More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4204 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_4204  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 541 aa  1092    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2717  AMP-dependent synthetase and ligase  39.12 
 
 		 544 aa  321  1.9999999999999998e-86  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4949  acyl-CoA synthetase  33.01 
 
 		 521 aa  207  5e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2819  acyl-CoA synthetase  32.06 
 
 		 529 aa  203  7e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.427573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4178  acyl-CoA synthetase  30 
 
 		 520 aa  200  6e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4674  acyl-CoA synthetase  31.08 
 
 		 531 aa  197  4.0000000000000005e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1196  AMP-dependent synthetase and ligase  32.4 
 
 		 515 aa  197  5.000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.952184  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5942  AMP-dependent synthetase and ligase  34.86 
 
 		 516 aa  193  6e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0972  acyl-CoA synthetase  30.84 
 
 		 502 aa  193  7e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.534904 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  32.2 
 
 		 517 aa  192  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  31.71 
 
 		 525 aa  192  2e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2625  acyl-CoA synthetase  34.9 
 
 		 521 aa  190  4e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.425719  normal  0.937702 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1730  AMP-dependent synthetase and ligase  31.54 
 
 		 516 aa  189  8e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2862  acyl-CoA synthetase  31.39 
 
 		 528 aa  188  2e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3788  acyl-CoA synthetase  30.75 
 
 		 523 aa  187  5e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1869  acyl-CoA synthetase  32.45 
 
 		 520 aa  185  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.895381  normal  0.153581 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  36.07 
 
 		 534 aa  185  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.55948  normal  0.800046 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  29.35 
 
 		 520 aa  184  3e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  31.37 
 
 		 511 aa  183  7e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  32.57 
 
 		 509 aa  182  1e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4698  AMP-dependent synthetase and ligase  32.78 
 
 		 498 aa  181  2.9999999999999997e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.796454  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  28.6 
 
 		 509 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0177  putative ligase  31.01 
 
 		 514 aa  180  7e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.709782 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2990  acyl-CoA synthetase  30.69 
 
 		 521 aa  179  9e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.475631  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2485  AMP-dependent synthetase and ligase  35.44 
 
 		 534 aa  179  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2662  acyl-CoA synthetase  36.6 
 
 		 521 aa  178  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0929684  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5034  AMP-dependent synthetase and ligase  28.57 
 
 		 517 aa  178  3e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5826  AMP-dependent synthetase and ligase  28.57 
 
 		 517 aa  178  3e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4353  AMP-dependent synthetase and ligase  28.57 
 
 		 517 aa  177  4e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6162  AMP-dependent synthetase and ligase  33.49 
 
 		 487 aa  176  8e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  32.21 
 
 		 503 aa  176  9e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3499  AMP-dependent synthetase and ligase  29.38 
 
 		 715 aa  176  9.999999999999999e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0487317 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  29.01 
 
 		 490 aa  175  1.9999999999999998e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  29.35 
 
 		 518 aa  175  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5381  AMP-dependent synthetase and ligase  34.58 
 
 		 510 aa  174  2.9999999999999996e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0538  AMP-dependent synthetase and ligase  30.98 
 
 		 496 aa  174  3.9999999999999995e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.84176  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17150  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  26.82 
 
 		 828 aa  174  3.9999999999999995e-42  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.488876  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2745  AMP-dependent synthetase and ligase  33.24 
 
 		 519 aa  174  5e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000193004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6394  AMP-dependent synthetase and ligase  28.31 
 
 		 517 aa  173  6.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178832  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3890  AMP-dependent synthetase and ligase  34.82 
 
 		 517 aa  173  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0529507  normal  0.227811 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5134  acyl-CoA synthetase / AMP-dependent synthetase and ligase  31.93 
 
 		 517 aa  172  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.93936 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4882  AMP-dependent synthetase and ligase  30.42 
 
 		 521 aa  172  1e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2871  AMP-dependent synthetase and ligase  33.24 
 
 		 521 aa  171  2e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.565408  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1837  AMP-dependent synthetase and ligase  28.4 
 
 		 518 aa  172  2e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.963932  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5871  AMP-dependent synthetase and ligase  32.13 
 
 		 545 aa  170  6e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3976  AMP-dependent synthetase and ligase  28.93 
 
 		 546 aa  170  7e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0234  AMP-dependent synthetase and ligase  27.08 
 
 		 843 aa  170  7e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000591284  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0798  AMP-dependent synthetase and ligase  31.69 
 
 		 499 aa  170  8e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0321  AMP-dependent synthetase and ligase  32.29 
 
 		 503 aa  169  8e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.289675  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  29.45 
 
 		 515 aa  169  9e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  29.3 
 
 		 518 aa  169  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1095  AMP-dependent synthetase and ligase  31.01 
 
 		 518 aa  169  1e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.997125 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  32.57 
 
 		 515 aa  169  1e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0789  AMP-dependent synthetase and ligase  27.01 
 
 		 553 aa  169  1e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.109867  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1515  AMP-dependent synthetase and ligase  34.93 
 
 		 515 aa  168  2e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00288915  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1538  AMP-dependent synthetase and ligase  34.93 
 
 		 515 aa  168  2e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2038  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  29.13 
 
 		 565 aa  167  4e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4472  AMP-dependent synthetase and ligase  31.99 
 
 		 517 aa  166  8e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2867  AMP-dependent synthetase and ligase  31.27 
 
 		 552 aa  166  1.0000000000000001e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  29.59 
 
 		 516 aa  166  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  31.64 
 
 		 523 aa  165  2.0000000000000002e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2532  AMP-dependent synthetase and ligase  31.35 
 
 		 521 aa  164  3e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0311  AMP-dependent synthetase and ligase  29.44 
 
 		 501 aa  164  3e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0140314 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1103  AMP-binding domain protein  31.82 
 
 		 552 aa  164  4.0000000000000004e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0442  AMP-binding domain protein  32.86 
 
 		 571 aa  164  4.0000000000000004e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.89643  normal  0.841381 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 536 aa  164  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000011697 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  28.54 
 
 		 515 aa  164  4.0000000000000004e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2032  AMP-dependent synthetase and ligase  30.28 
 
 		 551 aa  164  4.0000000000000004e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.367958 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0749  AMP-dependent synthetase and ligase  30.17 
 
 		 512 aa  162  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1667  AMP-binding domain protein  27.8 
 
 		 549 aa  162  1e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.327549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1909  acyl-CoA synthetase  28.88 
 
 		 521 aa  162  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  31.43 
 
 		 520 aa  162  1e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4738  AMP-dependent synthetase and ligase  28.44 
 
 		 539 aa  161  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.256457  normal  0.674597 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2821  AMP-binding domain protein  27.62 
 
 		 552 aa  162  2e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.187557 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4818  AMP-binding domain protein  29.88 
 
 		 540 aa  161  2e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4822  AMP-dependent synthetase and ligase  33.99 
 
 		 504 aa  162  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0169  AMP-dependent synthetase and ligase  34.38 
 
 		 554 aa  161  2e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.38937  normal  0.394655 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1650  AMP-binding domain protein  28.57 
 
 		 549 aa  161  3e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0610  AMP-binding domain protein  32.29 
 
 		 570 aa  161  3e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.920315  normal  0.508617 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0318  AMP-binding domain protein  33.05 
 
 		 571 aa  161  3e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.922079  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3475  AMP-dependent synthetase and ligase  31.23 
 
 		 524 aa  161  3e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.440115  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3747  AMP-dependent synthetase and ligase  32.34 
 
 		 514 aa  160  4e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0333  AMP-binding domain protein  32.76 
 
 		 571 aa  160  7e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0403  AMP-binding domain protein  27.48 
 
 		 550 aa  160  7e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.493287  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10561  acyl-CoA synthetase  30.15 
 
 		 571 aa  159  8e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0256349 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2327  AMP-dependent synthetase and ligase  31.18 
 
 		 496 aa  159  1e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.940747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1868  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.49 
 
 		 525 aa  159  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.205754 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2959  AMP-binding domain protein  31.79 
 
 		 576 aa  158  2e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2593  AMP-binding domain protein  30.39 
 
 		 574 aa  158  2e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  29.59 
 
 		 515 aa  158  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0734  AMP-dependent synthetase and ligase  33.52 
 
 		 511 aa  159  2e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  33.52 
 
 		 566 aa  159  2e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2392  AMP-dependent synthetase and ligase  32.83 
 
 		 471 aa  158  2e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.459237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3018  AMP-binding domain protein  31.79 
 
 		 576 aa  158  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1584  AMP-binding domain protein  31.79 
 
 		 570 aa  158  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3353  AMP-binding domain protein  31.79 
 
 		 576 aa  158  2e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4121  AMP-dependent synthetase and ligase  30.03 
 
 		 505 aa  159  2e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.396047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  29.97 
 
 		 495 aa  157  3e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3966  AMP-binding domain protein  31.79 
 
 		 576 aa  158  3e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4040  AMP-binding domain protein  31.79 
 
 		 576 aa  158  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>