280 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_2197 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_2197  UbiD family decarboxylase  100 
 
 		 481 aa  994    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1452  UbiD family decarboxylase  66.11 
 
 		 479 aa  652    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.191341  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0677  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  65.56 
 
 		 482 aa  677    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.809933  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14820  UbiD family decarboxylase  66.53 
 
 		 481 aa  660    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0095  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  61.95 
 
 		 478 aa  632  1e-180  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.218951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1967  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  55.96 
 
 		 520 aa  599  1e-170  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0520  UbiD family decarboxylase  55.85 
 
 		 493 aa  547  1e-154  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0287  UbiD family decarboxylase  52.64 
 
 		 617 aa  513  1e-144  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.514139 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0556  UbiD family decarboxylase  53.07 
 
 		 491 aa  508  1e-143  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3368  UbiD family decarboxylase  55.49 
 
 		 639 aa  506  9.999999999999999e-143  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.338495  normal  0.193893 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0822  UbiD family decarboxylase  51.46 
 
 		 485 aa  507  9.999999999999999e-143  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.394277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0255  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  49.17 
 
 		 490 aa  497  1e-139  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.278215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6115  UbiD family decarboxylase  48.76 
 
 		 504 aa  493  9.999999999999999e-139  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.612596  normal  0.345473 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0375  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  51.05 
 
 		 517 aa  489  1e-137  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.466573  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3212  UbiD family decarboxylase  52.08 
 
 		 594 aa  487  1e-136  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0555  UbiD family decarboxylase  49.17 
 
 		 480 aa  484  1e-135  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.431346 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4094  UbiD family decarboxylase  46.67 
 
 		 486 aa  478  1e-133  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.576442  normal  0.345928 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4514  UbiD family decarboxylase  46.46 
 
 		 486 aa  478  1e-133  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00843241 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0515  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  47.11 
 
 		 507 aa  478  1e-133  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.520088 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4203  UbiD family decarboxylase  49.27 
 
 		 509 aa  468  9.999999999999999e-131  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0403  UbiD family decarboxylase  49.79 
 
 		 504 aa  465  9.999999999999999e-131  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0404  UbiD family decarboxylase  49.79 
 
 		 504 aa  463  1e-129  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.505316  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8073  UbiD family decarboxylase  46.59 
 
 		 497 aa  460  9.999999999999999e-129  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0730  UbiD family decarboxylase  51.21 
 
 		 606 aa  456  1e-127  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.999695  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1270  UbiD family decarboxylase  49.26 
 
 		 482 aa  442  1e-123  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0356  UbiD family decarboxylase  49.23 
 
 		 606 aa  443  1e-123  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.99218 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2240  carboxylyase-like protein  51.88 
 
 		 621 aa  441  9.999999999999999e-123  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00980247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0482  UbiD family decarboxylase  45.29 
 
 		 495 aa  436  1e-121  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.283568  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0585  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  45.29 
 
 		 522 aa  434  1e-120  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.168345  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4281  UbiD family decarboxylase  46.9 
 
 		 463 aa  431  1e-119  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0521  UbiD family decarboxylase  44.79 
 
 		 493 aa  422  1e-117  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2531  UbiD family decarboxylase  43.97 
 
 		 488 aa  422  1e-117  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.853758 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3389  UbiD family decarboxylase  44.17 
 
 		 493 aa  423  1e-117  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3803  UbiD family decarboxylase  44.47 
 
 		 493 aa  420  1e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3985  UbiD family decarboxylase  44.47 
 
 		 493 aa  420  1e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0360  UbiD family decarboxylase  43.76 
 
 		 493 aa  419  1e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.375206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0426  carboxylyase-related protein  43.97 
 
 		 493 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0008  UbiD family decarboxylase  43.15 
 
 		 487 aa  415  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.815187 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4444  UbiD family decarboxylase  43.56 
 
 		 493 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0258  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  43.6 
 
 		 506 aa  418  9.999999999999999e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.13548 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0505  UbiD family decarboxylase  44.17 
 
 		 493 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0465  UbiD family decarboxylase  44.26 
 
 		 493 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3657  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  43.24 
 
 		 490 aa  418  9.999999999999999e-116  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.670347  normal  0.317311 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3352  UbiD family decarboxylase  43.85 
 
 		 493 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3059  carboxylyase-like protein  44.17 
 
 		 493 aa  418  9.999999999999999e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3525  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  43.85 
 
 		 493 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0506  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  43.85 
 
 		 493 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3859  UbiD family decarboxylase  44.26 
 
 		 493 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4238  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  43.18 
 
 		 498 aa  413  1e-114  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0506  hypothetical protein  43.65 
 
 		 488 aa  415  1e-114  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4186  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  43.6 
 
 		 492 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0856044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4065  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  42.77 
 
 		 497 aa  412  1e-114  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3754  UbiD family decarboxylase  42.98 
 
 		 498 aa  412  1e-114  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4305  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  43.6 
 
 		 492 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4365  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  43.6 
 
 		 492 aa  413  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.779064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4258  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  43.6 
 
 		 492 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.772564  normal  0.840563 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03475  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxylyase  43.76 
 
 		 488 aa  414  1e-114  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.298736  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4209  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  43.6 
 
 		 492 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0506  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  43.65 
 
 		 493 aa  412  1e-114  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3906  UbiD family decarboxylase  42.56 
 
 		 498 aa  412  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.462133  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03734  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  42.56 
 
 		 497 aa  410  1e-113  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4138  UbiD family decarboxylase  42.56 
 
 		 497 aa  410  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5980  hypothetical protein  43.15 
 
 		 488 aa  411  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.467424  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1315  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  43.79 
 
 		 492 aa  409  1e-113  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0561345  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1909  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  42.36 
 
 		 495 aa  411  1e-113  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00500341 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3001  hypothetical protein  42.74 
 
 		 488 aa  410  1e-113  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2862  hypothetical protein  42.94 
 
 		 488 aa  410  1e-113  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4167  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  42.56 
 
 		 497 aa  410  1e-113  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000604115 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5036  UbiD family decarboxylase  42.54 
 
 		 488 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0280  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  42.36 
 
 		 498 aa  411  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4047  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  42.36 
 
 		 498 aa  409  1e-113  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2610  carboxylyase-like protein  42.77 
 
 		 487 aa  409  1e-113  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03683  hypothetical protein  42.56 
 
 		 497 aa  410  1e-113  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5274  UbiD family decarboxylase  42.54 
 
 		 488 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3936  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  42.36 
 
 		 506 aa  411  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4313  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  42.56 
 
 		 497 aa  409  1e-113  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69150  hypothetical protein  42.94 
 
 		 488 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4362  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  42.56 
 
 		 497 aa  410  1e-113  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.452343  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4224  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  42.56 
 
 		 497 aa  409  1e-113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.514143  hitchhiker  0.00200609 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5213  UbiD family decarboxylase  42.33 
 
 		 550 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.354632  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5241  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  42.74 
 
 		 488 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5454  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  42.94 
 
 		 488 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00849207 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5122  UbiD family decarboxylase  42.33 
 
 		 488 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5282  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  42.15 
 
 		 497 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.064348 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0474  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  41.98 
 
 		 491 aa  405  1.0000000000000001e-112  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2282  UbiD family decarboxylase  42.54 
 
 		 488 aa  407  1.0000000000000001e-112  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0008  UbiD family decarboxylase  43.35 
 
 		 487 aa  405  1.0000000000000001e-112  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0302  carboxylyase-like protein  42.74 
 
 		 492 aa  403  1e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0104  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  43.76 
 
 		 487 aa  404  1e-111  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.226437  normal  0.0216284 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3952  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  42.15 
 
 		 501 aa  404  1e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0510318 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47400  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  42.33 
 
 		 488 aa  403  1e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3188  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  42.68 
 
 		 489 aa  403  1e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.127364  hitchhiker  0.00754697 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0705  UbiD family decarboxylase  42.38 
 
 		 476 aa  401  9.999999999999999e-111  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.400833 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0310  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  42.54 
 
 		 488 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0497  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  43.13 
 
 		 482 aa  400  9.999999999999999e-111  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0826  UbiD family decarboxylase  42.77 
 
 		 496 aa  401  9.999999999999999e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0437  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  41.41 
 
 		 471 aa  398  1e-109  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0177  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  42.33 
 
 		 497 aa  395  1e-109  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2383  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  42.29 
 
 		 490 aa  395  1e-109  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2013  UbiD family decarboxylase  42.29 
 
 		 490 aa  395  1e-109  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.920349 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>