249 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_1109 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_1109  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  100 
 
 
318 aa  654    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1528  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  69.81 
 
 
320 aa  477  1e-133  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0994  alcohol dehydrogenase  70.13 
 
 
318 aa  472  1e-132  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0923  chlorobiumquinone synthase BchC related protein  67.61 
 
 
318 aa  468  1.0000000000000001e-131  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.125274  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1181  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  65.41 
 
 
319 aa  451  1.0000000000000001e-126  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.531712 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1445  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  65.72 
 
 
318 aa  446  1.0000000000000001e-124  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1497  chlorobiumquinone synthase BchC related protein  65.61 
 
 
318 aa  436  1e-121  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.132648  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3128  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  28.17 
 
 
328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3261  alcohol dehydrogenase  25.99 
 
 
327 aa  114  3e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0255944 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3747  alcohol dehydrogenase  26.81 
 
 
323 aa  108  1e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00165792  hitchhiker  0.00000793402 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1422  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide  27.81 
 
 
334 aa  107  3e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1534  chlorophyll synthesis pathway, BchC  25.87 
 
 
321 aa  105  1e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00910743 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0980  chlorophyll synthesis pathway, BchC  27.19 
 
 
334 aa  104  2e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0401  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide  27.1 
 
 
332 aa  101  2e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.632471  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0938  chlorophyll synthesis pathway, BchC  25.31 
 
 
325 aa  98.2  2e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0898  chlorophyll synthesis pathway, BchC  26.25 
 
 
334 aa  97.8  2e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.714457  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1791  chlorophyll synthesis pathway, BchC  26.88 
 
 
334 aa  97.8  2e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.916125  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1611  chlorophyll synthesis pathway, BchC  25.48 
 
 
327 aa  91.7  1e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3696  chlorophyll synthesis pathway, BchC  24.52 
 
 
312 aa  83.2  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.503769  hitchhiker  0.00324331 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00443  alcohol dehydrogenase, zinc-containing, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G04620)  24.13 
 
 
348 aa  78.2  0.0000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.712673  normal  0.179972 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2851  chlorophyll synthesis pathway, BchC  24.76 
 
 
312 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.754242 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3133  alcohol dehydrogenase  24.33 
 
 
329 aa  75.1  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4002  chlorophyll synthesis pathway protein BchC  23.08 
 
 
312 aa  74.3  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.232331  decreased coverage  0.000580255 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6438  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide A dehydrogenase  23.97 
 
 
313 aa  73.2  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2729  chlorophyll synthesis pathway, BchC  24.05 
 
 
312 aa  73.2  0.000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.195631  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2981  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide  22.15 
 
 
317 aa  72.4  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.383171  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3516  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide A dehydrogenase  21.73 
 
 
312 aa  71.6  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.549552 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2956  chlorophyll synthesis pathway, BchC  24.05 
 
 
312 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.106767 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3757  chlorophyll synthesis pathway protein BchC  23.17 
 
 
312 aa  70.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00485804 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2037  chlorophyll synthesis pathway, BchC  22.01 
 
 
318 aa  71.2  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228307  normal  0.0545701 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1823  alcohol dehydrogenase  26.38 
 
 
350 aa  68.6  0.0000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00496203  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2051  chlorophyll synthesis pathway, BchC  23.75 
 
 
315 aa  68.2  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0614897 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2819  chlorophyll synthesis pathway, BchC  23.2 
 
 
312 aa  67.4  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.370469  normal  0.373141 
 
 
-
 
NC_006685  CNC06260  zinc-binding dehydrogenase, putative  24.42 
 
 
349 aa  67  0.0000000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.040279  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0263  chlorophyll synthesis pathway, bchC  21.77 
 
 
318 aa  67  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1907  chlorophyll synthesis pathway, BchC  21.77 
 
 
318 aa  67  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.274753  normal  0.343747 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2269  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  21.58 
 
 
335 aa  66.6  0.0000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.992449  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1709  chlorophyll synthesis pathway, BchC  22.12 
 
 
312 aa  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0127  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  24.65 
 
 
345 aa  64.7  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2180  putative zinc-containing alcohol dehydrogenase  23.93 
 
 
327 aa  64.3  0.000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11924  dehydrogenase  25.59 
 
 
384 aa  62.8  0.000000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1292  chlorophyll synthesis pathway protein BchC  22.42 
 
 
312 aa  61.6  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.557633  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0389  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  24.04 
 
 
341 aa  62  0.00000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2153  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  24.54 
 
 
340 aa  58.5  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0293801  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1780  threonine dehydrogenase or related Zn-dependent dehydrogenase  26.02 
 
 
337 aa  58.5  0.0000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5306  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  23.77 
 
 
329 aa  58.9  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0351  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  23.74 
 
 
357 aa  58.2  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.798846  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2713  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  22.94 
 
 
333 aa  57  0.0000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22030  Zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily  22.22 
 
 
375 aa  57  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.255526  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1545  alcohol dehydrogenase  25.2 
 
 
322 aa  56.2  0.0000007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.0146504 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8852  L-threonine 3-dehydrogenase  24.16 
 
 
342 aa  56.2  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4341  L-threonine 3-dehydrogenase  24.72 
 
 
341 aa  55.5  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.183698  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2512  alcohol dehydrogenase  23.3 
 
 
346 aa  55.5  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.881464  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1376  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  23.19 
 
 
363 aa  55.1  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.482993 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0153  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  22.38 
 
 
323 aa  55.5  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.568823  normal  0.158485 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0827  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  21.75 
 
 
347 aa  54.3  0.000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0757  L-threonine 3-dehydrogenase  21.93 
 
 
340 aa  54.3  0.000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0739  L-threonine 3-dehydrogenase  21.93 
 
 
340 aa  54.3  0.000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0239  alcohol dehydrogenase  21.23 
 
 
351 aa  55.1  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13100  L-threonine 3-dehydrogenase  22.77 
 
 
336 aa  54.3  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4286  L-threonine 3-dehydrogenase  24.72 
 
 
341 aa  55.1  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000588728 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4677  alcohol dehydrogenase  24.38 
 
 
347 aa  54.7  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15095  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0057  L-threonine 3-dehydrogenase  24.72 
 
 
341 aa  55.1  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0451496  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4481  L-threonine 3-dehydrogenase  24.72 
 
 
341 aa  55.1  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.155025  normal  0.0226787 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0372  alcohol dehydrogenase  25.71 
 
 
348 aa  55.1  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0233  alcohol dehydrogenase  21.23 
 
 
351 aa  55.1  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1347  alcohol dehydrogenase  21.95 
 
 
343 aa  54.3  0.000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.71457  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1581  alcohol dehydrogenase  25.75 
 
 
345 aa  53.9  0.000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0633  alcohol dehydrogenase  24.14 
 
 
317 aa  53.9  0.000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2565  L-threonine 3-dehydrogenase  23.89 
 
 
354 aa  53.5  0.000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3492  hypothetical protein  22.87 
 
 
342 aa  53.5  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.835811  normal  0.583011 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0732  L-iditol 2-dehydrogenase  23.4 
 
 
348 aa  53.1  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5128  zinc-binding dehydrogenase  26.76 
 
 
337 aa  53.1  0.000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0609  alcohol dehydrogenase  23.38 
 
 
352 aa  52.8  0.000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0295083  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3728  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  21.53 
 
 
352 aa  52.8  0.000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.854934  normal  0.447633 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2286  alcohol dehydrogenase  23.63 
 
 
344 aa  52.8  0.000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0464  alcohol dehydrogenase  29.57 
 
 
287 aa  52.8  0.000007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00255381  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00067  L-threonine 3-dehydrogenase  23.51 
 
 
341 aa  52.8  0.000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4033  Zinc-containing alcohol dehydrogenase  23.14 
 
 
337 aa  52.8  0.000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2341  alcohol dehydrogenase  23.53 
 
 
348 aa  52  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.231034 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4673  L-threonine 3-dehydrogenase  24.43 
 
 
341 aa  52  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1176  zinc-binding dehydrogenase family oxidoreductase  23.32 
 
 
344 aa  52  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0136787  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22350  Zn-dependent oxidoreductase, NADPH:quinone reductase  24.61 
 
 
327 aa  52.4  0.00001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.505798  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3616  L-threonine 3-dehydrogenase  23.86 
 
 
342 aa  52  0.00001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00121447  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3779  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  24.66 
 
 
348 aa  52  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.167935 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3901  L-threonine 3-dehydrogenase  24.43 
 
 
341 aa  52.4  0.00001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00409651  normal  0.55097 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3993  L-threonine 3-dehydrogenase  24.43 
 
 
341 aa  52.4  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00526956  normal  0.0228585 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0642  alcohol dehydrogenase  22.73 
 
 
352 aa  52.4  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4105  L-threonine 3-dehydrogenase  24.43 
 
 
341 aa  52.4  0.00001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000287848  normal  0.406165 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5063  alcohol dehydrogenase  25 
 
 
347 aa  52  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.724577  normal  0.863659 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0639  alcohol dehydrogenase  26.69 
 
 
322 aa  52.4  0.00001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00000239851  hitchhiker  0.000149204 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2063  Alcohol dehydrogenase GroES domain-containing protein  22.89 
 
 
322 aa  52  0.00001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.860675 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0353  L-threonine 3-dehydrogenase  23.85 
 
 
343 aa  52.4  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0614  alcohol dehydrogenase  24.48 
 
 
318 aa  52  0.00001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0116847  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3935  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  26.74 
 
 
331 aa  51.6  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0885  alcohol dehydrogenase  23.45 
 
 
333 aa  51.6  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3939  L-threonine 3-dehydrogenase  24.57 
 
 
341 aa  51.6  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27746  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3256  alcohol dehydrogenase  22.51 
 
 
345 aa  51.2  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3902  L-threonine 3-dehydrogenase  24.43 
 
 
341 aa  51.2  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00646337  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1030  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  23.89 
 
 
346 aa  51.6  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0743662  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>