46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4611 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4611  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 427 aa  879    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.28145  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1804  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  68.3 
 
 		 424 aa  597  1e-169  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4924  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  67.99 
 
 		 424 aa  592  1e-168  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000076523  normal  0.290794 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3883  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  67.29 
 
 		 424 aa  584  1.0000000000000001e-165  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4214  xylose isomerase domain-containing protein  65.65 
 
 		 424 aa  578  1e-164  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0943011  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6263  L-rhamnose catabolism isomerase  51.64 
 
 		 430 aa  449  1e-125  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.290662  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2213  L-rhamnose catabolism isomerase  52.4 
 
 		 429 aa  447  1.0000000000000001e-124  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.118721 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5806  L-rhamnose catabolism isomerase  50.94 
 
 		 430 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.142354  normal  0.0518605 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0692  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  51.8 
 
 		 428 aa  443  1e-123  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.822847  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6706  L-rhamnose catabolism isomerase  52.33 
 
 		 430 aa  441  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.161678 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3573  L-rhamnose catabolism isomerase  55.56 
 
 		 430 aa  431  1e-120  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0222  L-rhamnose catabolism isomerase  49.76 
 
 		 430 aa  434  1e-120  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.206591 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2116  L-rhamnose catabolism isomerase  51.58 
 
 		 428 aa  431  1e-119  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.885684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1726  xylose isomerase-like TIM barrel  49.14 
 
 		 429 aa  393  1e-108  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.302713  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0427  L-rhamnose isomerase  43.39 
 
 		 397 aa  349  5e-95  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0217069  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2253  L-rhamnose isomerase  44.61 
 
 		 408 aa  347  2e-94  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000884653  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1680  rhamnose isomerase related  41.67 
 
 		 405 aa  325  8.000000000000001e-88  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0758424  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2856  L-rhamnose isomerase  42.39 
 
 		 396 aa  313  2.9999999999999996e-84  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1673  L-rhamnose isomerase  42.71 
 
 		 382 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0909219  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4811  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  43.26 
 
 		 403 aa  308  1.0000000000000001e-82  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29630  L-rhamnose isomerase  42.78 
 
 		 392 aa  302  7.000000000000001e-81  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0706  L-rhamnose isomerase  39.22 
 
 		 409 aa  297  3e-79  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.422023  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2455  rhamnose isomerase-related protein  39.59 
 
 		 396 aa  295  1e-78  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1387  L-rhamnose isomerase  41.44 
 
 		 398 aa  285  8e-76  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.568177  normal  0.0266628 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0886  L-rhamnose isomerase  41.05 
 
 		 388 aa  282  9e-75  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6712  L-rhamnose isomerase  40.05 
 
 		 388 aa  281  2e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.583299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05810  L-rhamnose isomerase  41.78 
 
 		 391 aa  280  3e-74  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3045  L-rhamnose isomerase  39.16 
 
 		 396 aa  278  1e-73  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0111676  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3107  L-rhamnose isomerase  40.32 
 
 		 388 aa  277  3e-73  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3624  L-rhamnose isomerase  39.69 
 
 		 388 aa  273  6e-72  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.000224876  normal  0.0801622 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3306  L-rhamnose isomerase  39.52 
 
 		 388 aa  271  1e-71  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.984678  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0428  L-rhamnose isomerase  38.96 
 
 		 390 aa  266  7e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2987  L-rhamnose isomerase  39.39 
 
 		 394 aa  264  3e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.668681  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4772  L-rhamnose isomerase  38.56 
 
 		 382 aa  262  8.999999999999999e-69  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4478  L-rhamnose isomerase  38.56 
 
 		 382 aa  260  3e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4391  rhamnose isomerase related  38.56 
 
 		 382 aa  260  3e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0558803  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3703  L-rhamnose isomerase  38.42 
 
 		 387 aa  260  4e-68  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.627849 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2382  L-rhamnose isomerase  38.87 
 
 		 392 aa  253  7e-66  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.781234 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4673  L-rhamnose isomerase  37.53 
 
 		 388 aa  250  4e-65  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.239648  normal  0.828695 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2108  xylose isomerase-like  28.35 
 
 		 323 aa  79  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.546252  normal  0.693114 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0405  xylose isomerase domain-containing protein  26.29 
 
 		 298 aa  77.8  0.0000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.601416  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7362  xylose isomerase  27.2 
 
 		 326 aa  71.6  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.730487  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0246  xylose isomerase domain-containing protein  25.94 
 
 		 296 aa  67.8  0.0000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.483047  normal  0.792489 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45308  ribokinase  22.89 
 
 		 709 aa  63.2  0.000000009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.394155  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0272  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.71 
 
 		 308 aa  58.5  0.0000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2026  xylose isomerase-like TIM barrel  25.09 
 
 		 380 aa  52.4  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>