More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1529 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_4195  aminotransferase, class V  99 
 
 		 401 aa  792    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.836408  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1529  cysteine sulfinate desulfinase  100 
 
 		 401 aa  800    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.126316  normal  0.13044 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1092  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  80.65 
 
 		 430 aa  636    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4090  aminotransferase class V  92.27 
 
 		 401 aa  738    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1138  aminotransferase class V  94.51 
 
 		 401 aa  758    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.787846 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1527  cysteine sulfinate desulfinase  79.35 
 
 		 401 aa  626  1e-178  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.937729  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1335  aminotransferase, class V  77.33 
 
 		 413 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.11336 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3060  aminotransferase, class V  75.06 
 
 		 407 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.349128  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39100  cysteine desulfurase, sufS  72.57 
 
 		 449 aa  540  9.999999999999999e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0233253  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1472  putative pyridoxal-phosphate dependent enzyme  67.58 
 
 		 401 aa  535  1e-151  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16930  putative pyridoxal-phosphate dependent enzyme  67.33 
 
 		 401 aa  533  1e-150  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00364141  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3154  SufS subfamily cysteine desulfurase  45.48 
 
 		 417 aa  358  9.999999999999999e-98  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1896  aminotransferase, class V  44.91 
 
 		 404 aa  357  2.9999999999999997e-97  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4450  aminotransferase class V  47.26 
 
 		 405 aa  353  2.9999999999999997e-96  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.728371  hitchhiker  0.000499767 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0735  SufS subfamily cysteine desulfurase  47.28 
 
 		 403 aa  349  4e-95  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1445  cysteine desulfurase  43.83 
 
 		 405 aa  347  2e-94  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2777  aminotransferase, class V  45.83 
 
 		 409 aa  347  2e-94  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1512  cysteine desulfurase SufS  43.83 
 
 		 405 aa  346  3e-94  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0859  SufS subfamily cysteine desulfurase  44.61 
 
 		 403 aa  346  5e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002694  cysteine desulfurase  42.43 
 
 		 403 aa  343  2e-93  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0644  cysteine desulfurases, SufS subfamily protein  42.57 
 
 		 420 aa  343  2.9999999999999997e-93  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3789  aminotransferase, class V  45.02 
 
 		 456 aa  340  2e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1236  SufS subfamily cysteine desulfurase  44.83 
 
 		 413 aa  339  5e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.321654  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1762  SufS subfamily cysteine desulfurase  44.09 
 
 		 572 aa  339  5e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3131  cysteine desulfurase  45.27 
 
 		 415 aa  338  7e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0767  SufS subfamily cysteine desulfurase  44.11 
 
 		 403 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5086  cysteine desulfurase SufS  42.57 
 
 		 406 aa  336  3.9999999999999995e-91  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4690  aminotransferase, class V; cysteine desulfhydrase  42.57 
 
 		 406 aa  336  3.9999999999999995e-91  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3227  SufS subfamily cysteine desulfurase  44.22 
 
 		 662 aa  336  3.9999999999999995e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.545837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0836  cysteine desulfurase  45.27 
 
 		 415 aa  335  7e-91  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0906  SufS subfamily cysteine desulfurase  45.32 
 
 		 425 aa  335  7.999999999999999e-91  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.601083 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1608  cysteine desulfurase, SufS subfamily  43.72 
 
 		 657 aa  334  1e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0743  SufS subfamily cysteine desulfurase  44.61 
 
 		 445 aa  333  3e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0690  cysteine desulfurase  42.29 
 
 		 405 aa  333  3e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.144442  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3507  cysteine desulfurase, SufS subfamily  44.36 
 
 		 445 aa  333  3e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0117  cysteine desulfurase SufS  42.32 
 
 		 406 aa  333  4e-90  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5123  cysteine desulfurase SufS  42.32 
 
 		 406 aa  333  4e-90  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0415456  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5118  aminotransferase, class V  42.57 
 
 		 406 aa  332  5e-90  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4849  aminotransferase, class V  42.57 
 
 		 406 aa  332  5e-90  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4705  aminotransferase, class V, cysteine desulfhydrase  42.57 
 
 		 406 aa  332  5e-90  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0808  cysteine desulfurase  45.61 
 
 		 415 aa  332  6e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5215  aminotransferase, class V  42.57 
 
 		 406 aa  332  9e-90  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01360  Selenocysteine lyase/Cysteine desulfurase  42.17 
 
 		 405 aa  332  9e-90  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0772728  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4272  SufS subfamily cysteine desulfurase  42.93 
 
 		 451 aa  331  1e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3698  SufS subfamily cysteine desulfurase  44.11 
 
 		 445 aa  331  1e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.348771 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0975  aminotransferase class 5 protein; selenocysteine lyase  41.1 
 
 		 419 aa  331  1e-89  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.18075  normal  0.925491 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4803  SufS subfamily cysteine desulfurase  42.07 
 
 		 406 aa  331  2e-89  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2025  cysteine desulfurase, SufS subfamily  43.63 
 
 		 418 aa  330  2e-89  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3577  SufS subfamily cysteine desulfurase  42.32 
 
 		 406 aa  331  2e-89  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5121  cysteine desulfurase SufS  42.07 
 
 		 406 aa  330  2e-89  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.835968  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3575  SufS subfamily cysteine desulfurase  44.11 
 
 		 445 aa  329  4e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3072  cysteine desulfurase, SufS subfamily  44.33 
 
 		 406 aa  330  4e-89  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0925  cysteine sulfinate desulfinase  45.64 
 
 		 401 aa  328  8e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.002092  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5780  cysteine desulfurase, SufS subfamily  40.95 
 
 		 408 aa  328  1.0000000000000001e-88  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.649929  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0934  aminotransferase, class V  43.47 
 
 		 414 aa  328  1.0000000000000001e-88  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.603819  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0753  SufS subfamily cysteine desulfurase  44.11 
 
 		 420 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0928  aminotransferase, class V  43.47 
 
 		 414 aa  328  1.0000000000000001e-88  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.870705  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0840  SufS subfamily cysteine desulfurase  43.43 
 
 		 437 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.550163  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0854  aminotransferase, class V  42.86 
 
 		 403 aa  327  3e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4655  SufS subfamily cysteine desulfurase  41.16 
 
 		 644 aa  326  4.0000000000000003e-88  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00370812  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1815  selenocysteine lyase  41.28 
 
 		 665 aa  326  5e-88  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.653401  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02661  cysteine sulfinate desulfinase  43.89 
 
 		 401 aa  325  6e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0878  cysteine desulfurase, catalytic subunit CsdA  43.89 
 
 		 401 aa  325  6e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.667139  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0582  SufS subfamily cysteine desulfurase  41.54 
 
 		 404 aa  326  6e-88  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0897789  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0902  cysteine sulfinate desulfinase  43.89 
 
 		 401 aa  325  6e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02622  hypothetical protein  43.89 
 
 		 401 aa  325  6e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1505  cysteine desulfurases, SufS subfamily protein  40.31 
 
 		 425 aa  325  8.000000000000001e-88  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0740826  normal  0.129164 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3060  cysteine sulfinate desulfinase  43.89 
 
 		 401 aa  325  9e-88  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000299944  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4075  cysteine sulfinate desulfinase  43.89 
 
 		 401 aa  325  9e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.023337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03290  hypothetical protein  42.93 
 
 		 403 aa  325  9e-88  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1112  cysteine sulfinate desulfinase/cysteine desulfurase  42.28 
 
 		 417 aa  325  1e-87  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.966588  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3116  cysteine sulfinate desulfinase  43.64 
 
 		 401 aa  324  2e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000009707  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2951  cysteine sulfinate desulfinase  43.64 
 
 		 401 aa  324  2e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00101745  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3379  cysteine sulfinate desulfinase  45.39 
 
 		 401 aa  323  2e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2252  SufS subfamily cysteine desulfurase  42.71 
 
 		 414 aa  324  2e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.766677  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16690  Cysteine desulfurase, SufS-like protein  43.6 
 
 		 604 aa  323  3e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21000  Cysteine desulfurase, SufS-like protein  43.6 
 
 		 604 aa  323  3e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.382512  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2036  cysteine sulfinate desulfinase/cysteine desulfurase  41.54 
 
 		 408 aa  323  3e-87  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0193  cysteine desulfurase, SufS subfamily  40.54 
 
 		 408 aa  322  5e-87  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.70976  normal  0.651856 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2954  cysteine sulfinate desulfinase  43.39 
 
 		 401 aa  323  5e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000519632  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2921  cysteine desulfurase, SufS subfamily  43.16 
 
 		 406 aa  321  9.999999999999999e-87  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0892  cysteine desulfurase, SufS subfamily  43.72 
 
 		 429 aa  322  9.999999999999999e-87  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3259  SufS subfamily cysteine desulfurase  41.28 
 
 		 414 aa  320  1.9999999999999998e-86  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.797453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0995  hypothetical protein  42.03 
 
 		 412 aa  321  1.9999999999999998e-86  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.20271 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0896  cysteine desulfurase, SufS subfamily  43.47 
 
 		 429 aa  320  3e-86  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.825531  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1232  SufS subfamily cysteine desulfurase  42.46 
 
 		 629 aa  319  3.9999999999999996e-86  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.153291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2661  cysteine desulfurase  42.82 
 
 		 626 aa  320  3.9999999999999996e-86  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0591977  normal  0.463261 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1778  SufS subfamily cysteine desulfurase  40.84 
 
 		 413 aa  320  3.9999999999999996e-86  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.169204  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3637  SufS subfamily cysteine desulfurase  40.95 
 
 		 678 aa  319  6e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.51832  normal  0.140258 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0543  SufS subfamily cysteine desulfurase  41.34 
 
 		 679 aa  319  6e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.266344 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5792  SufS subfamily cysteine desulfurase  41.1 
 
 		 641 aa  318  1e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0152868 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1178  SufS subfamily cysteine desulfurase  37.47 
 
 		 404 aa  318  1e-85  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.99383  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1894  cysteine desulfurase, SufS subfamily  40.92 
 
 		 630 aa  318  1e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0846  SufS subfamily cysteine desulfurase  43.72 
 
 		 429 aa  317  2e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.411085  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2183  SufS subfamily cysteine desulfurase  43.07 
 
 		 406 aa  317  2e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000179204  hitchhiker  0.0000283455 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1552  cysteine desulphurases, SufS  42.71 
 
 		 682 aa  316  4e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0813  cysteine desulfurase SufS  40.31 
 
 		 414 aa  316  4e-85  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0265605  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1684  SufS subfamily cysteine desulfurase  39.29 
 
 		 444 aa  315  7e-85  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5682  cysteine desulfurase, SufS subfamily  41.28 
 
 		 560 aa  315  9e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.305949 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0754  SufS subfamily cysteine desulfurase  41.43 
 
 		 608 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.633954 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>