More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_5063 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_5063  alcohol dehydrogenase  100 
 
 
347 aa  689    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.724577  normal  0.863659 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4094  alcohol dehydrogenase  55.56 
 
 
358 aa  380  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.958788  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4821  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  55.62 
 
 
344 aa  356  3.9999999999999996e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.111851  normal  0.477759 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4771  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  54.44 
 
 
344 aa  353  4e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.107599 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3621  alcohol dehydrogenase  53.08 
 
 
347 aa  331  9e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3685  alcohol dehydrogenase  52.51 
 
 
347 aa  329  4e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.112233 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5030  zinc-binding dehydrogenase  49.55 
 
 
343 aa  328  6e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.959168  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5671  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  53.85 
 
 
343 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3340  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  50.59 
 
 
356 aa  327  2.0000000000000001e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6416  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  49.7 
 
 
343 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.124082  normal  0.304265 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4509  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  50.3 
 
 
343 aa  320  3e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2124  L-idonate 5-dehydrogenase, NAD-binding  50.44 
 
 
343 aa  319  3.9999999999999996e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.321081  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3728  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  49.7 
 
 
352 aa  317  2e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.854934  normal  0.447633 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0159  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  49.41 
 
 
347 aa  316  4e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.306594  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0642  alcohol dehydrogenase  49.41 
 
 
352 aa  316  4e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0609  alcohol dehydrogenase  49.41 
 
 
352 aa  315  7e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0295083  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0948  putative L-idonate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  51.32 
 
 
344 aa  313  1.9999999999999998e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.593328 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1590  alcohol dehydrogenase  51.34 
 
 
342 aa  301  1e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00466455  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5333  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  48.83 
 
 
345 aa  295  6e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0397204  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4724  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  44.38 
 
 
348 aa  280  2e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.383474  normal  0.446449 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2436  alcohol dehydrogenase  43.82 
 
 
345 aa  273  5.000000000000001e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4888  L-idonate 5-dehydrogenase  44.97 
 
 
343 aa  272  6e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.138899  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2879  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  43.84 
 
 
345 aa  272  6e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.268542  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4739  L-idonate 5-dehydrogenase  44.16 
 
 
343 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.130148 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4769  L-idonate 5-dehydrogenase  44.16 
 
 
343 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0966138  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4832  L-idonate 5-dehydrogenase  44.16 
 
 
343 aa  270  2.9999999999999997e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4869  L-idonate 5-dehydrogenase  44.16 
 
 
343 aa  270  2.9999999999999997e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0951463 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3565  alcohol dehydrogenase  43.8 
 
 
345 aa  269  5e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0944  L-idonate 5-dehydrogenase  42.69 
 
 
350 aa  268  1e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.272351  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0221  L-idonate 5-dehydrogenase  43.53 
 
 
343 aa  266  5e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3523  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  47.26 
 
 
349 aa  261  8.999999999999999e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.538037  normal  0.114116 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4523  L-idonate 5-dehydrogenase  42.37 
 
 
343 aa  259  4e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0181227  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3287  L-idonate 5-dehydrogenase  41.16 
 
 
344 aa  259  4e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04133  L-idonate 5-dehydrogenase, NAD-binding  42.37 
 
 
343 aa  259  6e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3730  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  42.37 
 
 
343 aa  259  6e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04097  hypothetical protein  42.37 
 
 
343 aa  259  6e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4748  L-idonate 5-dehydrogenase  42.06 
 
 
343 aa  258  1e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1538  L-idonate 5-dehydrogenase  42.23 
 
 
347 aa  257  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3545  alcohol dehydrogenase  42.82 
 
 
345 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.715464  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1915  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  42.69 
 
 
349 aa  233  5e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.482777  normal  0.264492 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0472  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  39.53 
 
 
368 aa  209  6e-53  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3492  hypothetical protein  40.48 
 
 
342 aa  193  5e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.835811  normal  0.583011 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2451  alcohol dehydrogenase  38.89 
 
 
355 aa  191  1e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2056  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  37.21 
 
 
342 aa  187  2e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0108  alcohol dehydrogenase  38.67 
 
 
338 aa  184  3e-45  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.476377  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3277  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  37.43 
 
 
345 aa  182  5.0000000000000004e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02400  theronine dehydrogenase-like Zn-dependent dehydrogenase  37.36 
 
 
345 aa  181  2e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.242832  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1003  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  35.78 
 
 
342 aa  177  2e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.124693 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5057  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  39.49 
 
 
340 aa  176  4e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.73696  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA01050  sorbitol dehydrogenase, putative  33.14 
 
 
379 aa  172  1e-41  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.917438  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2713  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  35.1 
 
 
333 aa  171  2e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0836  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  38.89 
 
 
347 aa  169  7e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3271  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  34.44 
 
 
336 aa  168  1e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0405628 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09064  hypothetical protein similar to xylitol dehydrogenase (Broad)  31.75 
 
 
359 aa  168  2e-40  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.715081 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28190  theronine dehydrogenase-like Zn-dependent dehydrogenase  36.62 
 
 
345 aa  166  6.9999999999999995e-40  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2189  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  30.97 
 
 
346 aa  165  1.0000000000000001e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0732  L-iditol 2-dehydrogenase  31.48 
 
 
348 aa  165  1.0000000000000001e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1714  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  34.77 
 
 
352 aa  165  1.0000000000000001e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.25929 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0981  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  37.54 
 
 
342 aa  164  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2445  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  32.33 
 
 
347 aa  163  4.0000000000000004e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.682207  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02666  sorbitol/xylitol dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G02000)  35.67 
 
 
373 aa  162  1e-38  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2864  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  33.71 
 
 
359 aa  161  1e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2793  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  38.17 
 
 
356 aa  160  2e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630976  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2330  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  33.54 
 
 
352 aa  161  2e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.752502  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2686  L-threonine 3-dehydrogenase  33.53 
 
 
345 aa  160  2e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00603723  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3793  L-threonine 3-dehydrogenase  31.69 
 
 
341 aa  161  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00257874  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1659  alcohol dehydrogenase  33.43 
 
 
339 aa  160  4e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.741659  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2013  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  33.74 
 
 
344 aa  159  6e-38  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.238084  n/a   
 
 
-
 
NC_006679  CNJ01090  xylitol dehydrogenase, putative  33.04 
 
 
375 aa  158  1e-37  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1455  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  35.99 
 
 
351 aa  158  1e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.124496 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10900  putative alcohol dehydrogenase (Zn-dependent)  35.43 
 
 
352 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.867442  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0388  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  31.19 
 
 
344 aa  157  3e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00875101  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0739  L-threonine 3-dehydrogenase  34.23 
 
 
340 aa  156  4e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1862  L-threonine 3-dehydrogenase  34.52 
 
 
345 aa  155  8e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.494321  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3993  L-threonine 3-dehydrogenase  33.13 
 
 
341 aa  155  9e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00526956  normal  0.0228585 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4673  L-threonine 3-dehydrogenase  33.13 
 
 
341 aa  155  1e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0057  L-threonine 3-dehydrogenase  33.13 
 
 
341 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0451496  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3902  L-threonine 3-dehydrogenase  33.13 
 
 
341 aa  155  1e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00646337  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0062  L-threonine 3-dehydrogenase  33.03 
 
 
340 aa  155  1e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3901  L-threonine 3-dehydrogenase  33.13 
 
 
341 aa  155  1e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00409651  normal  0.55097 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4286  L-threonine 3-dehydrogenase  33.13 
 
 
341 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000588728 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1783  L-threonine 3-dehydrogenase  34.52 
 
 
345 aa  155  1e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4105  L-threonine 3-dehydrogenase  33.13 
 
 
341 aa  155  1e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000287848  normal  0.406165 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4481  L-threonine 3-dehydrogenase  33.13 
 
 
341 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.155025  normal  0.0226787 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00774  zinc-dependent alcohol dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G14390)  30.11 
 
 
400 aa  154  2e-36  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0757  L-threonine 3-dehydrogenase  34.23 
 
 
340 aa  154  2e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2813  alcohol dehydrogenase  34.25 
 
 
341 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0594163  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0064  L-threonine 3-dehydrogenase  33.13 
 
 
341 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00353875  unclonable  0.000000014689 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1874  GroES-related  35.71 
 
 
335 aa  154  2.9999999999999998e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.335289  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2786  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  33.94 
 
 
341 aa  154  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2830  alcohol dehydrogenase  33.94 
 
 
341 aa  154  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.782331  normal  0.335133 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4341  L-threonine 3-dehydrogenase  32.83 
 
 
341 aa  153  5e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.183698  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2095  L-threonine 3-dehydrogenase  34.33 
 
 
345 aa  152  5.9999999999999996e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0097  L-threonine 3-dehydrogenase  33.73 
 
 
341 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0317813  hitchhiker  0.00132916 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3054  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  34.89 
 
 
347 aa  152  1e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.680504  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0449  L-threonine 3-dehydrogenase  35.22 
 
 
361 aa  152  1e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.333655 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2131  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  36.5 
 
 
349 aa  151  1e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10230  2,3-butanediol dehydrogenase  33.52 
 
 
363 aa  152  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.219159  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3710  L-threonine 3-dehydrogenase  33.43 
 
 
341 aa  151  1e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.187743  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6746  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  31.55 
 
 
347 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.270529  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>