More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fjoh_3582 on replicon NC_009441
Organism: Flavobacterium johnsoniae UW101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009441  Fjoh_3582  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 156 aa  319  8e-87  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.082542  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3662  DNA repair protein RadC  61.74 
 
 		 154 aa  209  1e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.591059  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4387  DNA repair protein RadC  60.9 
 
 		 156 aa  196  1.0000000000000001e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.421889  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3765  DNA repair protein RadC  63.19 
 
 		 155 aa  177  7e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1971  DNA repair protein RadC  45.64 
 
 		 157 aa  154  6e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0853114  normal  0.044132 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2151  DNA repair protein RadC  43.62 
 
 		 152 aa  140  8e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.306348  normal  0.36954 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05605  putative DNA repair protein  41.51 
 
 		 231 aa  123  9e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.762004  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0413  DNA repair protein RadC  42.58 
 
 		 229 aa  120  6e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.319313  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1153  DNA repair protein  38.85 
 
 		 233 aa  120  6e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0523  DNA repair protein RadC  40.91 
 
 		 231 aa  119  9.999999999999999e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000215475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0101  DNA repair protein RadC  39.61 
 
 		 243 aa  115  1.9999999999999998e-25  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5144  DNA repair protein RadC  38.85 
 
 		 234 aa  112  3e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0820  DNA repair protein RadC  37.82 
 
 		 232 aa  107  5e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1494  DNA repair protein  37.84 
 
 		 233 aa  105  2e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000647961  decreased coverage  0.0000976606 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0917  DNA repair protein RadC  43.43 
 
 		 225 aa  100  7e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.372898  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1532  DNA repair protein RadC  45.54 
 
 		 237 aa  97.1  9e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2374  DNA repair protein RadC  38.4 
 
 		 165 aa  96.7  1e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1319  DNA repair protein RadC  38.89 
 
 		 228 aa  94.7  4e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000567698  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3960  DNA repair protein RadC  46.88 
 
 		 221 aa  92.8  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0193359  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3784  DNA repair protein RadC  32.45 
 
 		 231 aa  90.9  6e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3868  DNA repair protein RadC  32.45 
 
 		 231 aa  90.9  7e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.956659 
 
 
-
 
NC_002950  PG0894  DNA repair protein RadC  38.35 
 
 		 227 aa  90.5  8e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.823184 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1513  DNA repair protein RadC  31.21 
 
 		 222 aa  87.8  5e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1032  DNA repair protein RadC  38.46 
 
 		 160 aa  86.3  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0159  DNA repair protein RadC  43.75 
 
 		 221 aa  85.5  2e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.130887  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14250  DNA repair protein RadC  35.16 
 
 		 228 aa  86.3  2e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000326992  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2479  DNA repair protein RadC  39.22 
 
 		 245 aa  86.3  2e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0803  DNA repair protein, RadC-like  34.4 
 
 		 166 aa  85.1  3e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0523  DNA repair protein RadC  33.33 
 
 		 230 aa  84.7  4e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1541  DNA repair protein RadC  35.71 
 
 		 232 aa  84.3  6e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000897994  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4842  DNA repair protein RadC  43.88 
 
 		 227 aa  84  7e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000109613  hitchhiker  0.0000409278 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0055  DNA repair protein RadC  41.84 
 
 		 222 aa  83.6  8e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00110117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0061  DNA repair protein RadC  41.84 
 
 		 222 aa  83.6  8e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000803057  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4155  DNA repair protein RadC  41.84 
 
 		 222 aa  83.6  8e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000385869  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1761  DNA repair protein RadC  29.94 
 
 		 223 aa  84  8e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0275  DNA repair protein RadC  30.13 
 
 		 163 aa  83.6  9e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00125645  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4009  DNA repair protein RadC  42.71 
 
 		 221 aa  83.2  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.273398  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4390  DNA repair protein RadC  43.75 
 
 		 221 aa  82.8  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00436549  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2303  DNA repair protein RadC  35.2 
 
 		 229 aa  82.8  0.000000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.432419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4116  DNA repair protein RadC  42.71 
 
 		 221 aa  82.8  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00598559  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4055  DNA repair protein RadC  42.71 
 
 		 221 aa  82.8  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0101  DNA repair protein RadC  41.67 
 
 		 221 aa  82.4  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000716823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3946  DNA repair protein RadC  42.71 
 
 		 221 aa  82.8  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0929037  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4100  DNA repair protein RadC  43.75 
 
 		 221 aa  82.8  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0607652  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3928  DNA repair protein RadC  42.71 
 
 		 221 aa  82.8  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0713663  hitchhiker  0.00154722 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0514  DNA repair protein RadC  40.82 
 
 		 241 aa  82.4  0.000000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120777  hitchhiker  0.000000000242554 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0308  RadC family DNA repair protein  37.61 
 
 		 159 aa  81.6  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00747747  hitchhiker  0.00434898 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1235  DNA repair protein RadC  37.25 
 
 		 222 aa  81.3  0.000000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4138  DNA repair protein RadC  31.75 
 
 		 228 aa  81.3  0.000000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.592557  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1220  DNA repair protein RadC  37.25 
 
 		 215 aa  81.6  0.000000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1530  DNA repair protein RadC  30.63 
 
 		 227 aa  81.3  0.000000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0606843  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2564  DNA repair protein RadC  38 
 
 		 229 aa  80.9  0.000000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1818  DNA repair protein RadC  33.33 
 
 		 222 aa  80.9  0.000000000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.852458  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0056  DNA repair protein RadC  38.95 
 
 		 225 aa  80.5  0.000000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.183755  normal  0.0623388 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3582  DNA repair protein RadC  30.95 
 
 		 229 aa  80.1  0.000000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1462  RadC family DNA repair protein  38.24 
 
 		 271 aa  79.7  0.00000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.457457  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3133  DNA repair protein RadC  43.88 
 
 		 156 aa  79.7  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0278844  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2135  DNA repair protein RadC  34.86 
 
 		 236 aa  79.7  0.00000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000438114  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1642  DNA repair protein RadC  35 
 
 		 235 aa  79.7  0.00000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000389911  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0067  DNA repair protein RadC  38.54 
 
 		 222 aa  79  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000216711  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3359  DNA repair protein RadC  37.25 
 
 		 158 aa  79  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1263  DNA repair protein RadC  36.36 
 
 		 272 aa  79.3  0.00000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.94843  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0065  DNA repair protein RadC  35.29 
 
 		 227 aa  79.3  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4181  DNA repair protein RadC  39.8 
 
 		 164 aa  79.3  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0593458  normal  0.95657 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2262  DNA repair proteins  37 
 
 		 206 aa  79.7  0.00000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.195306  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2277  DNA repair protein RadC  41.05 
 
 		 166 aa  79.3  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0170  DNA repair protein RadC  39.77 
 
 		 156 aa  79.3  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2888  DNA repair protein RadC  41.84 
 
 		 157 aa  79.3  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03495  DNA repair protein RadC  38.54 
 
 		 222 aa  78.6  0.00000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0032943  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4139  DNA repair protein RadC  38.54 
 
 		 222 aa  78.6  0.00000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000017896  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0073  DNA repair protein RadC  38.54 
 
 		 214 aa  78.6  0.00000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000433644  hitchhiker  0.000000188277 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5008  DNA repair protein RadC  38.54 
 
 		 222 aa  78.6  0.00000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000900324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2861  DNA repair protein RadC  36.04 
 
 		 166 aa  79  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3847  DNA repair protein RadC  38.54 
 
 		 222 aa  78.6  0.00000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.55148e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0144  DNA repair protein RadC  32.47 
 
 		 222 aa  78.6  0.00000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00783617  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3973  DNA repair protein RadC  38.54 
 
 		 222 aa  78.6  0.00000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000015619  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3737  DNA repair protein RadC  28.3 
 
 		 168 aa  78.6  0.00000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03447  hypothetical protein  38.54 
 
 		 222 aa  78.6  0.00000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00415391  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3340  DNA repair protein RadC  38 
 
 		 233 aa  78.2  0.00000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000661948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2111  DNA repair protein RadC  30.77 
 
 		 227 aa  78.2  0.00000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0270  DNA repair protein RadC  42.5 
 
 		 211 aa  78.2  0.00000000000004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2951  DNA repair protein, RadC family protein  34.84 
 
 		 158 aa  78.2  0.00000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.606536  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0935  DNA repair protein RadC  28.66 
 
 		 222 aa  77.8  0.00000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.266168  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1383  DNA repair protein RadC  39.8 
 
 		 157 aa  77.8  0.00000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1630  DNA repair protein RadC  30.67 
 
 		 234 aa  77.8  0.00000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2399  DNA repair protein RadC  30.77 
 
 		 227 aa  77.4  0.00000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1465  DNA repair protein RadC  33.87 
 
 		 222 aa  77.4  0.00000000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2620  hypothetical protein  39 
 
 		 169 aa  77.4  0.00000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.521517 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4352  DNA repair protein RadC  33.59 
 
 		 227 aa  77.4  0.00000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000113857  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0046  DNA repair protein RadC  34.19 
 
 		 224 aa  77  0.00000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.178856  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0386  DNA repair protein RadC  35.05 
 
 		 229 aa  77  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2168  DNA repair protein RadC  28 
 
 		 163 aa  76.6  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00702134  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1463  DNA repair protein RadC  36.7 
 
 		 167 aa  76.6  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.794646 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1467  DNA repair protein RadC  35.79 
 
 		 230 aa  76.3  0.0000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0946  DNA repair protein RadC  41.18 
 
 		 164 aa  76.6  0.0000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0598  DNA repair protein RadC  33.33 
 
 		 223 aa  76.6  0.0000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08165  DNA repair protein RadC  33.11 
 
 		 305 aa  76.6  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2396  DNA repair protein  41.18 
 
 		 164 aa  76.6  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.139448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2184  DNA repair protein RadC  41.18 
 
 		 164 aa  77  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4745  DNA repair protein RadC  37.76 
 
 		 162 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0218895  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>