More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_1934 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008025  Dgeo_1934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
528 aa  959    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.402791 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3245  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.46 
 
 
550 aa  295  2e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.89 
 
 
509 aa  274  2.0000000000000002e-72  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.553789  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0886  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.56 
 
 
518 aa  250  4e-65  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.453337 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.2 
 
 
564 aa  197  3e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.957532  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3335  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.47 
 
 
540 aa  171  2e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.666018  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0315  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.72 
 
 
572 aa  172  2e-41  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.0000013975  decreased coverage  0.00476885 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31200  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  35.17 
 
 
547 aa  165  2.0000000000000002e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.393839  normal  0.564354 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0747  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.33 
 
 
547 aa  164  4.0000000000000004e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.88 
 
 
565 aa  162  1e-38  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0461  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.84 
 
 
663 aa  162  1e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.745838  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.06 
 
 
634 aa  160  4e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2696  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.09 
 
 
606 aa  160  5e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04590  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  34.1 
 
 
551 aa  139  1e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19470  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  33.59 
 
 
576 aa  139  1e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0434  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.49 
 
 
544 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.10733  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0389  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.94 
 
 
597 aa  134  3.9999999999999996e-30  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1808  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.75 
 
 
510 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.31572  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.69 
 
 
532 aa  128  2.0000000000000002e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.763133  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0487  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.32 
 
 
515 aa  110  4.0000000000000004e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1586  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.42 
 
 
551 aa  105  1e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3497  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.7 
 
 
572 aa  104  5e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.699659 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1555  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.86 
 
 
561 aa  102  2e-20  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.488219  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4912  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.59 
 
 
547 aa  100  6e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.341081  normal  0.198477 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0282  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.32 
 
 
569 aa  99.4  1e-19  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.41 
 
 
569 aa  99  2e-19  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.290045  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0925  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  22.85 
 
 
554 aa  94.4  4e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1807  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.47 
 
 
732 aa  93.2  9e-18  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2817  thiamine transporter membrane protein  28.16 
 
 
523 aa  93.2  1e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.229213  normal  0.678489 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04850  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  27.67 
 
 
587 aa  93.2  1e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.73 
 
 
568 aa  92.4  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.655612  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2832  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.43 
 
 
559 aa  92  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.628501  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.59 
 
 
563 aa  91.7  3e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.859078  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0334  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.85 
 
 
543 aa  91.3  4e-17  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.122368  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3589  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.46 
 
 
564 aa  90.5  7e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.108646 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0179  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.45 
 
 
569 aa  89  2e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3808  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.54 
 
 
565 aa  88.6  3e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1721  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.2 
 
 
530 aa  88.2  3e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.353247  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21310  ABC transporter, permease component  29.52 
 
 
575 aa  86.7  9e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0856621  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0219  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.77 
 
 
601 aa  86.3  0.000000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0744847  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3415  thiamine transporter membrane protein  28.78 
 
 
535 aa  86.7  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1480  ABC transporter, permease protein  26.01 
 
 
276 aa  85.5  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00172714  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0736  thiamine transporter membrane protein  34.34 
 
 
535 aa  85.1  0.000000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3543  thiamine transporter membrane protein  28.78 
 
 
535 aa  85.1  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0614  thiamine transporter membrane protein  27.31 
 
 
536 aa  84.7  0.000000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.012901 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2944  thiamine transporter membrane protein  28.57 
 
 
535 aa  83.2  0.00000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.305825 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1169  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25 
 
 
602 aa  82.8  0.00000000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.0406993 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04170  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  39.64 
 
 
592 aa  83.2  0.00000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0420701  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0007  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.26 
 
 
512 aa  82.4  0.00000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.000000649932  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4359  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.71 
 
 
591 aa  82.4  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.184868  normal  0.311507 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.53 
 
 
600 aa  82.4  0.00000000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.147749  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0489  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, permease protein  36.57 
 
 
315 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.357372  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0857  ABC transporter, permease protein  36.57 
 
 
315 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.020364  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0586  ABC-type sulfate transport system, permease component  36.57 
 
 
315 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000133683  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1902  PhnU  36.57 
 
 
315 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421036  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2214  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, permease protein  36.57 
 
 
315 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.201652  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0898  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, permease protein  36.57 
 
 
315 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00123492  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1760  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, permease protein  36.57 
 
 
315 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.10579  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001685  thiamin ABC transporter transmembrane component  25.51 
 
 
516 aa  81.3  0.00000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2052  ABC transporter, permease protein  35.65 
 
 
315 aa  81.3  0.00000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.667193  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0257  NifC-like ABC-type porter  31.31 
 
 
270 aa  81.3  0.00000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3471  thiamine ABC transporter, inner membrane subunit  32.37 
 
 
509 aa  81.3  0.00000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4438  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.08 
 
 
296 aa  80.9  0.00000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.1 
 
 
306 aa  80.9  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0634047  normal  0.0648611 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0350  thiamine transporter membrane protein  30.99 
 
 
540 aa  80.9  0.00000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1012  thiamine transporter membrane protein  32.84 
 
 
514 aa  80.9  0.00000000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.775062  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3425  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, permease protein  36.73 
 
 
306 aa  80.9  0.00000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0399054 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.09 
 
 
579 aa  80.5  0.00000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.236914  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2994  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.97 
 
 
579 aa  80.1  0.00000000000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.434038  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5677  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.04 
 
 
589 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.35666  normal  0.522128 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1392  thiamine transporter membrane protein  35.14 
 
 
504 aa  79.7  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0350  ABC transporter, inner membrane subunit  36.56 
 
 
306 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0221605  normal  0.543826 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5009  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.12 
 
 
574 aa  79.7  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5187  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, permease protein  36.56 
 
 
306 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.196838  normal  0.696708 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5136  ABC transporter, permease protein  25.71 
 
 
574 aa  79.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.897571  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2759  Sulfate ABC transporter, permease protein CysT  29.7 
 
 
278 aa  79.3  0.0000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.65593 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1588  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.51 
 
 
563 aa  79.3  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5368  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  26.1 
 
 
574 aa  79.3  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4709  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.26 
 
 
319 aa  79  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0125909 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0059  thiamine transporter membrane protein  35.14 
 
 
504 aa  79  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1141  thiamine transporter membrane protein  32.46 
 
 
541 aa  79  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.661169  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1108  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.62 
 
 
545 aa  79.3  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.396425  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2799  thiamine transporter membrane protein  34.48 
 
 
504 aa  79  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0059  thiamine transporter membrane protein  32.11 
 
 
536 aa  78.6  0.0000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2872  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.08 
 
 
323 aa  78.6  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.134658 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1364  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.78 
 
 
728 aa  78.6  0.0000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6501  ABC transporter permease  28.73 
 
 
285 aa  78.2  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126106  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4193  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.04 
 
 
331 aa  78.2  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.203836  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.04 
 
 
334 aa  77.8  0.0000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0706374 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.23 
 
 
545 aa  78.2  0.0000000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0071  thiamine transporter membrane protein  32.11 
 
 
536 aa  77.8  0.0000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.818645  normal  0.387113 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.02 
 
 
306 aa  77.4  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.039013  normal  0.0178286 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0069  thiamine transporter membrane protein  32.11 
 
 
536 aa  77.8  0.0000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00069  thiamin ABC transporter membrane protein  32.09 
 
 
536 aa  77.4  0.0000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4970  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, permease protein  36.02 
 
 
306 aa  77.4  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0374231  normal  0.0875493 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0071  thiamine transporter membrane protein  31.65 
 
 
536 aa  77.4  0.0000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00068  hypothetical protein  32.09 
 
 
536 aa  77.4  0.0000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1758  thiamine transporter membrane protein  34.29 
 
 
543 aa  77  0.0000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.000432752  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1979  NifC-like ABC-type porter  31.91 
 
 
263 aa  77.4  0.0000000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.200297 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4318  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27 
 
 
615 aa  77  0.0000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.242541 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>