More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_0333 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011761  AFE_0826  type I restriction-modification system, M subunit  82.02 
 
 		 520 aa  901    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.580356  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1159  N-6 DNA methylase  67.1 
 
 		 516 aa  733    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000301602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0964  N-6 DNA methylase  82.02 
 
 		 520 aa  901    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.311438  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2273  N-6 DNA methylase  64.09 
 
 		 522 aa  704    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.443565  hitchhiker  0.00000125043 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0306  N-6 DNA methylase  91.41 
 
 		 547 aa  1035    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0895835 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0333  N-6 DNA methylase  100 
 
 		 547 aa  1127    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.175232 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2210  N-6 DNA methylase  63.9 
 
 		 522 aa  705    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1896  N-6 DNA methylase  52.38 
 
 		 511 aa  560  1e-158  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.836046  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1211  N-6 DNA methylase  51.19 
 
 		 522 aa  556  1e-157  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1672  N-6 DNA methylase  51.38 
 
 		 516 aa  541  1e-153  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.179457  hitchhiker  0.001187 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1089  N-6 DNA methylase  50.27 
 
 		 527 aa  535  1e-151  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1097  N-6 DNA methylase  51.55 
 
 		 513 aa  535  1e-151  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.34986 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2691  N-6 DNA methylase  50.55 
 
 		 523 aa  522  1e-147  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3108  N-6 DNA methylase  44.2 
 
 		 610 aa  451  1e-125  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1177  XRE family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 519 aa  437  1e-121  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.602323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1565  N-6 DNA methylase  42.55 
 
 		 519 aa  420  1e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.236926  unclonable  0.0000184799 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04440  type I restriction-modification system, M subunit  36.18 
 
 		 495 aa  340  2.9999999999999998e-92  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2389  type I restriction-modification system, M subunit  34.64 
 
 		 574 aa  296  6e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48944  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2791  type I restriction-modification system, M subunit  34.44 
 
 		 633 aa  291  3e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0840  type I restriction-modification system, M subunit  34.62 
 
 		 508 aa  286  5.999999999999999e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.10678  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0788  type I restriction-modification system, M subunit  34.62 
 
 		 523 aa  286  7e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.237272  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3794  type I restriction-modification system, M subunit  33.07 
 
 		 574 aa  281  2e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2903  Type I restriction-modification system M subunit  33.27 
 
 		 574 aa  275  2.0000000000000002e-72  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1792  N-6 adenine-specific DNA methylase  32.02 
 
 		 587 aa  271  2e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0383  type I restriction-modification system, M subunit  32.95 
 
 		 585 aa  269  8e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2599  type I restriction-modification system, M subunit  33.94 
 
 		 505 aa  264  3e-69  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0274218  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0161  type I restriction-modification system, M subunit  31.94 
 
 		 506 aa  261  2e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0942  Type I restriction-modification system M subunit  32.29 
 
 		 495 aa  261  3e-68  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.100571  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06810  type I restriction enzyme M protein  31.1 
 
 		 526 aa  260  6e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  32.53 
 
 		 498 aa  259  8e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3610  N-6 DNA methylase  32.71 
 
 		 500 aa  258  2e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.578876  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0103  N-6 DNA methylase  31.47 
 
 		 493 aa  257  5e-67  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3178  N-6 DNA methylase  31.99 
 
 		 498 aa  256  1.0000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0125713  hitchhiker  0.0000000000157011 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1072  type I restriction-modification system, M subunit  33.07 
 
 		 815 aa  253  5.000000000000001e-66  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3429  type I restriction-modification system, M subunit  33.09 
 
 		 505 aa  253  7e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0005  type I restriction-modification system, M subunit, putative  31.63 
 
 		 568 aa  253  8.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0508  type I restriction-modification system, M subunit  31.87 
 
 		 814 aa  252  1e-65  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3984  N-6 DNA methylase  31.69 
 
 		 505 aa  252  1e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3981  N-6 DNA methylase  31.23 
 
 		 499 aa  251  2e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.625863  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3551  type I restriction-modification system, M subunit  32.84 
 
 		 499 aa  249  1e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.795147  normal  0.253327 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2927  type I restriction-modification system, M subunit  32.85 
 
 		 504 aa  248  2e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4043  N-6 DNA methylase  32.66 
 
 		 824 aa  248  2e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05613  type I restriction-modification system specificity subunit  32.86 
 
 		 873 aa  247  3e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0850  N-6 DNA methylase  32.4 
 
 		 496 aa  247  4e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3154  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  33.73 
 
 		 508 aa  246  9.999999999999999e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4262  type I restriction-modification system, M subunit  30.18 
 
 		 527 aa  246  9.999999999999999e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0990  type I restriction-modification system, M subunit  31.26 
 
 		 501 aa  245  9.999999999999999e-64  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.555022  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0405  type I restriction-modification system, M subunit  33.33 
 
 		 799 aa  243  6e-63  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4819  N-6 DNA methylase  31.19 
 
 		 499 aa  242  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0563  type I restriction-modification system, M subunit  31.02 
 
 		 908 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0170311  hitchhiker  0.0000000000000803096 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4820  N-6 DNA methylase  30.29 
 
 		 496 aa  240  5.999999999999999e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3609  N-6 DNA methylase  33.07 
 
 		 508 aa  239  6.999999999999999e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0849  N-6 DNA methylase  32.14 
 
 		 492 aa  238  1e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4014  N-6 DNA methylase  32.4 
 
 		 816 aa  238  3e-61  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0614  type I restriction-modification system, M subunit  28.88 
 
 		 494 aa  236  6e-61  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0763672  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3176  N-6 DNA methylase  33.07 
 
 		 503 aa  235  1.0000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00238415  unclonable  0.0000000000000309055 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3427  type I restriction-modification system methylation subunit-like  32.4 
 
 		 504 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0499  type I restriction-modification system, M subunit  30.62 
 
 		 808 aa  234  3e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.115412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0097  type I restriction-modification system M subunit  31.25 
 
 		 822 aa  233  7.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.836051  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0606  type I restriction-modification system subunit M  30.81 
 
 		 523 aa  231  2e-59  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2925  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  30.91 
 
 		 708 aa  229  7e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2348  type I restriction-modification system, M subunit  30.88 
 
 		 505 aa  228  2e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.427504  hitchhiker  0.00993981 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2472  type I restriction-modification system, M subunit  29.6 
 
 		 518 aa  227  4e-58  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0275864  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5009  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  30.06 
 
 		 860 aa  226  7e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.235997 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2258  type I restriction-modification system, M subunit  31.35 
 
 		 891 aa  226  7e-58  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2550  type I restriction-modification system, M subunit  30.16 
 
 		 527 aa  224  3e-57  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.19461  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1888  type I restriction-modification system, M subunit  30.14 
 
 		 526 aa  223  6e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2453  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  29.88 
 
 		 538 aa  217  5e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.53896  normal  0.845275 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0466  type I restriction-modification system, M subunit  28.57 
 
 		 518 aa  214  3.9999999999999995e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0454  type I restriction-modification system, M subunit  28.57 
 
 		 518 aa  214  3.9999999999999995e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1860  type I restriction-modification system, M subunit  28.57 
 
 		 518 aa  213  5.999999999999999e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.876278  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1895  type I restriction-modification system, M subunit  28.57 
 
 		 518 aa  213  5.999999999999999e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.646372  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3354  type I restriction-modification system, M subunit  27.1 
 
 		 528 aa  212  2e-53  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.501947  normal  0.0329699 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2672  N-6 DNA methylase  31.92 
 
 		 814 aa  211  2e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.29252  normal  0.213379 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2853  N-6 DNA methylase  30.99 
 
 		 810 aa  209  1e-52  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0991376 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7556  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  29.67 
 
 		 544 aa  209  1e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0224  Type I restriction-modification system, M subunit  28.72 
 
 		 519 aa  209  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0865  type I restriction-modification system, M subunit  30.8 
 
 		 814 aa  209  1e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173727  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0019  N-6 DNA methylase  27.9 
 
 		 501 aa  209  1e-52  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00151011 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0369  type I restriction-modification system, M subunit  29.67 
 
 		 871 aa  208  2e-52  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1779  type I restriction-modification system specificity subunit  31.14 
 
 		 799 aa  208  3e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0034  N-6 DNA methylase  28.52 
 
 		 544 aa  207  4e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.966218 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0251  type I restriction-modification system, M subunit  30.87 
 
 		 808 aa  207  5e-52  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0039  N-6 DNA methylase  27.72 
 
 		 501 aa  206  7e-52  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.250679  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2908  N-6 DNA methylase  29.41 
 
 		 523 aa  205  2e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0952  type I restriction-modification system, M subunit  30.83 
 
 		 809 aa  203  5e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000609916 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3148  N-6 DNA methylase  29.01 
 
 		 540 aa  204  5e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.303766 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12769  type I restriction/modification system DNA methylase hsdM  28.72 
 
 		 540 aa  202  9.999999999999999e-51  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1359  N-6 DNA methylase  28.25 
 
 		 529 aa  202  9.999999999999999e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.315285 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1858  N-6 DNA methylase  27.57 
 
 		 540 aa  202  9.999999999999999e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0036  type I restriction enzyme  27.33 
 
 		 510 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.27058  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1940  N-6 DNA methylase  27.98 
 
 		 535 aa  201  1.9999999999999998e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0625168  normal  0.0625802 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0869  N-6 DNA methylase  28.01 
 
 		 510 aa  201  3e-50  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4623  type I restriction-modification system, M subunit  31.3 
 
 		 810 aa  201  3e-50  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.218097 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0439  Type I restriction-modification system M subunit  30.94 
 
 		 534 aa  201  3.9999999999999996e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00153392  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4777  N-6 DNA methylase  28.16 
 
 		 517 aa  201  3.9999999999999996e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.797401  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4931  type I restriction-modification system, M subunit  27.44 
 
 		 539 aa  200  6e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.748503  normal  0.593383 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2793  type I restriction-modification system, M subunit  29 
 
 		 525 aa  199  9e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2925  N-6 DNA methylase  30.66 
 
 		 680 aa  199  9e-50  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2418  N-6 DNA methylase  29 
 
 		 525 aa  199  9e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.572428  normal  0.0719197 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>