More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_4077 on replicon NC_009958
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009958  Dshi_4077  ABC transporter related  100 
 
 		 219 aa  453  1e-127  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0433978 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2127  ABC transporter related  62.39 
 
 		 225 aa  292  3e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5037  ABC transporter related  62.39 
 
 		 225 aa  292  3e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4084  ABC transporter related  60.83 
 
 		 269 aa  289  2e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.185467  normal  0.229237 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3839  ABC polysaccharide export transporter, ATPase subunit  60.83 
 
 		 273 aa  289  2e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00536302  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4995  ABC transporter related  56.68 
 
 		 219 aa  269  2e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0209263 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3811  ABC transporter related  51.61 
 
 		 218 aa  233  2.0000000000000002e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.545174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5580  ABC transporter related  49.76 
 
 		 217 aa  225  4e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.819808 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1659  ABC transporter related  48.36 
 
 		 217 aa  222  3e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0434  ABC transporter related  47.42 
 
 		 217 aa  222  3e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.554012  decreased coverage  0.00307291 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0815  ABC transporter related  46.95 
 
 		 217 aa  221  7e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.392518 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0774  ABC transporter related  46.95 
 
 		 217 aa  221  7e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  hitchhiker  0.00137592  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02776  hypothetical protein  48.62 
 
 		 225 aa  221  7e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000456764  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001783  ABC-type polysaccharide/polyol phosphate transport system ATPase component  48.11 
 
 		 217 aa  221  9e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2758  ABC transporter related  45.66 
 
 		 229 aa  220  9.999999999999999e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.557326  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0736  ABC transporter related  46.48 
 
 		 233 aa  217  1e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0841853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2607  ABC transporter related  44.8 
 
 		 218 aa  215  2.9999999999999998e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3995  hypothetical protein  60.39 
 
 		 179 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.67953  normal  0.524106 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02827  Polysialic acid transport ATP-binding KpsT  49.75 
 
 		 219 aa  211  5.999999999999999e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000422433  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5954  ABC transporter related protein  44.44 
 
 		 218 aa  210  1e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3903  ABC transporter related  42.86 
 
 		 217 aa  210  1e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.106958 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3493  ABC transporter related  44.95 
 
 		 220 aa  210  1e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.15394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3234  polysialic acid capsule biosynthesis transport protein KpsT  46.58 
 
 		 219 aa  208  4e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.953201  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3239  ABC transporter related  46.05 
 
 		 216 aa  207  7e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2730  ABC transporter related  45.54 
 
 		 216 aa  206  2e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1781  capsular polysaccharide ABC transporter, ATP-binding protein  43.32 
 
 		 220 aa  205  5e-52  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0623  ABC-type polysaccharide/polyol phosphate transport system ATPase component-like protein  44.5 
 
 		 286 aa  204  1e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.563302 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0291  capsular polysaccharide ABC transporter, ATP-binding protein  40.36 
 
 		 223 aa  203  2e-51  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03060  KpsT protein  42.38 
 
 		 224 aa  202  5e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1620  capsular polysaccharide ABC transporter, ATP-binding protein  42.4 
 
 		 220 aa  201  6e-51  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1440  capsular polysaccharide ABC transporter, ATP-binding protein  42.4 
 
 		 220 aa  201  6e-51  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1305  polysialic acid transport ATP-binding protein  47.47 
 
 		 220 aa  196  2.0000000000000003e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2582  ABC transporter related  42.38 
 
 		 221 aa  196  3e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000122652 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1152  ABC transporter related  39.81 
 
 		 217 aa  193  1e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.185217  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1505  ABC transporter related protein  42.99 
 
 		 224 aa  193  2e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2077  ABC transporter related  42.11 
 
 		 220 aa  190  1e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.475401 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0292  ABC transporter related  40.55 
 
 		 218 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0776  ABC transporter related  40.55 
 
 		 218 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0712  cell surface polysaccharide export ABC-2 transporter ATP-binding protein  40.48 
 
 		 217 aa  187  7e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.517356  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2576  ABC transporter related  40.74 
 
 		 217 aa  187  8e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.502206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2963  capsule polysaccharide exporter, ATP-binding protein  40.74 
 
 		 217 aa  187  8e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.382388  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1335  BexA  39.53 
 
 		 217 aa  187  8e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3867  ABC transporter, ATPase subunit  37.79 
 
 		 217 aa  187  9e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.794513 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0720  ABC transporter related  41.12 
 
 		 215 aa  186  2e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0745  ABC transporter related  41.12 
 
 		 222 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5731  polysialic acid transport ATP-binding protein KpsT  41.36 
 
 		 221 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1524  ABC transporter related  39.25 
 
 		 216 aa  183  2.0000000000000003e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0660  ABC transporter related  39.44 
 
 		 215 aa  180  1e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.188715  normal  0.0364209 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2344  ABC transporter related  37.67 
 
 		 217 aa  180  1e-44  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.268315  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0748  ABC transporter related  40.95 
 
 		 232 aa  179  2e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2304  capsule polysaccharide ABC transporter, ATP-binding protein  37.98 
 
 		 218 aa  174  7e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3251  capsular polysaccharide export ABC transporter, ATP-binding protein  37.98 
 
 		 218 aa  174  7e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1075  capsular polysaccharide export ABC transporter, ATP-binding protein  37.98 
 
 		 218 aa  174  7e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.460756  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2182  capsular polysaccharide export ABC transporter, ATP-binding protein  37.98 
 
 		 218 aa  174  7e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0655  ABC transporter related  34.93 
 
 		 219 aa  148  5e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14680  ABC-type polysaccharide/polyol phosphate transport system, ATPase component  39.39 
 
 		 264 aa  148  6e-35  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.21715  hitchhiker  0.00000227338 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4940  ATPase component ABC-type polysaccharide/polyol phosphate transport system  35.38 
 
 		 230 aa  148  7e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.687059  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4048  ABC transporter-like  37.5 
 
 		 438 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.192199  normal  0.366163 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1235  ABC transporter related  31.31 
 
 		 217 aa  146  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.000953894  normal  0.730254 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6240  ABC subunit of A-band LPS efflux transporter  36.36 
 
 		 421 aa  145  6e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71940  ABC subunit of A-band LPS efflux transporter  36.36 
 
 		 421 aa  144  8.000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1404  ABC transporter related  40.21 
 
 		 266 aa  143  2e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0585  capsule polysaccharide export  33.01 
 
 		 219 aa  142  5e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1550  ABC transporter related  36.08 
 
 		 242 aa  141  6e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1387  ABC transporter related  41.9 
 
 		 402 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.928113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1362  ABC transporter related  38.5 
 
 		 472 aa  139  1.9999999999999998e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0452028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3546  ABC transporter related  39.3 
 
 		 247 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2267  O-antigen export system ATP-binding protein RfbB  36.98 
 
 		 246 aa  139  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5685  ABC transporter-like  39.18 
 
 		 416 aa  138  4.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0795174  normal  0.634912 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4204  ABC transporter related  38.8 
 
 		 424 aa  137  2e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.257703 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2181  ABC transporter, ATPase subunit  34.47 
 
 		 396 aa  136  2e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.623057  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1244  ATPase  35.47 
 
 		 432 aa  136  2e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000485389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0564  ABC transporter related  37.97 
 
 		 406 aa  135  5e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0276  ABC transporter related  38.07 
 
 		 392 aa  135  5e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2633  ABC transporter related  36.36 
 
 		 235 aa  134  7.000000000000001e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1731  ABC transporter-related protein  38.71 
 
 		 410 aa  134  9e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0918  ABC transporter  37.91 
 
 		 405 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.441705  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1747  ABC transporter related  35.19 
 
 		 400 aa  134  9.999999999999999e-31  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2421  ABC transporter related  36.08 
 
 		 241 aa  133  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.115818 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2895  ATPase  35.2 
 
 		 369 aa  133  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07245  ABC transporter, ATP-binding protein  33.5 
 
 		 433 aa  133  1.9999999999999998e-30  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4190  ABC transporter related  37.9 
 
 		 246 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3117  ABC transporter related  33.67 
 
 		 436 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2586  ABC transporter related protein  39.27 
 
 		 286 aa  133  1.9999999999999998e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1434  ABC-type polysaccharide/polyol phosphate transport system, ATPase component  34.96 
 
 		 400 aa  133  1.9999999999999998e-30  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.74682  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0651  ABC polysaccharide efflux pump, ATPase subunit  34.33 
 
 		 472 aa  132  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.601465  normal  0.274396 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0955  ABC transporter-related protein  39.89 
 
 		 594 aa  132  3e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1779  lipopolysaccharide ABC export system, ATP-binding protein  34.24 
 
 		 405 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0028065 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4465  ABC transporter related  39.56 
 
 		 649 aa  132  3.9999999999999996e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3460  ABC transporter ATP-binding protein  35.71 
 
 		 440 aa  132  3.9999999999999996e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.100585  normal  0.102308 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4145  ABC transporter-related protein  35.27 
 
 		 429 aa  131  6e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179677 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0848  polysaccharide ABC transporter, ATPase component  37.06 
 
 		 418 aa  132  6e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.105464  normal  0.234564 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2757  ABC transporter related  31.33 
 
 		 408 aa  131  6.999999999999999e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1228  ABC transporter, ATPase subunit  38.33 
 
 		 416 aa  130  1.0000000000000001e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0028  ABC transporter related  37.23 
 
 		 472 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1760  ABC transporter related  35 
 
 		 415 aa  130  1.0000000000000001e-29  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.959569 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4590  ABC transporter related  40.11 
 
 		 416 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.10294  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03166  ABC transporter, ATP binding protein  33.85 
 
 		 437 aa  130  2.0000000000000002e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2107  ABC transporter related  32.67 
 
 		 437 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3032  ABC transporter related  35.75 
 
 		 478 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>