More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1683 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1683  hypothetical protein  100 
 
 		 349 aa  681    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0813742  normal  0.467765 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2218  aminotransferase class V  56.73 
 
 		 426 aa  333  2e-90  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.245886  normal  0.0443202 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0328  class-V aminotransferase  43.4 
 
 		 409 aa  227  2e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.827083  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0198  aminotransferase class V  41.18 
 
 		 376 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13731  hypothetical protein  36.73 
 
 		 390 aa  143  4e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.931634  normal  0.801703 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4836  aminotransferase class V  32.94 
 
 		 363 aa  137  3.0000000000000003e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0889282  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5246  aminotransferase, class V  36 
 
 		 375 aa  135  7.000000000000001e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.728541  normal  0.933363 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4878  aminotransferase, class V  36 
 
 		 375 aa  135  7.000000000000001e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4967  aminotransferase, class V  36 
 
 		 375 aa  135  7.000000000000001e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1319  aminotransferase, class V  30.67 
 
 		 370 aa  130  3e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.415284 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5482  aminotransferase, class V  32.24 
 
 		 359 aa  128  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0362995  normal  0.199376 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0981  aminotransferase class V  32.67 
 
 		 369 aa  114  2.0000000000000002e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.024687  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0665  aminotransferase class V  31.15 
 
 		 393 aa  108  1e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17050  selenocysteine lyase  29.45 
 
 		 403 aa  97.8  3e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5187  class-V aminotransferase  31.91 
 
 		 395 aa  96.3  8e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0167126 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5724  aminotransferase class V  27.83 
 
 		 393 aa  94.7  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8515  aminotransferase class V  26.67 
 
 		 401 aa  93.6  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.372361  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5012  aminotransferase class V  27.35 
 
 		 407 aa  92.8  8e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1973  aminotransferase class V  30.09 
 
 		 388 aa  92.4  1e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00000551025  unclonable  0.0000000445037 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1213  aminotransferase class V  27.87 
 
 		 393 aa  90.1  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.145189  normal  0.43356 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1811  aminotransferase class V  26.92 
 
 		 395 aa  89.7  6e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0747034  hitchhiker  0.00000000219699 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4543  aminotransferase class V  27.27 
 
 		 391 aa  87.8  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.119486 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4802  aminotransferase class V  27.64 
 
 		 391 aa  84.3  0.000000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3537  putative acetyltransferase  24.05 
 
 		 413 aa  78.2  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3189  aminotransferase class V  30.29 
 
 		 395 aa  77  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0446286 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1785  aminotransferase class V  30.48 
 
 		 394 aa  70.5  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.895354  normal  0.926046 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4359  aminotransferase, class V  25.07 
 
 		 393 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2502  aminotransferase class V  24.44 
 
 		 399 aa  68.6  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.207929  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4268  class-V aminotransferase  31.48 
 
 		 430 aa  66.6  0.0000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.51395 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1377  aminotransferase, class V  27.38 
 
 		 390 aa  65.9  0.0000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446242 
 
 
-
 
NC_003296  RS01753  putative isopenicillin N epimerase protein  29.62 
 
 		 419 aa  65.9  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.73332  normal  0.379334 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1257  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  28.31 
 
 		 403 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0721  aminotransferase class V  25.83 
 
 		 389 aa  62.8  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3088  aminotransferase class V  28.85 
 
 		 374 aa  62.4  0.00000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2612  aminotransferase class V  29.09 
 
 		 399 aa  62  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0710  SufS subfamily cysteine desulfurase  25.44 
 
 		 414 aa  61.6  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.548374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3584  aminotransferase class V  27.05 
 
 		 388 aa  61.6  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2304  aminotransferase class V  30.99 
 
 		 379 aa  60.8  0.00000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  hitchhiker  0.00866664  normal  0.420378 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8801  aminotransferase class V  29.7 
 
 		 413 aa  60.5  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.778555 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0409  SufS subfamily cysteine desulfurase  24.27 
 
 		 412 aa  60.1  0.00000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1529  cysteine sulfinate desulfinase  26.84 
 
 		 401 aa  59.7  0.00000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.126316  normal  0.13044 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1367  aminotransferase  29.06 
 
 		 377 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.699195  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1288  aminotransferase class V  32.26 
 
 		 393 aa  59.3  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.322266  normal  0.40407 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0692  aminotransferase, class V  29.88 
 
 		 347 aa  58.9  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0756141  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1138  aminotransferase class V  27.14 
 
 		 401 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.787846 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3297  aminotransferase, class V  26.61 
 
 		 393 aa  58.5  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.245647 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3800  aminotransferase class V  30.56 
 
 		 433 aa  58.2  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0698  aminotransferase, class V  29.41 
 
 		 347 aa  58.5  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4195  aminotransferase, class V  26.84 
 
 		 401 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.836408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1204  cysteine desulfurase family protein  29.95 
 
 		 381 aa  58.2  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.515711 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0712  aminotransferase, class V  29.41 
 
 		 347 aa  58.5  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0520963 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2941  aminotransferase class V  22.46 
 
 		 384 aa  57.4  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0306  SufS subfamily cysteine desulfurase  26.11 
 
 		 414 aa  57.4  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0801844 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1763  class V aminotransferase  23.93 
 
 		 381 aa  57.8  0.0000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2443  cysteine desulfurase IscS  31.1 
 
 		 406 aa  57.8  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0767  aminotransferase class V  24.08 
 
 		 404 aa  57  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.815381 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0173  aminotransferase class V  26.16 
 
 		 382 aa  56.2  0.0000007  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04996  cysteine desulfurase  23.46 
 
 		 476 aa  56.6  0.0000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001209  aminotransferase ScrA  22.13 
 
 		 469 aa  56.2  0.0000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4866  aminotransferase, class V  26.25 
 
 		 401 aa  56.2  0.0000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.403598  unclonable  0.000000172014 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1756  aminotransferase class V  21.33 
 
 		 438 aa  56.2  0.0000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.60376  normal  0.594036 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4090  aminotransferase class V  30.96 
 
 		 401 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0411  aminotransferase, class V  32.94 
 
 		 357 aa  55.8  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3802  putative aminotransferase  23.78 
 
 		 437 aa  55.8  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.161541  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1527  cysteine sulfinate desulfinase  28.42 
 
 		 401 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.937729  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2318  aminotransferase, class V  25.61 
 
 		 394 aa  54.7  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.698487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1092  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  26.52 
 
 		 430 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4340  aminotransferase class V  26.15 
 
 		 403 aa  53.9  0.000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.390649  normal  0.485462 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_45194  predicted protein  25.64 
 
 		 395 aa  53.5  0.000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0622302  normal  0.609433 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3047  aminotransferase class V  22.74 
 
 		 428 aa  53.5  0.000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.500863  normal  0.146829 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1569  cysteine desulfurase IscS  30.77 
 
 		 414 aa  53.1  0.000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.647921  normal  0.752048 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1868  aminotransferase, class V  27.78 
 
 		 380 aa  53.1  0.000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0536  SufS subfamily cysteine desulfurase  26.15 
 
 		 416 aa  53.1  0.000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4129  aminotransferase class V  34.73 
 
 		 376 aa  52.8  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0892  cysteine desulfurase, SufS subfamily  33.56 
 
 		 429 aa  52.8  0.000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0805  aminotransferase class V  21.79 
 
 		 395 aa  52.8  0.000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1019  pyridoxal-phosphate-dependent aminotransferase (NIFS protein)  27.47 
 
 		 405 aa  52.4  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.103423  normal  0.217288 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1512  aminotransferase class V  23.51 
 
 		 896 aa  52.4  0.00001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0374099 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1244  cysteine desulfurase  27.49 
 
 		 404 aa  52  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.560354  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1335  aminotransferase, class V  28.42 
 
 		 413 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.11336 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2487  cysteine desulphurases, SufS  24.61 
 
 		 420 aa  52.4  0.00001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2424  cysteine desulfurase  30.83 
 
 		 404 aa  52.8  0.00001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0896  cysteine desulfurase, SufS subfamily  33.56 
 
 		 429 aa  52.4  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.825531  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2698  cysteine desulfurase  26.92 
 
 		 404 aa  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.016381  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0778  aminotransferase class V  23.53 
 
 		 395 aa  51.6  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3301  aminotransferase, class V  33.92 
 
 		 439 aa  51.6  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.207407 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5541  aminotransferase, class V  23.93 
 
 		 394 aa  51.6  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1729  cysteine desulfurase family protein  30 
 
 		 385 aa  51.6  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000242055  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2412  cysteine desulfurase IscS  28.3 
 
 		 403 aa  51.6  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2742  cysteine desulfurase  26.92 
 
 		 404 aa  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.46384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1638  cysteine desulfurase IscS  28.04 
 
 		 406 aa  51.6  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0846  SufS subfamily cysteine desulfurase  28.8 
 
 		 429 aa  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.411085  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2434  cysteine desulfurase  32.73 
 
 		 387 aa  52  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.438473  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1444  cysteine desulfurase IscS  30 
 
 		 417 aa  51.2  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0139838 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1458  cysteine desulfurase  30.58 
 
 		 404 aa  51.6  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.586038  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0277  cysteine desulfurase  28.49 
 
 		 404 aa  51.6  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0284858  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2805  cysteine desulfurase  26.92 
 
 		 404 aa  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2783  cysteine desulfurase  26.92 
 
 		 404 aa  51.6  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0158517  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2917  cysteine desulfurase  26.92 
 
 		 404 aa  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2144  cysteine desulfurase IscS  27.13 
 
 		 406 aa  52  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00124025 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>