More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2817 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2817  thiamine transporter membrane protein  100 
 
 		 523 aa  987    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.229213  normal  0.678489 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0329  thiamine transporter membrane protein  53.82 
 
 		 521 aa  456  1e-127  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.356206 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2799  thiamine transporter membrane protein  58.21 
 
 		 504 aa  412  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1392  thiamine transporter membrane protein  58 
 
 		 504 aa  396  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0059  thiamine transporter membrane protein  58 
 
 		 504 aa  397  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001685  thiamin ABC transporter transmembrane component  38.19 
 
 		 516 aa  285  2.0000000000000002e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2118  thiamine transporter membrane protein  38.14 
 
 		 530 aa  280  4e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00789  thiamine transporter membrane protein  37.13 
 
 		 516 aa  279  8e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1758  thiamine transporter membrane protein  38.43 
 
 		 543 aa  273  7e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.000432752  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1141  thiamine transporter membrane protein  39.96 
 
 		 541 aa  269  1e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.661169  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2944  thiamine transporter membrane protein  37.52 
 
 		 535 aa  263  6.999999999999999e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.305825 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3543  thiamine transporter membrane protein  37.52 
 
 		 535 aa  262  8.999999999999999e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4267  thiamine transporter membrane protein  42.98 
 
 		 542 aa  261  2e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3415  thiamine transporter membrane protein  37.71 
 
 		 535 aa  261  3e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0386  thiamine transporter membrane protein  36.29 
 
 		 534 aa  259  8e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.127364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0614  thiamine transporter membrane protein  38.43 
 
 		 536 aa  257  4e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.012901 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3471  thiamine ABC transporter, inner membrane subunit  38.2 
 
 		 509 aa  256  6e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3108  thiamine transporter membrane protein  40.98 
 
 		 531 aa  256  7e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0113  thiamine transporter membrane protein  37.92 
 
 		 536 aa  255  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.195449 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0114  thiamine transporter membrane protein  37.72 
 
 		 536 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.576888 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0118  thiamine transporter membrane protein  37.72 
 
 		 536 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0333218 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0111  thiamine transporter membrane protein  37.72 
 
 		 536 aa  255  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0118  thiamine transporter membrane protein  37.92 
 
 		 536 aa  254  4.0000000000000004e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0350  thiamine transporter membrane protein  37.2 
 
 		 540 aa  250  3e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0059  thiamine transporter membrane protein  38.9 
 
 		 536 aa  249  6e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3590  thiamine transporter membrane protein  38.83 
 
 		 536 aa  249  8e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.838581  hitchhiker  0.00000463415 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0071  thiamine transporter membrane protein  38.83 
 
 		 536 aa  249  8e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00069  thiamin ABC transporter membrane protein  38.61 
 
 		 536 aa  248  2e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0071  thiamine transporter membrane protein  38.61 
 
 		 536 aa  248  2e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.818645  normal  0.387113 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00068  hypothetical protein  38.61 
 
 		 536 aa  248  2e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3532  thiamine ABC transporter, inner membrane subunit  38.9 
 
 		 536 aa  248  3e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3260  thiamine transporter membrane protein  42.08 
 
 		 545 aa  246  6.999999999999999e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0069  thiamine transporter membrane protein  38.68 
 
 		 536 aa  246  9.999999999999999e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0072  thiamine transporter membrane protein  38.18 
 
 		 536 aa  246  9.999999999999999e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3620  thiamine transporter membrane protein  39.29 
 
 		 535 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.393942  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0736  thiamine transporter membrane protein  39.15 
 
 		 535 aa  240  5e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1012  thiamine transporter membrane protein  34.44 
 
 		 514 aa  238  2e-61  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.775062  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3809  thiamine transporter membrane protein  38.19 
 
 		 535 aa  231  2e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0583  thiamine transporter membrane protein  40.91 
 
 		 537 aa  226  1e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.221441  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0622  thiamine transporter membrane protein  41.37 
 
 		 536 aa  222  9.999999999999999e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1199  thiamine ABC transporter, inner membrane subunit  38.93 
 
 		 555 aa  209  9e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.60189  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1808  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25 
 
 		 510 aa  128  3e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.31572  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2696  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.69 
 
 		 606 aa  125  1e-27  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.21 
 
 		 564 aa  117  3.9999999999999997e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.957532  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.36 
 
 		 565 aa  109  1e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0487  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.58 
 
 		 515 aa  102  2e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.7 
 
 		 634 aa  101  4e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0389  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.52 
 
 		 597 aa  99  2e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0461  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.47 
 
 		 663 aa  96.7  8e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.745838  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0144  thiamine ABC transporter, permease protein  24.49 
 
 		 560 aa  96.3  1e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.997679  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0179  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.36 
 
 		 569 aa  95.9  2e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31200  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  29.03 
 
 		 547 aa  95.5  2e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.393839  normal  0.564354 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0315  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.72 
 
 		 572 aa  90.5  7e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.0000013975  decreased coverage  0.00476885 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0434  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.85 
 
 		 544 aa  89.7  1e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.10733  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.24 
 
 		 532 aa  89  2e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.763133  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.2 
 
 		 528 aa  86.7  9e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.402791 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0747  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.43 
 
 		 547 aa  85.9  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3335  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.33 
 
 		 540 aa  84  0.000000000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.666018  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0087  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  31.67 
 
 		 226 aa  80.5  0.00000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4787  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  29.46 
 
 		 226 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00784926  hitchhiker  0.000000216421 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0289  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  30.32 
 
 		 226 aa  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0282  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  30.32 
 
 		 226 aa  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0286  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  30.32 
 
 		 226 aa  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0290  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  30.32 
 
 		 226 aa  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4447  molybdenum ABC transporter, permease protein  30.77 
 
 		 226 aa  77.4  0.0000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0278  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  30.77 
 
 		 226 aa  77.4  0.0000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000123104 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3743  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  30.77 
 
 		 226 aa  77.4  0.0000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0584009 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3245  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 		 550 aa  76.6  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0279  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  30.32 
 
 		 226 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000025705 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0394  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  30.63 
 
 		 227 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0093  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  28.96 
 
 		 226 aa  74.7  0.000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.30684  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3530  molybdenum ABC transporter, permease protein  30.26 
 
 		 225 aa  74.7  0.000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1758  NifC-like ABC-type porter  26.92 
 
 		 260 aa  72  0.00000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2021  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.09 
 
 		 285 aa  72.4  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2328  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit  29.82 
 
 		 264 aa  72  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000348346  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4396  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  27.03 
 
 		 226 aa  72  0.00000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00827136  hitchhiker  0.0000786314 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2157  ABC transporter, inner membrane subunit  35.29 
 
 		 311 aa  71.6  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0378  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.35 
 
 		 269 aa  71.6  0.00000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.51 
 
 		 314 aa  71.2  0.00000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0342399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.83 
 
 		 311 aa  71.2  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.345284  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5392  sulfate ABC transporter permease protein CysT  32.28 
 
 		 285 aa  71.2  0.00000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.783844  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4114  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  28.05 
 
 		 226 aa  70.9  0.00000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2783  ABC-type transport systems, permease component  29.38 
 
 		 261 aa  70.5  0.00000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000474953  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1021  NifC-like ABC-type porter  27.23 
 
 		 260 aa  70.5  0.00000000007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0923  NifC-like ABC-type porter  26.7 
 
 		 260 aa  70.5  0.00000000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1357  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  32.46 
 
 		 232 aa  70.1  0.00000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3393  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  30.77 
 
 		 264 aa  69.7  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.77 
 
 		 264 aa  69.7  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.645477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2747  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysW  30.88 
 
 		 274 aa  68.6  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1979  NifC-like ABC-type porter  27.59 
 
 		 263 aa  69.3  0.0000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.200297 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3355  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysW  30.88 
 
 		 274 aa  68.6  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.583255 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.1 
 
 		 263 aa  69.3  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829399  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1820  NifC-like ABC-type porter  30.99 
 
 		 261 aa  69.3  0.0000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0980695  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50660  Mo transporter membrane protein, ModB1  29.26 
 
 		 226 aa  68.6  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0705149  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3546  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  30.39 
 
 		 226 aa  67.8  0.0000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1922  molybdate ABC transporter inner membrane subunit  29.59 
 
 		 226 aa  67.8  0.0000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.454749  hitchhiker  0.00000014935 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3332  Sulfate ABC transporter, permease protein CysT  30.29 
 
 		 296 aa  67.8  0.0000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.845298  normal  0.297479 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2546  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  32.29 
 
 		 282 aa  67.4  0.0000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.914305 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0007  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30 
 
 		 512 aa  67.4  0.0000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.000000649932  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0539  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  31.8 
 
 		 293 aa  67  0.0000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>