glucose 4-epimerase  30.4 
 
 
336 aa  84  0.000000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0777  UDP-galactose 4-epimerase  31.9 
 
 
329 aa  83.6  0.000000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.107594  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0668  UDP-glucose 4-epimerase  29.85 
 
 
319 aa  83.2  0.000000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0718222 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3722  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.47 
 
 
335 aa  82.4  0.000000000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.2 
 
 
334 aa  82.8  0.000000000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000232422 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2635  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.15 
 
 
301 aa  82.4  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0182  UDP-glucose 4-epimerase  29.49 
 
 
342 aa  82.4  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1970  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.48 
 
 
326 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1410  UDP-glucose 4-epimerase  28.28 
 
 
339 aa  81.3  0.00000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.935662  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4205  UDP-glucose 4-epimerase  27.99 
 
 
318 aa  81.6  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0163  UDP-galactose 4-epimerase  29.15 
 
 
331 aa  81.6  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.507846  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3208  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.95 
 
 
305 aa  81.6  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2141  UDP-glucose 4-epimerase  29.66 
 
 
334 aa  81.3  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.955109  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5545  UDP-glucose 4-epimerase  26.35 
 
 
338 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0306452 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5131  UDP-glucose 4-epimerase  26.35 
 
 
338 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0518622  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2302  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
324 aa  81.3  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00284498  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5146  UDP-glucose 4-epimerase  26.35 
 
 
338 aa  80.5  0.00000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.370805  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3503  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.33 
 
 
305 aa  80.5  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.284627  normal  0.304457 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1065  UDP-glucose 4-epimerase  27.59 
 
 
336 aa  80.5  0.00000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.319648 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3691  UDP-glucose 4-epimerase  26.96 
 
 
319 aa  80.5  0.00000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1224  UDP-glucose 4-epimerase  26.55 
 
 
328 aa  80.1  0.00000000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00236591  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5588  UDP-glucose 4-epimerase  24.92 
 
 
338 aa  80.1  0.00000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0652  UDP-galactose 4-epimerase  28.83 
 
 
328 aa  80.1  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.276662  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5636  UDP-glucose 4-epimerase  24.92 
 
 
338 aa  80.1  0.00000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.2 
 
 
310 aa  79.7  0.00000000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1293  UDP-glucose 4-epimerase  29.31 
 
 
336 aa  79.7  0.00000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.606002  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3247  UDP-glucose 4-epimerase  29.04 
 
 
338 aa  79.3  0.00000000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5568  UDP-glucose 4-epimerase  27.46 
 
 
337 aa  79  0.0000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1173  UDP-galactose-4-epimerase  28.24 
 
 
338 aa  79  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0628  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.77 
 
 
334 aa  79  0.0000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0368  UDP-glucose 4-epimerase  25 
 
 
323 aa  78.6  0.0000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>