126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1611 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_1611  peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 
334 aa  698    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000139366  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0425  peptidoglycan-binding LysM  97.6 
 
 
334 aa  679    Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0216464  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2818  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  50.98 
 
 
233 aa  197  1.0000000000000001e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0569502  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0415  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain-containing protein  50.24 
 
 
233 aa  195  1e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1270  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  47.78 
 
 
233 aa  179  7e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.903617  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0822  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  26.82 
 
 
253 aa  68.2  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3111  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  31.13 
 
 
539 aa  64.3  0.000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000635651  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3210  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  30.56 
 
 
533 aa  62.4  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5468  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  30.28 
 
 
533 aa  60.5  0.00000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000294756  normal  0.0109567 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0777  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  31.43 
 
 
567 aa  59.3  0.00000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.173449  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1417  Peptidoglycan-binding LysM  51.79 
 
 
223 aa  57.4  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1429  cell wall hydrolase, SleB  57.45 
 
 
267 aa  55.5  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000499844  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2097  NLP/P60 protein  54.17 
 
 
341 aa  55.5  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2497  Curculin domain protein (mannose-binding) lectin  55.1 
 
 
190 aa  55.8  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3449  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  29.2 
 
 
843 aa  55.1  0.000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3361  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  29.66 
 
 
575 aa  55.1  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.00000479287  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2329  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  29.37 
 
 
596 aa  54.3  0.000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.234722  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3407  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  27.92 
 
 
351 aa  53.1  0.000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000173531  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0925  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  29.29 
 
 
572 aa  52.8  0.000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.702364  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2581  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  25.75 
 
 
354 aa  52.8  0.000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000866464  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1755  NLP/P60 protein  54 
 
 
255 aa  52.8  0.000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4405  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  29.29 
 
 
567 aa  52.8  0.000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000032251 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0962  hypothetical protein  28.57 
 
 
579 aa  52.8  0.000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2004  LysM domain/BON superfamily protein  52 
 
 
161 aa  52.8  0.000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1211  NLP/P60 protein  55.32 
 
 
338 aa  52.8  0.000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000171376  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0777  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  28.57 
 
 
579 aa  52  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00112193  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0054  cell wall hydrolase, SleB  49.09 
 
 
261 aa  52  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000771521 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1096  cell wall hydrolase, SleB  37.93 
 
 
304 aa  51.2  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.345588  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1050  hypothetical protein  28.57 
 
 
578 aa  51.6  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0963  hypothetical protein  28.57 
 
 
579 aa  51.6  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0829  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  28.57 
 
 
397 aa  51.2  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0872  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  28.37 
 
 
348 aa  50.8  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0587  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  26.03 
 
 
553 aa  50.4  0.00005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.369962  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2055  peptidoglycan-binding LysM  44.26 
 
 
333 aa  50.1  0.00006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000227262  normal  0.0328069 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0100  LysM domain-containing protein  57.45 
 
 
324 aa  49.7  0.00007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.54299  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3954  hypothetical protein  52 
 
 
405 aa  49.3  0.00009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10149  normal  0.332371 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3033  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase and S-layer protein fusion  30.3 
 
 
591 aa  48.1  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2982  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase and S-layer protein fusion  30.3 
 
 
591 aa  47.8  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2916  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  33.04 
 
 
185 aa  48.5  0.0002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2639  NLP/P60 protein  41.54 
 
 
349 aa  48.1  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1313  hypothetical protein  35.58 
 
 
969 aa  48.1  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.489713 
 
 
-
 
NC_010183  BcerKBAB4_5853  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  31.63 
 
 
311 aa  48.1  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3412  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  31.63 
 
 
310 aa  48.1  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000169904  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2544  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  26.28 
 
 
235 aa  48.5  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000466767  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3268  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase and S-layer protein fusion  31.31 
 
 
599 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1979  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  31.31 
 
 
599 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2405  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  23.76 
 
 
354 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000414044  normal  0.0779521 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3311  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  30.3 
 
 
591 aa  47.8  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3295  S-layer protein, putative  30.3 
 
 
591 aa  47.8  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3303  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  30.3 
 
 
591 aa  47.8  0.0003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.653459  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3710  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  27.27 
 
 
575 aa  47  0.0004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3463  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  27.27 
 
 
575 aa  47  0.0004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.219832  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3737  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  27.27 
 
 
575 aa  47  0.0004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1701  cell wall hydrolase SleB  45.1 
 
 
203 aa  47.4  0.0004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3716  surface-layer N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  27.27 
 
 
575 aa  47  0.0004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.597701  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3692  surface-layer N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  27.27 
 
 
575 aa  47  0.0004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00650388 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3381  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  27.27 
 
 
389 aa  47  0.0005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.515953  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8747  Peptidoglycan-binding LysM  52.63 
 
 
994 aa  47  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.358141 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0979  peptidoglycan-binding LysM  40.91 
 
 
651 aa  47  0.0005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2498  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  31.54 
 
 
218 aa  47  0.0005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.11512  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2739  NLP/P60 protein  47.83 
 
 
216 aa  46.6  0.0005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.232039  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3255  LysM domain/BON superfamily protein  48.08 
 
 
157 aa  46.6  0.0005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3686  Peptidoglycan-binding LysM  44.26 
 
 
97 aa  47  0.0005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68400  LysM domain/BON superfamily protein  36.36 
 
 
145 aa  46.6  0.0006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00863438  normal  0.536726 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02210  hypothetical protein  51.02 
 
 
166 aa  46.6  0.0006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2637  prophage LambdaBa01, N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase, family 2  27.82 
 
 
311 aa  46.6  0.0006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0486  CHAP domain-containing protein  50 
 
 
334 aa  46.2  0.0008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0271604  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0499  CHAP domain-containing protein  50 
 
 
334 aa  46.2  0.0008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000123555  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2684  prophage LambdaBa01, N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase, family 2  30.61 
 
 
311 aa  46.2  0.0008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  47.92 
 
 
527 aa  46.2  0.0009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3490  prophage LambdaBa01, N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family protein 2  30.61 
 
 
310 aa  45.8  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000000347114  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3784  prophage LambdaBa02, N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family protein 2  29.59 
 
 
234 aa  45.4  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.659713  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3767  prophage lambdaba01, n-acetylmuramoyl-l-alanine amidase family protein 2  30.61 
 
 
310 aa  45.8  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.0000000000174527  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4073  prophage lambdaba02, n-acetylmuramoyl-l-alanine amidase family protein 2  29.59 
 
 
234 aa  45.4  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0479691  n/a   
 
 
-
 
NC_013531  Xcel_3426  Peptidoglycan-binding LysM  44.44 
 
 
1091 aa  45.8  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1043  lipoprotein NlpD  57.45 
 
 
296 aa  45.8  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.859563 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0367  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  26.75 
 
 
481 aa  45.4  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1080  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  26.75 
 
 
481 aa  45.4  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.063443  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0376  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  26.75 
 
 
481 aa  45.4  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1101  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  26.75 
 
 
481 aa  45.4  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.299401  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2954  peptidoglycan-binding LysM  48 
 
 
312 aa  45.8  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1626  cell wall hydrolase SleB  48.94 
 
 
253 aa  45.8  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.193546  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1910  peptidoglycan-binding LysM  48 
 
 
382 aa  45.4  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.937907 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2695  peptidoglycan-binding protein  42.11 
 
 
440 aa  44.7  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0857  peptidoglycan-binding LysM  45.61 
 
 
93 aa  44.7  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.555346  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0972  peptidoglycan-binding LysM  32.95 
 
 
546 aa  45.1  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2229  peptidoglycan-binding LysM  44 
 
 
1086 aa  44.7  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1891  Lytic transglycosylase catalytic  64.52 
 
 
304 aa  44.7  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1352  peptidoglycan-binding LysM  42.11 
 
 
440 aa  44.7  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.47776  normal  0.0441198 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1450  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  31.58 
 
 
185 aa  44.7  0.002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.655683  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5918  LysM domain/BON superfamily protein  35.06 
 
 
145 aa  45.1  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2836  LysM domain/BON superfamily protein  47.17 
 
 
148 aa  45.1  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00380861 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0789  peptidoglycan-binding LysM  46.81 
 
 
285 aa  44.7  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3022  NLP/P60 protein  44.26 
 
 
289 aa  45.1  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.618403  normal  0.062405 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0821  Peptidoglycan-binding LysM  48.98 
 
 
164 aa  44.7  0.002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0727806 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2434  cell wall/surface repeat protein  39.34 
 
 
2207 aa  45.1  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1556  Lytic transglycosylase catalytic  31.87 
 
 
440 aa  44.7  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1315  peptidoglycan-binding LysM  46.15 
 
 
377 aa  44.3  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.798915  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2798  cell wall hydrolase, SleB  42.37 
 
 
277 aa  44.3  0.003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3056  NLP/P60 protein  43.75 
 
 
347 aa  44.3  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000688808  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>