More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_5950 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_5950  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 321 aa  636    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2909  transcriptional regulator, LysR family  58.36 
 
 		 320 aa  337  1.9999999999999998e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.441228  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4251  LysR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 312 aa  291  1e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23700  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 303 aa  287  1e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0115342 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20810  transcriptional regulator, LysR family  48.99 
 
 		 305 aa  286  4e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.582768  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2550  transcriptional regulator, LysR family  48.65 
 
 		 300 aa  281  1e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.673699 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2809  transcriptional regulator, LysR family  49.66 
 
 		 300 aa  281  1e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.445553  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1596  transcriptional regulator, LysR family  51.35 
 
 		 305 aa  276  5e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2734  LysR family transcriptional regulator  49.14 
 
 		 303 aa  273  4.0000000000000004e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3506  LysR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 319 aa  250  2e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 301 aa  244  1.9999999999999999e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0139  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 301 aa  241  1e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0154099 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3183  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 299 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.224527  normal  0.322731 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2534  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 299 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.487932  normal  0.277262 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  45.89 
 
 		 310 aa  239  5e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2019  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 296 aa  238  1e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213038  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3595  transcriptional regulator, LysR family  46.26 
 
 		 317 aa  236  3e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1002  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 320 aa  236  4e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1155  LysR substrate binding domain-containing protein  43.73 
 
 		 349 aa  236  4e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.947085  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0873  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 320 aa  236  4e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.493245  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0275  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 320 aa  236  4e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0423323  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0995  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 349 aa  236  4e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0291336  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2431  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 312 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2930  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 301 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3664  transcriptional regulator, LysR family  45.58 
 
 		 317 aa  231  1e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0952  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 317 aa  229  4e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0799  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 320 aa  224  2e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2899  transcriptional regulator, LysR family  43.25 
 
 		 301 aa  222  6e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0977536  normal  0.071829 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3053  LysR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 311 aa  221  9e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 301 aa  219  3.9999999999999997e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5139  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 300 aa  219  5e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.528058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 320 aa  218  1e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35920  Regulatory protein, LysR family  42.71 
 
 		 304 aa  217  2.9999999999999998e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3431  putative transcriptional regulator  40.2 
 
 		 327 aa  203  3e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0719  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 303 aa  199  6e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  42.07 
 
 		 300 aa  197  1.0000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3612  transcriptional regulator, LysR family  40.83 
 
 		 307 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.155028 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0329  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0776  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.580459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4522  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.275616  normal  0.76978 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 303 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4660  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 298 aa  195  9e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.727682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 327 aa  194  2e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4655  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 313 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0321  transcriptional regulator, LysR family  38.95 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.08 
 
 		 307 aa  190  2.9999999999999997e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 327 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 300 aa  189  4e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 327 aa  189  4e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 304 aa  189  5e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3613  transcriptional regulator, LysR family  40.75 
 
 		 298 aa  189  5.999999999999999e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.901661  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.44 
 
 		 304 aa  188  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 307 aa  188  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0546  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 304 aa  188  1e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.921789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 301 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 301 aa  186  3e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 301 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40440  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 295 aa  187  3e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 304 aa  186  4e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2411  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 304 aa  186  4e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.410162  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  36.08 
 
 		 302 aa  185  7e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0994  transcriptional regulator, LysR family  38.97 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.294309 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 300 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3771  transcriptional regulator, LysR family  39.25 
 
 		 298 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 296 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  36.67 
 
 		 309 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 362 aa  183  4.0000000000000006e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 293 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1090  transcriptional regulator, LysR family  38.97 
 
 		 298 aa  182  6e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 299 aa  182  8.000000000000001e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 299 aa  182  9.000000000000001e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1696  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 308 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4164  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 310 aa  180  2.9999999999999997e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  34.95 
 
 		 307 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  34.95 
 
 		 307 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 302 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 302 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 302 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 306 aa  179  5.999999999999999e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  40.59 
 
 		 293 aa  179  5.999999999999999e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 298 aa  179  7e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2711  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 303 aa  178  8e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1360  transcription regulator protein  40.21 
 
 		 309 aa  178  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.508448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 307 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 324 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0212  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 304 aa  178  1e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00206756  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00206  hypothetical protein  37.11 
 
 		 304 aa  177  2e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0410723  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0203  transcriptional regulator, LysR family  37.11 
 
 		 304 aa  177  2e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>