234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_1448 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009718  Fnod_1448  PadR-like family transcriptional regulator  100 
 
 		 124 aa  254  2e-67  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1205  PadR-like family transcriptional regulator  50 
 
 		 120 aa  95.5  2e-19  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0529  transcriptional regulator, PadR-like family  36.67 
 
 		 127 aa  68.9  0.00000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2210  PadR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 136 aa  68.9  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000983736  normal  0.0100315 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0980  transcriptional regulator, PadR-like family  36.17 
 
 		 127 aa  60.1  0.000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000128414  normal  0.0555897 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1462  transcriptional regulator, PadR-like family  36.27 
 
 		 238 aa  59.3  0.00000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2305  transcriptional regulator, PadR-like family  38.55 
 
 		 250 aa  58.5  0.00000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0311  PadR-like family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 138 aa  57.8  0.00000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1121  transcriptional regulator, PadR-like family  31.36 
 
 		 129 aa  57.8  0.00000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000122824  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0170  transcriptional regulator, PadR-like family  33.63 
 
 		 121 aa  57  0.00000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1237  transcriptional regulator, PadR-like family  34.95 
 
 		 226 aa  56.2  0.0000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0180596 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4874  PadR-like family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 189 aa  56.6  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3441  PadR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.690369  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2736  PadR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 236 aa  55.8  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.504798 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1748  transcriptional regulator, PadR-like family  32.14 
 
 		 217 aa  55.5  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000246986  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1843  PadR-like family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 117 aa  55.5  0.0000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3121  transcriptional regulator, PadR-like family  42.31 
 
 		 191 aa  55.1  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2852  transcriptional regulator, PadR-like family  38.2 
 
 		 191 aa  55.1  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3031  transcriptional regulator, PadR-like family  40.48 
 
 		 150 aa  55.5  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12940  predicted transcriptional regulator  27.62 
 
 		 128 aa  53.9  0.0000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0184  PadR-like family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 179 aa  53.9  0.0000008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3835  transcriptional regulator, PadR-like family  26.67 
 
 		 263 aa  53.5  0.0000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0380451  normal  0.116098 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4033  transcriptional regulator, PadR-like family  29.07 
 
 		 255 aa  53.1  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.878781  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2053  transcriptional regulator, PadR-like family  34.72 
 
 		 180 aa  53.1  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000846941 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2392  PadR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 149 aa  53.1  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0642121  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2503  PadR-like family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 152 aa  53.1  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0525  PadR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 176 aa  52.4  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00520723  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1895  PadR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 115 aa  52  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0364  transcriptional regulator, PadR-like family  29.91 
 
 		 123 aa  52.8  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.7806  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3486  PadR family transcriptional regulator  33 
 
 		 155 aa  51.6  0.000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.179924 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4436  PadR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 122 aa  51.2  0.000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4516  PadR-like family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 114 aa  51.2  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4102  transcriptional regulator, PadR-like family  31.17 
 
 		 277 aa  50.8  0.000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.615501 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2218  PadR-like family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 201 aa  51.2  0.000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0332855  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3585  transcriptional regulator, PadR-like family  38.36 
 
 		 203 aa  50.8  0.000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.785047  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0276  PadR-like family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 138 aa  50.4  0.000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00724542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1309  PadR-like family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 189 aa  50.4  0.000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.123604 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0782  PadR-like family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 152 aa  50.4  0.000008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.661391  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4828  30S ribosomal protein S14 homolog-related  39.24 
 
 		 114 aa  50.4  0.000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0961  PadR-like family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 226 aa  50.1  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3876  PadR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 226 aa  50.1  0.00001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.483976  normal  0.0238497 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2223  PadR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 372 aa  49.7  0.00001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0957891  hitchhiker  0.0000188934 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8023  transcriptional regulator protein-like protein  32.65 
 
 		 178 aa  50.1  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1330  PadR-like family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 240 aa  49.7  0.00001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.855689  normal  0.544163 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0905  PadR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 226 aa  50.1  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.760063  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8856  transcriptional regulator, PadR family  29.79 
 
 		 109 aa  49.7  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.679523  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00550  predicted transcriptional regulator  33.75 
 
 		 271 aa  49.7  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.100515 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1303  PadR-like family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 156 aa  49.3  0.00002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.213126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0876  PadR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 179 aa  48.9  0.00002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.184962  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0565  PadR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 154 aa  48.9  0.00002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0982  PadR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 182 aa  48.9  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1805  PadR-like family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 118 aa  49.3  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1578  PadR-like family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 185 aa  49.3  0.00002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.59882  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1168  PadR-like family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 152 aa  48.9  0.00002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1076  PadR-like family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 182 aa  49.3  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.973287 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1119  transcriptional regulator, PadR-like family  31.51 
 
 		 123 aa  48.1  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000828793  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4418  PadR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 114 aa  48.5  0.00003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0115  PadR-like family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 118 aa  48.5  0.00003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  hitchhiker  0.00621123  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5462  PadR-like family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 249 aa  48.1  0.00003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.802601 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0311  PadR-like family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 159 aa  48.5  0.00003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2018  PadR-like family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 111 aa  48.1  0.00003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0626  PadR-like family transcriptional regulator  36 
 
 		 150 aa  48.9  0.00003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0651  PadR-like family transcriptional regulator  36 
 
 		 150 aa  48.9  0.00003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.991167  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5885  transcriptional regulator, PadR-like family  33.33 
 
 		 334 aa  48.1  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3476  transcriptional regulator, PadR-like family  26.58 
 
 		 205 aa  48.1  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.133107  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4871  PadR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 220 aa  48.1  0.00004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4960  PadR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 220 aa  48.1  0.00004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5239  PadR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 213 aa  48.1  0.00004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3967  PadR-like family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 152 aa  48.1  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.641404 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1409  transcriptional regulator protein  33.71 
 
 		 204 aa  47.8  0.00004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0584  putative transcriptional regulator, PhaQ-like  29.46 
 
 		 136 aa  47.8  0.00005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.02813e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4747  transcriptional regulator PadR family protein  33.33 
 
 		 252 aa  47.8  0.00005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0529  PadR-like family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 215 aa  47.8  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.85519  normal  0.0848378 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3199  transcriptional regulator, PadR-like family  29.63 
 
 		 277 aa  47.8  0.00005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.637642  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1507  PadR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 152 aa  47.8  0.00006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8234  transcriptional regulator, PadR-like family  27.17 
 
 		 123 aa  47.4  0.00007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0961  transcriptional regulator, PadR-like family  36.36 
 
 		 115 aa  47.4  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02940  predicted transcriptional regulator  30 
 
 		 207 aa  47  0.00008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0630  transcriptional regulator, PadR-like family  30 
 
 		 207 aa  47  0.00008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.870897  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4083  PadR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 110 aa  47  0.00008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02890  hypothetical protein  30 
 
 		 207 aa  47  0.00008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2175  transcriptional regulator, PadR-like family  33.33 
 
 		 114 aa  47  0.00008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000935551  normal  0.0245277 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0629  PadR-like family transcriptional regulator  30 
 
 		 207 aa  47  0.00008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3507  transcriptional regulator, PadR family  30 
 
 		 207 aa  47  0.00008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3365  PadR family transcriptional regulator  30 
 
 		 207 aa  47  0.00008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.230818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3252  PadR family transcriptional regulator  30 
 
 		 207 aa  47  0.00008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3537  PadR family transcriptional regulator  30 
 
 		 207 aa  47  0.00008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.113716  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0079  PadR-like family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 184 aa  47  0.00008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3009  transcriptional regulator, PadR-like  31.33 
 
 		 141 aa  47  0.00009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3162  PadR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 236 aa  47  0.00009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4521  PadR-like family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 237 aa  47  0.00009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424973  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4384  transcriptional regulator, PadR family  30 
 
 		 207 aa  47  0.00009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.19199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4205  transcriptional regulator PadR-like  28.71 
 
 		 197 aa  47  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5141  PadR-like family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 237 aa  47  0.00009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.244499  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1163  transcriptional regulator, PadR-like family  37.33 
 
 		 191 aa  47  0.00009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.984047 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5718  PadR-like family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 237 aa  47  0.00009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.86173  normal  0.252047 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0180  transcriptional regulator, PadR-like family  30.86 
 
 		 124 aa  47  0.00009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4136  transcriptional regulator, PadR family  30.61 
 
 		 110 aa  47  0.00009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.345707  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5903  transcriptional regulator, PadR-like family  29.17 
 
 		 316 aa  46.6  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.33122  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1201  PadR-like family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 132 aa  46.6  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.695362  normal  0.347702 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>