More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_4888 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_4888  putative threonine dehydratase, catabolic  100 
 
 
325 aa  667    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3309  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  80.45 
 
 
319 aa  524  1e-148  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0279719  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0980  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  77.53 
 
 
326 aa  512  1e-144  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.393122 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4366  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  79.62 
 
 
315 aa  512  1e-144  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1389  putative threonine dehydratase  76.27 
 
 
326 aa  507  9.999999999999999e-143  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0888  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  75.72 
 
 
324 aa  503  1e-141  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.520177 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6209  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  76.92 
 
 
319 aa  499  1e-140  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0577806 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3920  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  77.07 
 
 
315 aa  497  1e-140  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.903955  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2700  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  72.87 
 
 
321 aa  485  1e-136  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.420698 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2603  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  72.7 
 
 
320 aa  482  1e-135  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000516286  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1010  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  51.11 
 
 
315 aa  333  3e-90  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.929985 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2376  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  49.84 
 
 
317 aa  325  5e-88  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1722  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  47.96 
 
 
320 aa  311  7.999999999999999e-84  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1148  putative serine/threonine dehydratase  54.08 
 
 
320 aa  306  2.0000000000000002e-82  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.697315  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  45.34 
 
 
324 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  45.02 
 
 
324 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2122  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.84 
 
 
332 aa  263  2e-69  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113848  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  44.69 
 
 
324 aa  264  2e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  44.69 
 
 
324 aa  264  2e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2250  serine/threonine dehydratase  44.55 
 
 
324 aa  263  3e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2556  serine/threonine dehydratase  44.23 
 
 
324 aa  263  3e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4825  serine/threonine dehydratase  43.95 
 
 
322 aa  263  4e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00349984  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  44.27 
 
 
324 aa  257  2e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  44.27 
 
 
324 aa  257  2e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  43.95 
 
 
326 aa  253  3e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3783  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.99 
 
 
323 aa  252  8.000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.930239  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4565  serine/threonine dehydratase  44.52 
 
 
320 aa  251  1e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.026373 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5756  serine/threonine dehydratase  43.59 
 
 
320 aa  251  1e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000717119  hitchhiker  0.000000000000616455 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0996  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.37 
 
 
338 aa  247  2e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100397  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29410  serine/threonine dehydratase  43.27 
 
 
320 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3833  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.19 
 
 
320 aa  245  6e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.3 
 
 
320 aa  245  6.999999999999999e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1807  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.95 
 
 
322 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1524  serine/threonine dehydratase  40.94 
 
 
327 aa  242  7.999999999999999e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00616628  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  40.26 
 
 
329 aa  241  1e-62  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  41.25 
 
 
327 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.18 
 
 
321 aa  239  4e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  40.94 
 
 
327 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3108  serine/threonine dehydratase  40.94 
 
 
327 aa  238  1e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  40.94 
 
 
327 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  40.94 
 
 
327 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  40.94 
 
 
327 aa  238  1e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  40.94 
 
 
327 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0305  serine/threonine dehydratase  41.48 
 
 
322 aa  237  2e-61  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.333559 
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_13987  predicted protein  42.07 
 
 
347 aa  236  4e-61  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03634  threonine dehydratase  46.55 
 
 
292 aa  235  6e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.59 
 
 
339 aa  232  7.000000000000001e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.04 
 
 
328 aa  231  1e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4000  serine/threonine dehydratase  42.95 
 
 
325 aa  230  2e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4113  serine/threonine dehydratase  42.95 
 
 
325 aa  230  2e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.559381  normal  0.528842 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.46 
 
 
304 aa  228  8e-59  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0534  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  40.19 
 
 
321 aa  227  2e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3470  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.38 
 
 
318 aa  225  7e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.380484  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1999  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.94 
 
 
327 aa  224  1e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.232127  normal  0.0256185 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4347  serine/threonine dehydratase  43.77 
 
 
322 aa  224  2e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3215  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  40 
 
 
324 aa  221  1.9999999999999999e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS04793  serine/threonine dehydratase  41.35 
 
 
323 aa  220  3e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.0296686 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  37.99 
 
 
403 aa  216  5.9999999999999996e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  38.98 
 
 
304 aa  213  2.9999999999999995e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0152  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.97 
 
 
318 aa  212  7.999999999999999e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  37.7 
 
 
402 aa  211  2e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1894  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  39.22 
 
 
324 aa  207  2e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0510457  normal  0.19276 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  37.7 
 
 
402 aa  206  3e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  36.51 
 
 
405 aa  205  7e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  38.83 
 
 
324 aa  203  3e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3108  serine/threonine dehydratase  41.27 
 
 
321 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.611552  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.7 
 
 
332 aa  200  3e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1506  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.71 
 
 
340 aa  200  3e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88993  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0886  serine/threonine dehydratase  39.66 
 
 
321 aa  195  7e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1852  threonine dehydratase  37.5 
 
 
402 aa  195  1e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000042395  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0011  threonine dehydratase  39.09 
 
 
402 aa  193  4e-48  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.059163  normal  0.133507 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4607  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.67 
 
 
318 aa  192  5e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1447  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.82 
 
 
330 aa  192  5e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0170532  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02525  Pyridoxal-phosphate dependent enzyme, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G14470)  33.88 
 
 
361 aa  189  4e-47  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.120013 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1902  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  40.58 
 
 
327 aa  189  4e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  36.58 
 
 
408 aa  186  5e-46  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0349  threonine dehydratase  36.13 
 
 
403 aa  186  7e-46  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.626504  normal  0.139043 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  33.66 
 
 
403 aa  184  1.0000000000000001e-45  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2406  serine/threonine dehydratase family protein  36.31 
 
 
343 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.427217  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1494  threonine dehydratase catabolic  36.31 
 
 
343 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0428671  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3316  threonine dehydratase catabolic  36.31 
 
 
343 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0160321  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2515  threonine dehydratase catabolic  36.31 
 
 
343 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.346313  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2364  serine/threonine dehydratase family protein  36.31 
 
 
343 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.688491  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1991  threonine dehydratase catabolic  36.31 
 
 
343 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.811048  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1263  threonine dehydratase catabolic  36.31 
 
 
343 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.139617  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0405  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.99 
 
 
315 aa  182  7e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0956264  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4110  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.02 
 
 
333 aa  182  8.000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  34.75 
 
 
403 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1014  threonine dehydratase  34.52 
 
 
403 aa  181  1e-44  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0994  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.39 
 
 
340 aa  181  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.430606  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0656  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.88 
 
 
325 aa  181  2e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.360995  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0125  threonine dehydratase  34.74 
 
 
408 aa  180  2.9999999999999997e-44  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1589  L-threonine ammonia-lyase  36.94 
 
 
329 aa  179  4e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00276702  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1623  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  38.21 
 
 
328 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1494  threonine dehydratase  34.3 
 
 
404 aa  179  4.999999999999999e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2085  threonine dehydratase catabolic  36 
 
 
343 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.240523  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3568  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  38.36 
 
 
325 aa  179  5.999999999999999e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0781846  normal  0.0456931 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1331  threonine dehydratase  35.74 
 
 
401 aa  179  7e-44  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1527  threonine dehydratase  35 
 
 
346 aa  178  1e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0934976  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1498  threonine dehydratase  35 
 
 
346 aa  178  1e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>