72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_1421 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012039  Cla_1421  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 		 220 aa  442  1e-123  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0227  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.51 
 
 		 217 aa  196  2.0000000000000003e-49  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0152  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.61 
 
 		 218 aa  192  3e-48  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.234547  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.15 
 
 		 218 aa  190  1e-47  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0171  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45 
 
 		 218 aa  189  2.9999999999999997e-47  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0827  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.8 
 
 		 217 aa  184  1.0000000000000001e-45  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.027438  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1151  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.29 
 
 		 218 aa  176  2e-43  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.15 
 
 		 219 aa  167  1e-40  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.502749  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0162  protein of unknown function DUF558  40.81 
 
 		 222 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0506655  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1911  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.27 
 
 		 225 aa  124  1e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1254  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.35 
 
 		 244 aa  55.5  0.0000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.029573  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.75 
 
 		 220 aa  53.9  0.000002  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.312887  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.19 
 
 		 226 aa  53.9  0.000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.5 
 
 		 238 aa  52.8  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0950  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.94 
 
 		 249 aa  52.4  0.000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.696782  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0173  protein of unknown function DUF558  24.53 
 
 		 236 aa  52  0.000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2363  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.79 
 
 		 210 aa  50.4  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.257572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  27.44 
 
 		 245 aa  49.7  0.00003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.02 
 
 		 245 aa  49.3  0.00004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.214687  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.22 
 
 		 241 aa  48.9  0.00006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1597  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.81 
 
 		 234 aa  48.5  0.00007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.269441  normal  0.48223 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0036  hypothetical protein  29.71 
 
 		 227 aa  48.5  0.00008  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0832  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25 
 
 		 243 aa  48.5  0.00008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.38 
 
 		 243 aa  47.8  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000333783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3394  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.02 
 
 		 251 aa  48.1  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000275016  hitchhiker  0.00394981 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1088  protein of unknown function DUF558  24.62 
 
 		 233 aa  47.8  0.0001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  26.96 
 
 		 242 aa  48.1  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.74 
 
 		 243 aa  47.4  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000682278  hitchhiker  0.00874586 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.66 
 
 		 243 aa  47  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0361  hypothetical protein  24.02 
 
 		 248 aa  47  0.0002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0811383  normal  0.947003 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0690  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.74 
 
 		 243 aa  47.4  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.647464 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.34 
 
 		 243 aa  47.4  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0859841 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0561  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.81 
 
 		 251 aa  46.6  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.535784  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3526  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.88 
 
 		 243 aa  46.2  0.0004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000194196  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.58 
 
 		 254 aa  46.2  0.0004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.198651  normal  0.081106 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3332  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.49 
 
 		 243 aa  46.2  0.0004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000119246  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0809  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.88 
 
 		 243 aa  46.2  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000013307  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0899  hypothetical protein  24.38 
 
 		 250 aa  45.8  0.0005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0971916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.88 
 
 		 243 aa  45.8  0.0005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000117714  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  24.45 
 
 		 243 aa  45.8  0.0006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.51 
 
 		 239 aa  45.4  0.0007  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0762  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.86 
 
 		 248 aa  45.4  0.0007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.170277  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0540  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.26 
 
 		 241 aa  45.4  0.0007  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  decreased coverage  0.00650711  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.92 
 
 		 239 aa  45.1  0.0008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.81 
 
 		 285 aa  45.1  0.0008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0837  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.38 
 
 		 243 aa  44.3  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0300  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25 
 
 		 247 aa  44.7  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3343  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.38 
 
 		 243 aa  44.3  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0543  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.91 
 
 		 246 aa  44.3  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.291775  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0839  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.38 
 
 		 243 aa  44.3  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711088  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0859  protein of unknown function DUF558  23.88 
 
 		 250 aa  43.9  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.146486 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2275  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.44 
 
 		 249 aa  43.9  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2564  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.81 
 
 		 257 aa  43.5  0.002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.355443  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.38 
 
 		 243 aa  43.5  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000360607  hitchhiker  0.00000221121 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0503  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.27 
 
 		 244 aa  43.1  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000164616  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1352  protein of unknown function DUF558  23 
 
 		 239 aa  43.5  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.13252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1682  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.86 
 
 		 250 aa  43.1  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3350  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.89 
 
 		 243 aa  43.1  0.003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000530934  decreased coverage  0.00215529 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.87 
 
 		 243 aa  43.1  0.003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000433897  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.96 
 
 		 244 aa  43.1  0.003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1403  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.17 
 
 		 222 aa  42.7  0.004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.295774  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1549  hypothetical protein  25.71 
 
 		 259 aa  42.7  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.96 
 
 		 244 aa  42.7  0.004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1449  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.1 
 
 		 222 aa  42.4  0.005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.110046  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.6 
 
 		 245 aa  42.4  0.006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  26.46 
 
 		 249 aa  42.4  0.006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  20.67 
 
 		 240 aa  42.4  0.006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2999  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.85 
 
 		 248 aa  42  0.007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03190  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.74 
 
 		 239 aa  42  0.007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0624  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.79 
 
 		 239 aa  42  0.007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.171124 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0546  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.77 
 
 		 244 aa  42  0.008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00942051  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.14 
 
 		 243 aa  41.6  0.01  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>