More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_0994 on replicon NC_010622
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010622  Bphy_0994  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  100 
 
 
340 aa  699    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.430606  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1872  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  86.73 
 
 
344 aa  596  1e-169  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0095677  normal  0.0115658 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2315  putative amino-acid dehydratase  86.73 
 
 
344 aa  581  1.0000000000000001e-165  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.314922  normal  0.569299 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1263  threonine dehydratase catabolic  78.87 
 
 
343 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.139617  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1494  threonine dehydratase catabolic  78.87 
 
 
343 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0428671  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2515  threonine dehydratase catabolic  78.87 
 
 
343 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.346313  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3316  threonine dehydratase catabolic  78.87 
 
 
343 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0160321  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2406  serine/threonine dehydratase family protein  78.87 
 
 
343 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.427217  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1991  threonine dehydratase catabolic  78.87 
 
 
343 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.811048  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2364  serine/threonine dehydratase family protein  78.87 
 
 
343 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.688491  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2085  threonine dehydratase catabolic  78.87 
 
 
343 aa  513  1e-144  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.240523  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5257  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  77.98 
 
 
339 aa  494  1e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.000000000036392  normal  0.697863 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1934  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  78.27 
 
 
351 aa  494  1e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.0000000179366  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6133  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  77.68 
 
 
339 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0492571  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1946  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  77.68 
 
 
339 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0512666  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1970  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  77.68 
 
 
339 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.297392  normal  0.0488964 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1861  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  77.98 
 
 
339 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000111511  hitchhiker  0.0000555512 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1325  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  77.68 
 
 
339 aa  477  1e-133  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.000000000130693  hitchhiker  0.00142228 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0497  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  54.83 
 
 
339 aa  303  3.0000000000000004e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.492672  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1588  L-threonine ammonia-lyase  52.6 
 
 
291 aa  276  5e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2376  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.33 
 
 
317 aa  189  5e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2700  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  35.92 
 
 
321 aa  187  2e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.420698 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  36.25 
 
 
405 aa  185  8e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6209  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.79 
 
 
319 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0577806 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0888  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.67 
 
 
324 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.520177 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4888  putative threonine dehydratase, catabolic  35.39 
 
 
325 aa  184  2.0000000000000003e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.08 
 
 
320 aa  184  2.0000000000000003e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3309  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.36 
 
 
319 aa  182  7e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0279719  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  32.51 
 
 
402 aa  182  8.000000000000001e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  34.81 
 
 
403 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1389  putative threonine dehydratase  33.86 
 
 
326 aa  181  2e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2603  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  34.09 
 
 
320 aa  181  2e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000516286  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0980  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  33.54 
 
 
326 aa  181  2e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.393122 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3920  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  34.74 
 
 
315 aa  180  2.9999999999999997e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.903955  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  31.89 
 
 
402 aa  177  2e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  37.54 
 
 
304 aa  177  2e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  32.29 
 
 
403 aa  176  6e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.88 
 
 
304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4366  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  35.06 
 
 
315 aa  173  2.9999999999999996e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3529  threonine dehydratase  35.02 
 
 
403 aa  172  5e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.10963  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3448  L-threonine ammonia-lyase  34.81 
 
 
403 aa  172  1e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  31.96 
 
 
403 aa  168  1e-40  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2922  threonine dehydratase  38.26 
 
 
313 aa  167  2e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1524  serine/threonine dehydratase  34.95 
 
 
327 aa  166  5e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00616628  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1447  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.68 
 
 
330 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0170532  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  34.63 
 
 
327 aa  165  9e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  34.63 
 
 
327 aa  165  9e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  34.63 
 
 
327 aa  165  9e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  34.63 
 
 
327 aa  165  9e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3108  serine/threonine dehydratase  34.63 
 
 
327 aa  165  9e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  34.63 
 
 
327 aa  165  9e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  34.63 
 
 
327 aa  165  9e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.77 
 
 
328 aa  163  4.0000000000000004e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4565  serine/threonine dehydratase  37.13 
 
 
320 aa  163  4.0000000000000004e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.026373 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1014  threonine dehydratase  32.28 
 
 
403 aa  163  5.0000000000000005e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  35.44 
 
 
326 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1010  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  32.9 
 
 
315 aa  162  8.000000000000001e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.929985 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1474  threonine dehydratase  33.33 
 
 
403 aa  162  9e-39  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1143  threonine dehydratase  33.77 
 
 
400 aa  162  9e-39  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  31.33 
 
 
403 aa  162  1e-38  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2250  serine/threonine dehydratase  34.81 
 
 
324 aa  161  2e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2234  threonine dehydratase  37.42 
 
 
308 aa  161  2e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1970  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.93 
 
 
322 aa  160  2e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.15703  normal  0.218028 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0227  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.52 
 
 
353 aa  160  3e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0534  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.14 
 
 
321 aa  160  3e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  35.76 
 
 
324 aa  159  5e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  35.65 
 
 
324 aa  159  5e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  35.65 
 
 
324 aa  159  5e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3556  threonine dehydratase  32.59 
 
 
403 aa  159  8e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.597428  normal  0.136455 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0915  threonine dehydratase  31.01 
 
 
403 aa  158  1e-37  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  36.08 
 
 
324 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2122  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.69 
 
 
332 aa  158  1e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113848  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0743  threonine dehydratase  30.46 
 
 
403 aa  158  1e-37  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00847234  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  30.7 
 
 
403 aa  157  2e-37  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0204  threonine dehydratase  31.21 
 
 
416 aa  157  2e-37  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.123725  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0011  threonine dehydratase  36.05 
 
 
402 aa  157  2e-37  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.059163  normal  0.133507 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0103  threonine dehydratase  31.86 
 
 
401 aa  158  2e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0145026  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1506  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.54 
 
 
340 aa  157  3e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88993  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3215  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.19 
 
 
324 aa  157  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  35.99 
 
 
324 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  35.99 
 
 
324 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2556  serine/threonine dehydratase  33.54 
 
 
324 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0152  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.31 
 
 
318 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1558  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.28 
 
 
322 aa  156  6e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.813791  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3678  threonine dehydratase  28.75 
 
 
437 aa  156  6e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.376781  normal  0.173616 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0656  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.85 
 
 
325 aa  155  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.360995  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1075  threonine dehydratase  39.66 
 
 
405 aa  154  1e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.986828  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2636  threonine dehydratase  36.84 
 
 
402 aa  155  1e-36  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  33.88 
 
 
332 aa  155  1e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1794  threonine dehydratase  34.58 
 
 
514 aa  154  1e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306428  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2979  threonine dehydratase  35.51 
 
 
415 aa  154  2e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.3 
 
 
321 aa  154  2e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1494  threonine dehydratase  30.72 
 
 
404 aa  154  2e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1852  threonine dehydratase  31.86 
 
 
402 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000042395  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  31.11 
 
 
329 aa  154  2.9999999999999998e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0996  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.83 
 
 
338 aa  153  4e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100397  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1068  threonine dehydratase  35.09 
 
 
509 aa  152  5.9999999999999996e-36  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31740  predicted protein  32.25 
 
 
468 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.414163 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5911  threonine dehydratase  29.17 
 
 
424 aa  152  7e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.696886  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3470  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.92 
 
 
318 aa  151  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.380484  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>