More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1934 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_1861  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  99.41 
 
 		 339 aa  692    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000111511  hitchhiker  0.0000555512 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1970  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  98.23 
 
 		 339 aa  685    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.297392  normal  0.0488964 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6133  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  98.23 
 
 		 339 aa  685    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0492571  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1934  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  100 
 
 		 351 aa  720    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.0000000179366  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1946  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  98.23 
 
 		 339 aa  685    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0512666  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5257  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  97.34 
 
 		 339 aa  615  1e-175  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.000000000036392  normal  0.697863 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1325  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  94.67 
 
 		 339 aa  587  1e-166  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.000000000130693  hitchhiker  0.00142228 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1494  threonine dehydratase catabolic  83.43 
 
 		 343 aa  558  1e-158  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0428671  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2515  threonine dehydratase catabolic  83.43 
 
 		 343 aa  558  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.346313  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2364  serine/threonine dehydratase family protein  83.43 
 
 		 343 aa  558  1e-158  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.688491  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3316  threonine dehydratase catabolic  83.43 
 
 		 343 aa  558  1e-158  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0160321  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1263  threonine dehydratase catabolic  83.43 
 
 		 343 aa  558  1e-158  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.139617  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2406  serine/threonine dehydratase family protein  83.43 
 
 		 343 aa  558  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.427217  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1991  threonine dehydratase catabolic  83.43 
 
 		 343 aa  558  1e-158  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.811048  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2085  threonine dehydratase catabolic  83.43 
 
 		 343 aa  554  1e-157  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.240523  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0994  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  78.27 
 
 		 340 aa  537  1e-151  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.430606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1872  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  76.79 
 
 		 344 aa  518  1e-146  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0095677  normal  0.0115658 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2315  putative amino-acid dehydratase  76.49 
 
 		 344 aa  502  1e-141  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.314922  normal  0.569299 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0497  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  53.31 
 
 		 339 aa  282  6.000000000000001e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.492672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1588  L-threonine ammonia-lyase  55.07 
 
 		 291 aa  273  4.0000000000000004e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  39.66 
 
 		 405 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2700  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.54 
 
 		 321 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.420698 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2376  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.83 
 
 		 317 aa  196  3e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1389  putative threonine dehydratase  36.56 
 
 		 326 aa  196  5.000000000000001e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  35.58 
 
 		 402 aa  196  5.000000000000001e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4888  putative threonine dehydratase, catabolic  36.89 
 
 		 325 aa  196  6e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2603  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.04 
 
 		 320 aa  195  1e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000516286  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3920  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.57 
 
 		 315 aa  194  2e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.903955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  38.64 
 
 		 403 aa  194  3e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  35.26 
 
 		 402 aa  194  3e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0980  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  34.48 
 
 		 326 aa  192  6e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.393122 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3309  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  38.51 
 
 		 319 aa  192  6e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0279719  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0888  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.67 
 
 		 324 aa  191  2e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.520177 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6209  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.09 
 
 		 319 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0577806 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.91 
 
 		 320 aa  188  1e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1014  threonine dehydratase  35.06 
 
 		 403 aa  187  2e-46  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  40.19 
 
 		 304 aa  187  3e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1474  threonine dehydratase  36.99 
 
 		 403 aa  185  8e-46  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  33.99 
 
 		 403 aa  184  1.0000000000000001e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3529  threonine dehydratase  38.98 
 
 		 403 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.10963  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4366  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.25 
 
 		 315 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3448  L-threonine ammonia-lyase  38.98 
 
 		 403 aa  184  3e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.61 
 
 		 304 aa  184  3e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3556  threonine dehydratase  36.6 
 
 		 403 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.597428  normal  0.136455 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  34.08 
 
 		 403 aa  181  2e-44  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  33.23 
 
 		 403 aa  180  2.9999999999999997e-44  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  32.92 
 
 		 403 aa  177  2e-43  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0915  threonine dehydratase  32.92 
 
 		 403 aa  177  3e-43  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0227  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.98 
 
 		 353 aa  175  9.999999999999999e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1143  threonine dehydratase  34.43 
 
 		 400 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.35 
 
 		 328 aa  173  2.9999999999999996e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2250  serine/threonine dehydratase  36.39 
 
 		 324 aa  173  5e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0743  threonine dehydratase  31.09 
 
 		 403 aa  172  7.999999999999999e-42  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00847234  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1010  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.08 
 
 		 315 aa  172  1e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.929985 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  34.81 
 
 		 332 aa  172  1e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1524  serine/threonine dehydratase  34.7 
 
 		 327 aa  171  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00616628  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1075  threonine dehydratase  41.54 
 
 		 405 aa  171  3e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.986828  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  34.38 
 
 		 327 aa  170  4e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  34.38 
 
 		 327 aa  170  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3108  serine/threonine dehydratase  34.38 
 
 		 327 aa  170  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0125  threonine dehydratase  33.97 
 
 		 408 aa  170  4e-41  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  34.38 
 
 		 327 aa  170  4e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0103  threonine dehydratase  35.12 
 
 		 401 aa  169  4e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0145026  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  34.38 
 
 		 327 aa  170  4e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  34.38 
 
 		 327 aa  170  4e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  34.38 
 
 		 327 aa  170  4e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2122  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.29 
 
 		 332 aa  169  6e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113848  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2556  serine/threonine dehydratase  35.44 
 
 		 324 aa  169  8e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0152  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.46 
 
 		 318 aa  169  9e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0996  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.5 
 
 		 338 aa  169  9e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1494  threonine dehydratase  34.19 
 
 		 404 aa  168  1e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1331  threonine dehydratase  34.63 
 
 		 401 aa  167  2.9999999999999998e-40  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1447  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.9 
 
 		 330 aa  166  4e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0170532  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1722  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.92 
 
 		 320 aa  166  4e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3034  threonine dehydratase  36.25 
 
 		 403 aa  166  5.9999999999999996e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1057  threonine dehydratase  36.07 
 
 		 402 aa  165  9e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1852  threonine dehydratase  33.99 
 
 		 402 aa  165  9e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000042395  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  34.31 
 
 		 329 aa  165  1.0000000000000001e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0944  threonine dehydratase  36.68 
 
 		 395 aa  165  1.0000000000000001e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.463198  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2636  threonine dehydratase  38.87 
 
 		 402 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31740  predicted protein  36.34 
 
 		 468 aa  164  3e-39  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.414163 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3215  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.99 
 
 		 324 aa  162  6e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4565  serine/threonine dehydratase  36.16 
 
 		 320 aa  162  7e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.026373 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0534  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.54 
 
 		 321 aa  162  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0579  threonine dehydratase  34.64 
 
 		 401 aa  162  1e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0564  threonine dehydratase  34.64 
 
 		 401 aa  162  1e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  37.29 
 
 		 408 aa  161  1e-38  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2922  threonine dehydratase  37.62 
 
 		 313 aa  160  2e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1165  threonine dehydratase  36.05 
 
 		 412 aa  161  2e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.499375  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3783  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.92 
 
 		 323 aa  160  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.930239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0011  threonine dehydratase  38.02 
 
 		 402 aa  160  3e-38  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.059163  normal  0.133507 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  35.39 
 
 		 324 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0204  threonine dehydratase  31.21 
 
 		 416 aa  160  3e-38  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.123725  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0870  threonine dehydratase, biosynthetic  39.63 
 
 		 506 aa  160  4e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0722  threonine ammonia-lyase, biosynthetic  39.63 
 
 		 506 aa  160  4e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130399  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1506  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.71 
 
 		 340 aa  160  4e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  35.71 
 
 		 324 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4294  threonine dehydratase  37.74 
 
 		 425 aa  159  5e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0349  threonine dehydratase  35.39 
 
 		 403 aa  159  7e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.626504  normal  0.139043 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1373  threonine dehydratase  34.15 
 
 		 537 aa  159  7e-38  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>