More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0497 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_0497  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  100 
 
 
339 aa  679    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.492672  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0994  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  54.83 
 
 
340 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.430606  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1588  L-threonine ammonia-lyase  60.14 
 
 
291 aa  322  6e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1872  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  55.9 
 
 
344 aa  311  1e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0095677  normal  0.0115658 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3316  threonine dehydratase catabolic  55.05 
 
 
343 aa  309  5e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0160321  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1991  threonine dehydratase catabolic  55.05 
 
 
343 aa  309  5e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.811048  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1263  threonine dehydratase catabolic  55.05 
 
 
343 aa  309  5e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.139617  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1494  threonine dehydratase catabolic  55.05 
 
 
343 aa  309  5e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0428671  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2515  threonine dehydratase catabolic  55.05 
 
 
343 aa  309  5e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.346313  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2406  serine/threonine dehydratase family protein  55.05 
 
 
343 aa  309  5e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.427217  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2085  threonine dehydratase catabolic  55.76 
 
 
343 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.240523  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2364  serine/threonine dehydratase family protein  54.74 
 
 
343 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.688491  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2315  putative amino-acid dehydratase  55.08 
 
 
344 aa  299  4e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.314922  normal  0.569299 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6133  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  53.46 
 
 
339 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0492571  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1946  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  53.46 
 
 
339 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0512666  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1970  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  53.46 
 
 
339 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.297392  normal  0.0488964 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1934  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  53.31 
 
 
351 aa  268  8e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.0000000179366  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5257  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  53 
 
 
339 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.000000000036392  normal  0.697863 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1861  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  53.46 
 
 
339 aa  267  2e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000111511  hitchhiker  0.0000555512 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1325  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  53.63 
 
 
339 aa  265  1e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.000000000130693  hitchhiker  0.00142228 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  42.11 
 
 
405 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  39.5 
 
 
403 aa  197  3e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4405  hypothetical protein  39.93 
 
 
321 aa  190  2.9999999999999997e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.167206  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3448  L-threonine ammonia-lyase  40.13 
 
 
403 aa  189  5e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3529  threonine dehydratase  39.81 
 
 
403 aa  187  3e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.10963  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1794  threonine dehydratase  40.88 
 
 
514 aa  186  4e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306428  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  35.45 
 
 
402 aa  186  4e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1014  threonine dehydratase  38.6 
 
 
403 aa  186  6e-46  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0748  hypothetical protein  39.86 
 
 
321 aa  185  1.0000000000000001e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0137711  normal  0.534378 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0961  threonine dehydratase  40.43 
 
 
404 aa  184  2.0000000000000003e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.569986 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1474  threonine dehydratase  39.04 
 
 
403 aa  183  4.0000000000000006e-45  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  36.61 
 
 
403 aa  182  5.0000000000000004e-45  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  36.61 
 
 
403 aa  182  6e-45  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3081  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.12 
 
 
320 aa  182  6e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0664641 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0743  threonine dehydratase  36.49 
 
 
403 aa  182  7e-45  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00847234  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0915  threonine dehydratase  36.61 
 
 
403 aa  182  8.000000000000001e-45  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4135  threonine dehydratase, biosynthetic  38.13 
 
 
501 aa  181  1e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0273942  hitchhiker  0.00000000359898 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2700  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.73 
 
 
321 aa  181  2e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.420698 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3920  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.82 
 
 
315 aa  181  2e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.903955  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  36.75 
 
 
403 aa  180  2.9999999999999997e-44  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.03 
 
 
320 aa  179  4e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  33.94 
 
 
402 aa  179  4.999999999999999e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  35.66 
 
 
403 aa  179  9e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2666  threonine dehydratase  39.49 
 
 
509 aa  177  2e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3416  threonine dehydratase, biosynthetic  40.58 
 
 
501 aa  177  2e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000175327 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2363  L-threonine ammonia-lyase  38.85 
 
 
505 aa  176  4e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.088118 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3309  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.01 
 
 
319 aa  176  7e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0279719  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31740  predicted protein  40.21 
 
 
468 aa  175  8e-43  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.414163 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3556  threonine dehydratase  40.14 
 
 
403 aa  176  8e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.597428  normal  0.136455 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0349  threonine dehydratase  41.16 
 
 
403 aa  175  9.999999999999999e-43  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.626504  normal  0.139043 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0227  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.51 
 
 
353 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2376  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.04 
 
 
317 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1999  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.41 
 
 
327 aa  173  2.9999999999999996e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.232127  normal  0.0256185 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4417  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.68 
 
 
323 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.936913  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0423  threonine dehydratase  36.01 
 
 
504 aa  173  5e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.146858  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4565  serine/threonine dehydratase  38.82 
 
 
320 aa  172  5.999999999999999e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.026373 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1068  threonine dehydratase  39.64 
 
 
509 aa  172  5.999999999999999e-42  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04320  threonine dehydratase  36.01 
 
 
504 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.478208  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  39.74 
 
 
304 aa  172  6.999999999999999e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3034  threonine dehydratase  41.24 
 
 
403 aa  171  1e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.61 
 
 
321 aa  169  5e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.67 
 
 
304 aa  169  5e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3647  threonine dehydratase  39.59 
 
 
516 aa  169  5e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6209  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.46 
 
 
319 aa  169  6e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0577806 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2929  threonine dehydratase  37.32 
 
 
520 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.333132 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0944  threonine dehydratase  39.51 
 
 
395 aa  169  7e-41  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.463198  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4366  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  34.53 
 
 
315 aa  169  8e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29410  serine/threonine dehydratase  39.6 
 
 
320 aa  169  8e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0870  threonine dehydratase, biosynthetic  41.6 
 
 
506 aa  168  9e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0722  threonine ammonia-lyase, biosynthetic  41.6 
 
 
506 aa  168  9e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130399  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0980  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  35.64 
 
 
326 aa  168  1e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.393122 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4113  serine/threonine dehydratase  39.51 
 
 
325 aa  168  1e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.559381  normal  0.528842 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4000  serine/threonine dehydratase  39.51 
 
 
325 aa  168  1e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0704  threonine dehydratase  37.32 
 
 
507 aa  167  2e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1389  putative threonine dehydratase  36.36 
 
 
326 aa  167  2e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1143  threonine dehydratase  34.95 
 
 
400 aa  167  2e-40  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04793  serine/threonine dehydratase  39.25 
 
 
323 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.0296686 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  35 
 
 
329 aa  167  2.9999999999999998e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3125  L-threonine ammonia-lyase  36.71 
 
 
526 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00487268  normal  0.103539 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  35.25 
 
 
332 aa  167  2.9999999999999998e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  37.95 
 
 
326 aa  166  4e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0128  threonine dehydratase  36.5 
 
 
503 aa  166  5e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0320  L-threonine ammonia-lyase  42.05 
 
 
312 aa  166  5e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0929  threonine dehydratase  37.99 
 
 
527 aa  166  5.9999999999999996e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.767774 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2603  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  34.18 
 
 
320 aa  166  6.9999999999999995e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000516286  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4430  threonine dehydratase  38.99 
 
 
330 aa  165  8e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000773933 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4888  putative threonine dehydratase, catabolic  35.64 
 
 
325 aa  165  1.0000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1524  serine/threonine dehydratase  39.72 
 
 
327 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00616628  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0405  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.19 
 
 
315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0956264  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2250  serine/threonine dehydratase  39.01 
 
 
324 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0888  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.91 
 
 
324 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.520177 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0437  threonine dehydratase  35.74 
 
 
503 aa  163  3e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2556  serine/threonine dehydratase  39.01 
 
 
324 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  39.72 
 
 
327 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  39.72 
 
 
327 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  39.72 
 
 
327 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  39.72 
 
 
327 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  39.72 
 
 
327 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  39.72 
 
 
327 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10990  threonine dehydratase  41.41 
 
 
330 aa  162  5.0000000000000005e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>