More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECH74115_4338 on replicon NC_011353
Organism: Escherichia coli O157:H7 str. EC4115



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011353  ECH74115_4338  iron transport system regulatory protein FitR  100 
 
 
295 aa  600  1e-170  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3318  iron transport system regulatory protein FitR  98.64 
 
 
295 aa  593  1e-168  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0873687 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3437  RpiR family transcriptional regulator  78.23 
 
 
295 aa  485  1e-136  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.470052 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4354  RpiR family transcriptional regulator  50.51 
 
 
297 aa  273  3e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.639111  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0717  transcriptional regulator protein  44.6 
 
 
298 aa  253  2.0000000000000002e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4675  RpiR family transcriptional regulator  37.32 
 
 
336 aa  196  4.0000000000000005e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0109313  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  28.1 
 
 
280 aa  85.5  0.000000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2372  transcriptional regulator, RpiR family  29.96 
 
 
310 aa  83.2  0.000000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.770006 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  25.63 
 
 
284 aa  79.7  0.00000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1686  transcriptional regulator  29.58 
 
 
272 aa  76.6  0.0000000000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0801516  hitchhiker  0.000000000302216 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  29.36 
 
 
278 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  25.62 
 
 
284 aa  75.9  0.0000000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1556  putative transcription regulation repressor HEXR transcription regulator protein  29.74 
 
 
277 aa  75.1  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.889642  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  25.27 
 
 
284 aa  74.7  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  25.62 
 
 
284 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  30.99 
 
 
292 aa  74.3  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4864  transcriptional regulator, RpiR family  30.95 
 
 
280 aa  73.9  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.403808 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3787  transcriptional regulator, RpiR family  30.95 
 
 
280 aa  73.9  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.925929  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  24.56 
 
 
284 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2612  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  29.26 
 
 
620 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.85018  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2002  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  29.26 
 
 
620 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0778  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  29.26 
 
 
620 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  22.54 
 
 
297 aa  73.2  0.000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3001  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  29.26 
 
 
641 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3090  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  29.26 
 
 
641 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3055  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  29.26 
 
 
641 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.570164  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1550  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  29.26 
 
 
641 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  23.96 
 
 
299 aa  72.8  0.000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1243  transcriptional regulator  25.52 
 
 
283 aa  72.8  0.000000000007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.665754  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2132  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  29.26 
 
 
641 aa  72  0.00000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0521  RpiR family transcriptional regulator  25.31 
 
 
283 aa  71.6  0.00000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.207231  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1373  hypothetical protein  28.15 
 
 
278 aa  72  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0837  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  28.95 
 
 
642 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2433  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  28.95 
 
 
642 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.399098  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  23.66 
 
 
287 aa  71.2  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0825  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  28.95 
 
 
642 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125163  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4068  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  28.95 
 
 
642 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0150237  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0926  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  28.95 
 
 
642 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.789642  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0486  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  28.95 
 
 
642 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0965  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  28.95 
 
 
642 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0899614  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1025  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  28.82 
 
 
638 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.745776  normal  0.175715 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0625  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  28.82 
 
 
639 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3454  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  28.82 
 
 
638 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0454105  normal  0.179776 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
273 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  28.57 
 
 
281 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  28.04 
 
 
292 aa  68.6  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  28.04 
 
 
292 aa  68.6  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2447  RpiR family transcriptional regulator  29.38 
 
 
332 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2634  RpiR family transcriptional regulator  29.38 
 
 
332 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0365  RpiR family transcriptional regulator  29.38 
 
 
332 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  27.68 
 
 
292 aa  67.8  0.0000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  27.31 
 
 
315 aa  67.4  0.0000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3444  RpiR family transcriptional regulator  29.38 
 
 
339 aa  67  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5127  RpiR family transcriptional regulator  26.3 
 
 
288 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.334763 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5399  RpiR family transcriptional regulator  26.3 
 
 
288 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0126961 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3409  RpiR family transcriptional regulator  29.38 
 
 
332 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.977628  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1223  RpiR family transcriptional regulator  29.38 
 
 
339 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3444  RpiR family transcriptional regulator  29.38 
 
 
332 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2724  RpiR family transcriptional regulator  30.52 
 
 
282 aa  67  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  27.2 
 
 
298 aa  65.9  0.0000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  25.61 
 
 
292 aa  66.2  0.0000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  26.7 
 
 
282 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0668  RpiR family transcriptional regulator  24.89 
 
 
287 aa  65.9  0.0000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  26.7 
 
 
282 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  26.7 
 
 
282 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  26.7 
 
 
282 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1216  RpiR family transcriptional regulator  29.22 
 
 
334 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.3152  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  26.21 
 
 
282 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  26.21 
 
 
282 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  28.17 
 
 
293 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1192  transcriptional regulator, RpiR family  30.09 
 
 
293 aa  64.7  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.760306 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5350  RpiR family transcriptional regulator  25.93 
 
 
288 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0712  SIS domain-containing protein  29.13 
 
 
256 aa  64.7  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  26.94 
 
 
318 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1202  RpiR family transcriptional regulator  30.09 
 
 
293 aa  64.7  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.658823 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  23.89 
 
 
293 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1237  RpiR family transcriptional regulator  30.09 
 
 
293 aa  64.7  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.676137 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  28.17 
 
 
293 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5258  RpiR family transcriptional regulator  25.93 
 
 
288 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.658899 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1222  RpiR family transcriptional regulator  30.09 
 
 
293 aa  64.7  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.514843 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  27.67 
 
 
299 aa  63.5  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0075  transcriptional regulator RpiR family  26.22 
 
 
277 aa  63.5  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  26.7 
 
 
338 aa  63.5  0.000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0875  putative transcriptional regulator, RpiR family  25.32 
 
 
287 aa  63.5  0.000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  23.08 
 
 
266 aa  63.2  0.000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  28.51 
 
 
320 aa  63.2  0.000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  25.51 
 
 
284 aa  62.8  0.000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1355  transcriptional regulator  25.24 
 
 
273 aa  62.8  0.000000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.906845  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5515  transcriptional regulator, RpiR family  26.3 
 
 
288 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2822  RpiR family transcriptional regulator  31.75 
 
 
290 aa  62.4  0.000000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3470  transcriptional regulator, RpiR family  27.8 
 
 
280 aa  62  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  23.48 
 
 
278 aa  62  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1590  RpiR family transcriptional regulator  22.62 
 
 
266 aa  61.6  0.00000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000388341  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  23.79 
 
 
293 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0912  RpiR family transcriptional regulator  24.47 
 
 
287 aa  61.2  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0717  RpiR family transcriptional regulator  24.47 
 
 
287 aa  61.2  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25 
 
 
290 aa  60.8  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1544  transcriptional regulator, RpiR family  25 
 
 
279 aa  60.8  0.00000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3314  transcriptional regulator, RpiR family  27.39 
 
 
279 aa  60.5  0.00000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  23.01 
 
 
282 aa  60.5  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>