More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_0898 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_0898  chlorophyll synthesis pathway, BchC  100 
 
 
334 aa  692    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.714457  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1791  chlorophyll synthesis pathway, BchC  84.43 
 
 
334 aa  598  1e-170  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.916125  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0980  chlorophyll synthesis pathway, BchC  79.94 
 
 
334 aa  568  1e-161  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1422  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide  78.72 
 
 
334 aa  548  1e-155  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0401  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide  79.32 
 
 
332 aa  532  1e-150  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.632471  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1534  chlorophyll synthesis pathway, BchC  76.58 
 
 
321 aa  525  1e-148  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00910743 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0938  chlorophyll synthesis pathway, BchC  72.62 
 
 
325 aa  507  9.999999999999999e-143  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3128  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  37.85 
 
 
328 aa  224  2e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3261  alcohol dehydrogenase  38.75 
 
 
327 aa  211  1e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0255944 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3747  alcohol dehydrogenase  36.56 
 
 
323 aa  194  2e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00165792  hitchhiker  0.00000793402 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2981  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide  30.65 
 
 
317 aa  153  4e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.383171  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2851  chlorophyll synthesis pathway, BchC  30.03 
 
 
312 aa  152  5e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.754242 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1611  chlorophyll synthesis pathway, BchC  31.46 
 
 
327 aa  151  1e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3516  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide A dehydrogenase  30.25 
 
 
312 aa  150  4e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.549552 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2051  chlorophyll synthesis pathway, BchC  29.91 
 
 
315 aa  149  9e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0614897 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2729  chlorophyll synthesis pathway, BchC  30.34 
 
 
312 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.195631  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2956  chlorophyll synthesis pathway, BchC  29.6 
 
 
312 aa  147  3e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.106767 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3696  chlorophyll synthesis pathway, BchC  29.28 
 
 
312 aa  143  3e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.503769  hitchhiker  0.00324331 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6438  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide A dehydrogenase  30.56 
 
 
313 aa  144  3e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1709  chlorophyll synthesis pathway, BchC  28.57 
 
 
312 aa  132  6e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3757  chlorophyll synthesis pathway protein BchC  27.52 
 
 
312 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00485804 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0263  chlorophyll synthesis pathway, bchC  27.74 
 
 
318 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1907  chlorophyll synthesis pathway, BchC  27.74 
 
 
318 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.274753  normal  0.343747 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2037  chlorophyll synthesis pathway, BchC  27.74 
 
 
318 aa  122  7e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228307  normal  0.0545701 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4002  chlorophyll synthesis pathway protein BchC  27.16 
 
 
312 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.232331  decreased coverage  0.000580255 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0180  chlorophyll synthesis pathway, bchC  29.05 
 
 
325 aa  118  9.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1292  chlorophyll synthesis pathway protein BchC  27.95 
 
 
312 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.557633  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2819  chlorophyll synthesis pathway, BchC  26.54 
 
 
312 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.370469  normal  0.373141 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1497  chlorobiumquinone synthase BchC related protein  23.49 
 
 
318 aa  104  2e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.132648  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0994  alcohol dehydrogenase  24.85 
 
 
318 aa  101  2e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1109  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  26.25 
 
 
318 aa  97.8  2e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1528  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  24.07 
 
 
320 aa  92.8  7e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0923  chlorobiumquinone synthase BchC related protein  24.29 
 
 
318 aa  90.9  3e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.125274  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1181  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  22.96 
 
 
319 aa  87  4e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.531712 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1445  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  21.56 
 
 
318 aa  84.3  0.000000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1736  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  25.24 
 
 
349 aa  84.3  0.000000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3514  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  22.71 
 
 
345 aa  80.9  0.00000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.272765  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3133  alcohol dehydrogenase  24.55 
 
 
329 aa  79.3  0.00000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09064  hypothetical protein similar to xylitol dehydrogenase (Broad)  24.26 
 
 
359 aa  75.5  0.000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.715081 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0522  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  22.29 
 
 
338 aa  75.5  0.000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0876145  normal  0.61344 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1232  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  27.45 
 
 
343 aa  73.9  0.000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1548  alcohol dehydrogenase  29.55 
 
 
350 aa  72  0.00000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0106468  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2647  dehydrogenase  20.12 
 
 
338 aa  72  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0114296  normal  0.147618 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0667  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  27.99 
 
 
357 aa  71.6  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.559998 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5306  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  26.37 
 
 
329 aa  71.6  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4119  alcohol dehydrogenase  25.54 
 
 
356 aa  70.9  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.362779  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1258  alcohol dehydrogenase  23.85 
 
 
344 aa  70.5  0.00000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0672332  normal  0.983976 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0153  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  20.06 
 
 
323 aa  70.1  0.00000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.568823  normal  0.158485 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0698  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  25.42 
 
 
349 aa  69.7  0.00000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0948  NADPH:quinone reductase related Zn-dependent oxidoreductase  28.76 
 
 
312 aa  69.7  0.00000000006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.102607  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3364  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  27.34 
 
 
367 aa  69.7  0.00000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0600954 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0293  L-threonine 3-dehydrogenase  28.25 
 
 
347 aa  69.7  0.00000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1409  alcohol dehydrogenase  22.5 
 
 
337 aa  69.3  0.00000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0065  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  24.82 
 
 
340 aa  68.9  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1999  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  23.89 
 
 
336 aa  68.6  0.0000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.131571  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0885  alcohol dehydrogenase  22.91 
 
 
333 aa  68.6  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0353  L-threonine 3-dehydrogenase  27.3 
 
 
343 aa  68.2  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0059  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  24.73 
 
 
340 aa  68.2  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3769  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  24 
 
 
341 aa  68.6  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.109016  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2561  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family  24.81 
 
 
308 aa  67.4  0.0000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4898  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family  25.63 
 
 
340 aa  67  0.0000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0389  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  21.27 
 
 
341 aa  67  0.0000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1823  alcohol dehydrogenase  23.34 
 
 
350 aa  66.6  0.0000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00496203  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03240  Zn-dependent alcohol dehydrogenase  24.01 
 
 
358 aa  66.6  0.0000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000129511  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2180  putative zinc-containing alcohol dehydrogenase  25.18 
 
 
327 aa  66.6  0.0000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1347  alcohol dehydrogenase  25.65 
 
 
343 aa  66.2  0.0000000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.71457  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3902  L-threonine 3-dehydrogenase  26.69 
 
 
341 aa  66.2  0.0000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00646337  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4341  L-threonine 3-dehydrogenase  26.74 
 
 
341 aa  65.5  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.183698  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4903  zinc-binding dehydrogenase family oxidoreductase  25.99 
 
 
340 aa  65.9  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.363717  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4951  zinc-binding dehydrogenase family oxidoreductase  25.99 
 
 
340 aa  65.9  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0102074  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0359  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  23.8 
 
 
366 aa  65.5  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13100  L-threonine 3-dehydrogenase  23.69 
 
 
336 aa  65.9  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1141  galactitol-1-phosphate dehydrogenase  22.06 
 
 
347 aa  65.9  0.000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.261059  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1899  L-threonine 3-dehydrogenase  27.61 
 
 
341 aa  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.198837  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04201  hypothetical protein  25.63 
 
 
340 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.774265  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04235  predicted oxidoreductase, Zn-dependent and NAD(P)-binding  25.63 
 
 
340 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.767219  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3639  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  25.63 
 
 
340 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4481  L-threonine 3-dehydrogenase  26.74 
 
 
341 aa  65.1  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.155025  normal  0.0226787 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4367  L-threonine 3-dehydrogenase  27.21 
 
 
343 aa  64.7  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0057  L-threonine 3-dehydrogenase  26.74 
 
 
341 aa  65.1  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0451496  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4590  zinc-binding dehydrogenase family oxidoreductase  25.63 
 
 
340 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00423136  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0475  alcohol dehydrogenase  23.28 
 
 
345 aa  65.1  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3697  alcohol dehydrogenase  25.63 
 
 
340 aa  65.1  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00587402 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2606  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family  23.33 
 
 
308 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000263757 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4286  L-threonine 3-dehydrogenase  26.74 
 
 
341 aa  65.1  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000588728 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3901  L-threonine 3-dehydrogenase  26.39 
 
 
341 aa  65.1  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00409651  normal  0.55097 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3993  L-threonine 3-dehydrogenase  26.39 
 
 
341 aa  64.7  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00526956  normal  0.0228585 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4105  L-threonine 3-dehydrogenase  26.39 
 
 
341 aa  65.1  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000287848  normal  0.406165 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0639  alcohol dehydrogenase  24.27 
 
 
322 aa  65.1  0.000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00000239851  hitchhiker  0.000149204 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4673  L-threonine 3-dehydrogenase  26.39 
 
 
341 aa  64.3  0.000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1743  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  23.48 
 
 
374 aa  64.3  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.789152  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5871  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family  25.99 
 
 
340 aa  64.3  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2055  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  23.44 
 
 
363 aa  63.5  0.000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0757  L-threonine 3-dehydrogenase  25.88 
 
 
340 aa  63.5  0.000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2377  L-threonine 3-dehydrogenase  25.65 
 
 
341 aa  63.9  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1037  L-threonine 3-dehydrogenase  25.65 
 
 
341 aa  63.9  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.210217  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4086  L-threonine 3-dehydrogenase  27.57 
 
 
343 aa  63.5  0.000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0739  L-threonine 3-dehydrogenase  26.18 
 
 
340 aa  63.5  0.000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1615  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  28.3 
 
 
368 aa  63.2  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0192054 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2765  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family superfamily  26.04 
 
 
213 aa  63.5  0.000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000378311 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>