More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3728 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3728  response regulator receiver protein  100 
 
 		 128 aa  255  1e-67  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.445342 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1003  response regulator receiver protein  86.72 
 
 		 128 aa  218  1.9999999999999999e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0845  response regulator receiver protein  64.96 
 
 		 125 aa  158  3e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.455865  normal  0.167506 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3942  response regulator receiver protein  64.66 
 
 		 163 aa  157  6e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1560  response regulator receiver protein  62.39 
 
 		 129 aa  147  4e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0315  response regulator receiver protein  59.48 
 
 		 138 aa  139  1.9999999999999998e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.198988 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0627  response regulator receiver protein  45.45 
 
 		 163 aa  110  6e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.143116  hitchhiker  0.00307044 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0761  two component transcriptional regulator  49.14 
 
 		 229 aa  108  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179681 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5515  response regulator receiver protein  49.57 
 
 		 134 aa  107  5e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2041  DNA-binding response regulator  46.15 
 
 		 225 aa  107  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0972255  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1772  response regulator  45.08 
 
 		 254 aa  106  1e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2062  DNA-binding response regulator  46.15 
 
 		 225 aa  105  1e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000169038  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1991  DNA-binding response regulator  45.08 
 
 		 254 aa  106  1e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.9362699999999994e-45 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3742  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.44 
 
 		 263 aa  105  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3000  response regulator receiver protein  40.52 
 
 		 124 aa  105  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1790  response regulator  44.26 
 
 		 254 aa  105  3e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0306127  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4445  two component transcriptional regulator  46.55 
 
 		 229 aa  105  3e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.14031 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02441  two-component response regulator  43.44 
 
 		 242 aa  104  4e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.72299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1537  two component LuxR family transcriptional regulator  43.44 
 
 		 242 aa  104  4e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1498  two component transcriptional regulator  44.44 
 
 		 247 aa  104  4e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.220919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0095  two component transcriptional regulator  44.44 
 
 		 249 aa  104  4e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1816  DNA-binding response regulator  43.44 
 
 		 254 aa  104  5e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1962  DNA-binding response regulator  46.15 
 
 		 225 aa  103  5e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.597164  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1955  DNA-binding response regulator  43.44 
 
 		 228 aa  104  5e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1824  two component transcriptional regulator  45.3 
 
 		 225 aa  103  8e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.529032  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1936  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.59 
 
 		 246 aa  102  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1963  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.59 
 
 		 246 aa  102  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.470012 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0508  response regulator receiver domain-containing protein  38.98 
 
 		 121 aa  102  1e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.481314  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3366  DNA-binding response regulator  46.15 
 
 		 225 aa  103  1e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.166078  hitchhiker  0.00000000000000126215 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0734  response regulator receiver protein  42.74 
 
 		 127 aa  102  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2107  two component LuxR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 245 aa  103  1e-21  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1555  response regulator receiver protein  41.38 
 
 		 121 aa  102  1e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4937  two component transcriptional regulator  44.44 
 
 		 257 aa  102  1e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.565868 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01871  two-component response regulator  43.8 
 
 		 242 aa  102  2e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2401  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  45.13 
 
 		 229 aa  102  2e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4952  response regulator receiver protein  38.98 
 
 		 121 aa  101  4e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.699568  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2427  two component LuxR family transcriptional regulator  42.98 
 
 		 245 aa  101  4e-21  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.27075  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.98 
 
 		 234 aa  101  4e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.178035  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.35 
 
 		 1002 aa  100  5e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5207  winged helix family two component transcriptional regulator  42.74 
 
 		 247 aa  100  5e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3637  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.88 
 
 		 246 aa  100  5e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2951  two component transcriptional regulator  44.54 
 
 		 236 aa  100  7e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3302  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.9 
 
 		 231 aa  100  7e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000343135 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0951  response regulator receiver protein  44.54 
 
 		 239 aa  100  8e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000111905  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2267  two component transcriptional regulator, AraC family  42.11 
 
 		 265 aa  99.8  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00808217 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1696  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.1 
 
 		 224 aa  99.4  1e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1181  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.24 
 
 		 234 aa  100  1e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00335068 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1011  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.09 
 
 		 231 aa  99.8  1e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01871  two-component response regulator  43.33 
 
 		 242 aa  99  2e-20  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.528311  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3577  two component transcriptional regulator  45.69 
 
 		 232 aa  98.6  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.70324 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0098  two component transcriptional regulator  44.74 
 
 		 229 aa  99  2e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.761303  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1501  response regulator receiver protein  39.34 
 
 		 132 aa  98.6  2e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.153095  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27181  two-component response regulator  45.05 
 
 		 233 aa  98.6  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20650  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  44.92 
 
 		 231 aa  98.6  2e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0260682  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1518  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 767 aa  98.2  3e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0706082  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2155  CheA signal transduction histidine kinase  36.29 
 
 		 1609 aa  98.6  3e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0609  DNA-binding response regulator  38.66 
 
 		 231 aa  98.2  3e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000282114  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3248  response regulator receiver protein  37.93 
 
 		 121 aa  98.6  3e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.500247 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1911  two component transcriptional regulator  43.31 
 
 		 229 aa  97.8  4e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.258551 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0623  DNA-binding response regulator  38.66 
 
 		 231 aa  98.2  4e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000212568  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0707  two component transcriptional regulator  43.48 
 
 		 232 aa  97.8  4e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1504  two component transcriptional regulator  41.6 
 
 		 231 aa  97.8  5e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.263867  normal  0.57819 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0717  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.11 
 
 		 242 aa  97.4  6e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000387016 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3747  response regulator receiver protein  36.97 
 
 		 121 aa  97.4  6e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1866  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.13 
 
 		 326 aa  97.1  7e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1944  two component transcriptional regulator  40.87 
 
 		 238 aa  97.1  7e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0171  two component LuxR family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 242 aa  97.1  7e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.35 
 
 		 235 aa  97.1  8e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1632  response regulator receiver  39.34 
 
 		 123 aa  97.1  8e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3303  two component transcriptional regulator  43.97 
 
 		 229 aa  97.1  8e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000702519  hitchhiker  0.00000106408 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0150  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  42.62 
 
 		 1177 aa  96.7  9e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2892  two component transcriptional regulator  44.55 
 
 		 227 aa  96.7  9e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0239565 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3737  two component transcriptional regulator  41.27 
 
 		 231 aa  96.7  1e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00273603 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2396  CheA signal transduction histidine kinase  38.98 
 
 		 1832 aa  96.7  1e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.412957 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1955  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.61 
 
 		 236 aa  96.3  1e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.295041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2387  two component transcriptional regulator  45.13 
 
 		 229 aa  96.7  1e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00115026  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1311  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.33 
 
 		 776 aa  96.3  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.103963 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01891  two-component response regulator  41.67 
 
 		 242 aa  96.3  1e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.991625  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2709  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.13 
 
 		 236 aa  96.3  1e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0011921  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0135  DNA-binding response regulator  39.66 
 
 		 230 aa  95.9  2e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03422  hypothetical protein  41.6 
 
 		 1128 aa  95.9  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01981  two-component response regulator  41.67 
 
 		 242 aa  95.9  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.125891  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1887  adenylate/guanylate cyclase  43.59 
 
 		 403 aa  95.9  2e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.522729 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5311  two component transcriptional regulator  47.41 
 
 		 246 aa  95.9  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.554395  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0444  DNA-binding response regulator  42.98 
 
 		 233 aa  95.9  2e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0393  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.8 
 
 		 227 aa  94.7  3e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.202895 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0804  two component LuxR family transcriptional regulator  42.98 
 
 		 204 aa  95.1  3e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1220  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.52 
 
 		 233 aa  95.1  3e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00991602 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4050  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.06 
 
 		 227 aa  94.7  4e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00552008  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2308  response regulator receiver protein  38.79 
 
 		 123 aa  94.7  4e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002587  chitin catabolic cascade sensor histidine kinase ChiS  40.8 
 
 		 1111 aa  94.7  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1873  response regulator receiver  44.25 
 
 		 326 aa  94.4  4e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.402703 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2625  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.6 
 
 		 237 aa  94.7  4e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00000254862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4207  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.04 
 
 		 247 aa  94.4  4e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0170  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.35 
 
 		 232 aa  94.4  5e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0783  two component transcriptional regulator  40.35 
 
 		 231 aa  94.4  5e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0399  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 272 aa  94.4  5e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.802217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1538  phosphate regulon transcriptional regulatory protein  44.35 
 
 		 228 aa  94.4  5e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.280381 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0589  response regulator receiver modulated serine phosphatase  42.02 
 
 		 371 aa  94.4  5e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.420228  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4150  response regulator receiver protein  39.06 
 
 		 125 aa  94  6e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.583085 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>