138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0993 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_0993  TRAP transporter solute receptor  100 
 
 
323 aa  658    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.793659  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2848  immunogenic protein  28.79 
 
 
328 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0356  hypothetical protein  28.57 
 
 
324 aa  110  2.0000000000000002e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.097907  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3839  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.62 
 
 
327 aa  108  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0135422  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00793  hypothetical protein  28.33 
 
 
322 aa  106  6e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0725  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.57 
 
 
322 aa  105  7e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001678  TRAP transporter solute receptor TAXI family precursor  28 
 
 
322 aa  103  4e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.150837  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0177  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.06 
 
 
326 aa  103  5e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.811435  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1040  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.13 
 
 
324 aa  101  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3267  hypothetical protein  27.76 
 
 
323 aa  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.743942 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3213  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.79 
 
 
325 aa  99.4  8e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.61 
 
 
317 aa  98.2  2e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.745912 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003379  immunogenic protein  25.91 
 
 
323 aa  97.1  3e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0033  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.77 
 
 
319 aa  96.3  6e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1556  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.62 
 
 
328 aa  95.1  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2004  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.96 
 
 
338 aa  93.6  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.373091  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02419  hypothetical protein  27.4 
 
 
323 aa  92  1e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1413  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  27.52 
 
 
324 aa  91.3  2e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2671  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.33 
 
 
325 aa  91.3  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3723  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.75 
 
 
316 aa  91.3  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3483  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.52 
 
 
324 aa  91.3  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2331  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.66 
 
 
322 aa  90.9  3e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0699297  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.54 
 
 
327 aa  90.5  3e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.800081  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4417  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.81 
 
 
348 aa  90.5  4e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0674202 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1346  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.48 
 
 
316 aa  88.6  1e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.331988  hitchhiker  0.00000684502 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0746  TRAP-T family transporter periplasmic substrate binding subunit  29.25 
 
 
344 aa  88.2  2e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.842378  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3688  hypothetical protein  26.51 
 
 
324 aa  87.4  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.269569 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2072  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.17 
 
 
317 aa  85.1  0.000000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.169091 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0608  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.3 
 
 
326 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.516133  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.89 
 
 
348 aa  84.7  0.000000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3440  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.09 
 
 
342 aa  84.7  0.000000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.93321  normal  0.103466 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0314  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.08 
 
 
317 aa  84.7  0.000000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.889469  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1890  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.61 
 
 
333 aa  84  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.966009  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1252  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.19 
 
 
323 aa  82.8  0.000000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0649  DNA primase  25.08 
 
 
313 aa  80.9  0.00000000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1472  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.92 
 
 
651 aa  80.9  0.00000000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0371  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.03 
 
 
329 aa  80.9  0.00000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.671044  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1256  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.38 
 
 
344 aa  80.9  0.00000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0380  periplasmic-binding protein  25.84 
 
 
342 aa  80.1  0.00000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000526249  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0358  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.09 
 
 
325 aa  80.1  0.00000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0105489  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0539  immunogenic protein  26.17 
 
 
313 aa  80.1  0.00000000000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1229  putative immunogenic protein precursor  27.09 
 
 
310 aa  79.7  0.00000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.144519  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1443  TRAP transporter solute receptor  27.02 
 
 
322 aa  79.7  0.00000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.552427 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0874  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.87 
 
 
328 aa  79.3  0.00000000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4446  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.85 
 
 
323 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4101  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.76 
 
 
317 aa  77.4  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32075  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0797  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  21.66 
 
 
318 aa  76.6  0.0000000000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000423237  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0082  immunogenic protein  25.86 
 
 
312 aa  76.6  0.0000000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0148349  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0289  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.74 
 
 
337 aa  76.6  0.0000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6904  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  29.7 
 
 
329 aa  74.7  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3623  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.92 
 
 
329 aa  74.7  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.410742  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0207  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.67 
 
 
371 aa  74.7  0.000000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.979925 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2429  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.38 
 
 
329 aa  74.7  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25673  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2408  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.24 
 
 
326 aa  73.9  0.000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2692  immunogenic protein family protein  27.87 
 
 
329 aa  73.2  0.000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1635  TAXI family TRAP transporter solute receptor  26.56 
 
 
315 aa  73.2  0.000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0832335  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1253  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.09 
 
 
323 aa  73.6  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2594  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  23.99 
 
 
310 aa  73.2  0.000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2159  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.83 
 
 
317 aa  73.2  0.000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.239874  normal  0.13141 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0468  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.09 
 
 
316 aa  71.2  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000812  immunogenic protein  26.01 
 
 
336 aa  70.1  0.00000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0846  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.87 
 
 
306 aa  70.1  0.00000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.391191  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0817  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.76 
 
 
318 aa  69.7  0.00000000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000102609  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1764  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.66 
 
 
323 aa  69.7  0.00000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.513988  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06717  hypothetical protein  26.01 
 
 
336 aa  69.7  0.00000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0640  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.09 
 
 
356 aa  69.3  0.00000000008  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0881  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.59 
 
 
346 aa  68.9  0.0000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  decreased coverage  0.000456072  normal  0.0650778 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4160  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.77 
 
 
312 aa  68.2  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0137  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.11 
 
 
350 aa  67  0.0000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.507077  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0937  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component  26.67 
 
 
320 aa  67  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5002  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.02 
 
 
315 aa  67.4  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.117483  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2350  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.15 
 
 
325 aa  66.2  0.0000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.192031  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.62 
 
 
329 aa  65.9  0.0000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4226  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.37 
 
 
317 aa  65.5  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0963703  normal  0.823727 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3566  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  25.08 
 
 
317 aa  65.9  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.28304  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4331  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.7 
 
 
315 aa  64.7  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0888724 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.96 
 
 
338 aa  64.7  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000022197  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3793  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.34 
 
 
333 aa  64.3  0.000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.848653  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1133  immunogenic protein  28.01 
 
 
351 aa  64.3  0.000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1156  31 kDa immunogenic protein  24.62 
 
 
316 aa  63.5  0.000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.837242  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0664  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.57 
 
 
333 aa  62  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0456  immunogenic-related protein  26.05 
 
 
318 aa  61.6  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0394  putative immunogenic protein  21.43 
 
 
326 aa  61.6  0.00000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0147572  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0619  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.78 
 
 
337 aa  60.8  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2878  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.77 
 
 
335 aa  60.8  0.00000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.082119  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4400  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.16 
 
 
315 aa  60.8  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.478919  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4419  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.86 
 
 
332 aa  60.1  0.00000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.176509  normal  0.291569 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2288  putative TRAP transporter solute receptor  24.16 
 
 
330 aa  60.5  0.00000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.932603  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1729  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.2 
 
 
329 aa  60.1  0.00000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0391409  normal  0.483155 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0461  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.29 
 
 
318 aa  60.1  0.00000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3568  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.29 
 
 
318 aa  60.1  0.00000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0457  response regulator receiver protein  25.29 
 
 
318 aa  60.1  0.00000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0645  TRAP-type uncharacterized transport system  25 
 
 
335 aa  59.7  0.00000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1935  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.56 
 
 
339 aa  59.3  0.00000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.49167  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1467  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.23 
 
 
332 aa  58.5  0.0000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1537  hypothetical protein  26.35 
 
 
318 aa  58.2  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.391308  normal  0.296954 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2365  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.25 
 
 
328 aa  57.8  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0645  immunogenic protein  21.17 
 
 
325 aa  57.4  0.0000004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.208055  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1880  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.68 
 
 
317 aa  57.4  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.460702  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3828  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.48 
 
 
318 aa  55.8  0.0000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>