More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE0144 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002967  TDE0144  thiamine ABC transporter, permease protein  100 
 
 
560 aa  1101    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.997679  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2696  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.11 
 
 
606 aa  156  1e-36  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0487  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.72 
 
 
515 aa  152  2e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1808  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.4 
 
 
510 aa  147  3e-34  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.31572  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0389  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30 
 
 
597 aa  140  7e-32  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.49 
 
 
565 aa  139  1e-31  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0461  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.02 
 
 
663 aa  139  1e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.745838  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.41 
 
 
564 aa  133  9e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.957532  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.37 
 
 
634 aa  133  9e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31200  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  23.63 
 
 
547 aa  128  2.0000000000000002e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.393839  normal  0.564354 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.04 
 
 
532 aa  122  1.9999999999999998e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.763133  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3471  thiamine ABC transporter, inner membrane subunit  24.95 
 
 
509 aa  120  7.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3543  thiamine transporter membrane protein  22.65 
 
 
535 aa  119  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2944  thiamine transporter membrane protein  22.45 
 
 
535 aa  117  6e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.305825 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00789  thiamine transporter membrane protein  24.17 
 
 
516 aa  117  7.999999999999999e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3415  thiamine transporter membrane protein  22.24 
 
 
535 aa  115  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001685  thiamin ABC transporter transmembrane component  22.52 
 
 
516 aa  114  4.0000000000000004e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3245  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.29 
 
 
550 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3260  thiamine transporter membrane protein  26.31 
 
 
545 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0315  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.25 
 
 
572 aa  110  5e-23  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.0000013975  decreased coverage  0.00476885 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0071  thiamine transporter membrane protein  23.82 
 
 
536 aa  109  1e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0072  thiamine transporter membrane protein  23.82 
 
 
536 aa  109  1e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3590  thiamine transporter membrane protein  23.82 
 
 
536 aa  109  1e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.838581  hitchhiker  0.00000463415 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0071  thiamine transporter membrane protein  23.86 
 
 
536 aa  109  1e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.818645  normal  0.387113 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0069  thiamine transporter membrane protein  23.82 
 
 
536 aa  109  1e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1012  thiamine transporter membrane protein  24.58 
 
 
514 aa  108  2e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.775062  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0059  thiamine transporter membrane protein  24.02 
 
 
536 aa  108  2e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3532  thiamine ABC transporter, inner membrane subunit  24.02 
 
 
536 aa  108  3e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3335  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.5 
 
 
540 aa  108  3e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.666018  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00069  thiamin ABC transporter membrane protein  23.55 
 
 
536 aa  107  4e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2817  thiamine transporter membrane protein  25.71 
 
 
523 aa  107  4e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.229213  normal  0.678489 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00068  hypothetical protein  23.55 
 
 
536 aa  107  4e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4267  thiamine transporter membrane protein  37.13 
 
 
542 aa  105  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0386  thiamine transporter membrane protein  22.87 
 
 
534 aa  106  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.127364  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0179  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.47 
 
 
569 aa  105  2e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3808  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.88 
 
 
565 aa  105  3e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0747  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.03 
 
 
547 aa  105  3e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3620  thiamine transporter membrane protein  22.87 
 
 
535 aa  104  5e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.393942  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0614  thiamine transporter membrane protein  23.37 
 
 
536 aa  102  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.012901 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0111  thiamine transporter membrane protein  22.52 
 
 
536 aa  101  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3809  thiamine transporter membrane protein  22.4 
 
 
535 aa  101  4e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0114  thiamine transporter membrane protein  22.52 
 
 
536 aa  101  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.576888 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0118  thiamine transporter membrane protein  22.52 
 
 
536 aa  101  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0333218 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0113  thiamine transporter membrane protein  22.52 
 
 
536 aa  100  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.195449 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.61 
 
 
509 aa  100  7e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.553789  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0118  thiamine transporter membrane protein  22.52 
 
 
536 aa  100  8e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0434  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.34 
 
 
544 aa  99.8  1e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.10733  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04170  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  29.61 
 
 
592 aa  99  2e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0420701  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2118  thiamine transporter membrane protein  21.17 
 
 
530 aa  99.4  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0334  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.82 
 
 
543 aa  98.2  4e-19  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.122368  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.28 
 
 
528 aa  96.3  1e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.402791 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0007  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.65 
 
 
512 aa  96.3  1e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.000000649932  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1758  thiamine transporter membrane protein  23.52 
 
 
543 aa  95.9  2e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.000432752  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0736  thiamine transporter membrane protein  29.06 
 
 
535 aa  94  6e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.2 
 
 
545 aa  93.6  9e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1141  thiamine transporter membrane protein  23.16 
 
 
541 aa  93.6  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.661169  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19470  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  24.22 
 
 
576 aa  93.2  1e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  22.66 
 
 
569 aa  92.4  2e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.290045  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0059  thiamine transporter membrane protein  31.35 
 
 
504 aa  91.7  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1392  thiamine transporter membrane protein  31.35 
 
 
504 aa  91.7  3e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3108  thiamine transporter membrane protein  25.72 
 
 
531 aa  91.7  4e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1108  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.43 
 
 
545 aa  90.1  1e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.396425  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0622  thiamine transporter membrane protein  22.89 
 
 
536 aa  88.6  3e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0219  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.91 
 
 
601 aa  87.8  4e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0744847  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04590  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  22.53 
 
 
551 aa  87.4  6e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0282  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.45 
 
 
569 aa  87  9e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1199  thiamine ABC transporter, inner membrane subunit  25.71 
 
 
555 aa  86.7  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.60189  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  22.63 
 
 
585 aa  85.9  0.000000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.992334  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1555  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.35 
 
 
561 aa  85.9  0.000000000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.488219  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  21.78 
 
 
563 aa  85.1  0.000000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.859078  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0350  thiamine transporter membrane protein  20.88 
 
 
540 aa  85.1  0.000000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2799  thiamine transporter membrane protein  29.41 
 
 
504 aa  84.7  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1239  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  22.43 
 
 
585 aa  84.3  0.000000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0468  2-aminoethylphosphonate ABC transporter permease  27.65 
 
 
289 aa  83.6  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0529  2-aminoethylphosphonate ABC transporter permease  27.65 
 
 
289 aa  83.6  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.222627  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0474  2-aminoethylphosphonate ABC transporter permease protein  27.65 
 
 
289 aa  83.6  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.976207 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1466  spermidine/putrescine ABC transporter permease protein  28.63 
 
 
275 aa  83.2  0.00000000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0487  2-aminoethylphosphonate ABC transporter permease  27.78 
 
 
286 aa  83.2  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.57 
 
 
263 aa  82.4  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829399  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1480  ABC transporter, permease protein  27.6 
 
 
276 aa  82.4  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00172714  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4262  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  21.83 
 
 
593 aa  82  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4912  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  21.92 
 
 
547 aa  81.6  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.341081  normal  0.198477 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1098  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.25 
 
 
758 aa  81.3  0.00000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.276526  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0857  ABC transporter, permease protein  25.58 
 
 
315 aa  80.9  0.00000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.020364  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1902  PhnU  25.58 
 
 
315 aa  80.9  0.00000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421036  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2214  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, permease protein  25.58 
 
 
315 aa  80.9  0.00000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.201652  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0489  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, permease protein  25.58 
 
 
315 aa  80.9  0.00000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.357372  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0898  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, permease protein  25.58 
 
 
315 aa  80.9  0.00000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00123492  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0586  ABC-type sulfate transport system, permease component  25.58 
 
 
315 aa  80.9  0.00000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000133683  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1760  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, permease protein  25.58 
 
 
315 aa  80.9  0.00000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.10579  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1238  iron compound ABC transporter permease  22.43 
 
 
552 aa  80.5  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1413  putative iron compound ABC transporter, permease protein  22.24 
 
 
585 aa  80.1  0.00000000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1586  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  22.64 
 
 
551 aa  79.7  0.0000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1214  iron ABC transporter permease  22.43 
 
 
583 aa  79.7  0.0000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2052  ABC transporter, permease protein  27.27 
 
 
315 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.667193  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1438  iron compound ABC transporter, permease protein, putative  21.63 
 
 
583 aa  79.3  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4791  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, permease protein  28.57 
 
 
318 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000398621  hitchhiker  0.00000336758 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1873  ABC transporter, inner membrane subunit  28.57 
 
 
314 aa  79.3  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0965334  normal  0.266931 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.75 
 
 
306 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0634047  normal  0.0648611 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.04 
 
 
274 aa  78.6  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.301683 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>