More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1588 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1588  L-threonine ammonia-lyase  100 
 
 		 291 aa  574  1.0000000000000001e-163  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0497  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  60.14 
 
 		 339 aa  308  5.9999999999999995e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.492672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0994  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  52.6 
 
 		 340 aa  285  5e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.430606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1872  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  52.1 
 
 		 344 aa  269  4e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0095677  normal  0.0115658 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2364  serine/threonine dehydratase family protein  55.84 
 
 		 343 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.688491  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1494  threonine dehydratase catabolic  55.84 
 
 		 343 aa  268  8e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0428671  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3316  threonine dehydratase catabolic  55.84 
 
 		 343 aa  268  8e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0160321  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2406  serine/threonine dehydratase family protein  55.84 
 
 		 343 aa  268  8e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.427217  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2515  threonine dehydratase catabolic  55.84 
 
 		 343 aa  268  8e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.346313  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1991  threonine dehydratase catabolic  55.84 
 
 		 343 aa  268  8e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.811048  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1263  threonine dehydratase catabolic  55.84 
 
 		 343 aa  268  8e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.139617  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2085  threonine dehydratase catabolic  54.74 
 
 		 343 aa  262  4e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.240523  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2315  putative amino-acid dehydratase  52.1 
 
 		 344 aa  259  3e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.314922  normal  0.569299 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5257  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  55.8 
 
 		 339 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.000000000036392  normal  0.697863 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1861  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  55.07 
 
 		 339 aa  250  2e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000111511  hitchhiker  0.0000555512 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1934  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  55.07 
 
 		 351 aa  249  3e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.0000000179366  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1970  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  54.71 
 
 		 339 aa  248  7e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.297392  normal  0.0488964 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6133  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  54.71 
 
 		 339 aa  248  7e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0492571  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1946  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  54.71 
 
 		 339 aa  248  7e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0512666  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1325  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  55.43 
 
 		 339 aa  246  2e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.000000000130693  hitchhiker  0.00142228 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  42.01 
 
 		 403 aa  199  3e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  41.32 
 
 		 405 aa  195  7e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3448  L-threonine ammonia-lyase  42.01 
 
 		 403 aa  187  1e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3529  threonine dehydratase  41.67 
 
 		 403 aa  186  3e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.10963  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  36.84 
 
 		 403 aa  186  3e-46  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1014  threonine dehydratase  37.37 
 
 		 403 aa  186  3e-46  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  36.84 
 
 		 403 aa  186  4e-46  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0915  threonine dehydratase  36.49 
 
 		 403 aa  185  8e-46  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0349  threonine dehydratase  41.67 
 
 		 403 aa  184  1.0000000000000001e-45  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.626504  normal  0.139043 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1474  threonine dehydratase  39.24 
 
 		 403 aa  183  4.0000000000000006e-45  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0743  threonine dehydratase  36.81 
 
 		 403 aa  182  6e-45  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00847234  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  35.56 
 
 		 403 aa  181  1e-44  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3416  threonine dehydratase, biosynthetic  38.41 
 
 		 501 aa  181  2e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000175327 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0423  threonine dehydratase  36.33 
 
 		 504 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.146858  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04320  threonine dehydratase  36.33 
 
 		 504 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.478208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4135  threonine dehydratase, biosynthetic  36.33 
 
 		 501 aa  179  5.999999999999999e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0273942  hitchhiker  0.00000000359898 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2929  threonine dehydratase  37.72 
 
 		 520 aa  178  9e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.333132 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  35.42 
 
 		 403 aa  178  9e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0722  threonine ammonia-lyase, biosynthetic  39.37 
 
 		 506 aa  178  1e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130399  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1794  threonine dehydratase  39.58 
 
 		 514 aa  178  1e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0870  threonine dehydratase, biosynthetic  39.37 
 
 		 506 aa  178  1e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1143  threonine dehydratase  36.46 
 
 		 400 aa  176  6e-43  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.3 
 
 		 304 aa  175  8e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.01 
 
 		 320 aa  174  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2363  L-threonine ammonia-lyase  36.93 
 
 		 505 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.088118 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1057  threonine dehydratase  39.93 
 
 		 402 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1331  threonine dehydratase  35.99 
 
 		 401 aa  173  2.9999999999999996e-42  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1373  threonine dehydratase  37.76 
 
 		 537 aa  173  3.9999999999999995e-42  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47100  threonine dehydratase  37.37 
 
 		 515 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3034  threonine dehydratase  40.89 
 
 		 403 aa  171  1e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4064  threonine dehydratase  37.02 
 
 		 515 aa  170  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0834  threonine dehydratase  38.89 
 
 		 403 aa  171  2e-41  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3647  threonine dehydratase  39.65 
 
 		 516 aa  171  2e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0227  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.41 
 
 		 353 aa  170  3e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1068  threonine dehydratase  37.28 
 
 		 509 aa  170  3e-41  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6145  threonine dehydratase  40.77 
 
 		 323 aa  169  4e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0929  threonine dehydratase  36.55 
 
 		 527 aa  169  4e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.767774 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2666  threonine dehydratase  37.41 
 
 		 509 aa  169  5e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  40.65 
 
 		 304 aa  169  6e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0437  threonine dehydratase  36.93 
 
 		 503 aa  168  8e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1563  threonine dehydratase, biosynthetic  35.09 
 
 		 507 aa  168  1e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4430  threonine dehydratase  36.88 
 
 		 330 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000773933 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  34.62 
 
 		 402 aa  167  2e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0644  threonine dehydratase  35.52 
 
 		 549 aa  167  2e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0883544 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1062  threonine dehydratase  36.71 
 
 		 402 aa  167  2.9999999999999998e-40  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0280706  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0733  threonine dehydratase  37.06 
 
 		 515 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.880513  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  35.51 
 
 		 402 aa  166  2.9999999999999998e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8547  threonine dehydratase  38.97 
 
 		 402 aa  166  2.9999999999999998e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4405  hypothetical protein  36.9 
 
 		 321 aa  166  5e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.167206  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0944  threonine dehydratase  36.97 
 
 		 395 aa  166  5e-40  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.463198  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09711  threonine dehydratase  34.97 
 
 		 511 aa  165  5.9999999999999996e-40  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.139009  normal  0.177122 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2556  serine/threonine dehydratase  39.01 
 
 		 324 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0299  threonine dehydratase  34.62 
 
 		 511 aa  165  6.9999999999999995e-40  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.380007  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2250  serine/threonine dehydratase  39.01 
 
 		 324 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1075  threonine dehydratase  43.15 
 
 		 405 aa  164  2.0000000000000002e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.986828  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1083  threonine dehydratase  37.37 
 
 		 529 aa  164  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.715043  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0748  hypothetical protein  38.03 
 
 		 321 aa  164  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0137711  normal  0.534378 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3436  threonine dehydratase  32.87 
 
 		 511 aa  164  2.0000000000000002e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3556  threonine dehydratase  38.19 
 
 		 403 aa  163  3e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.597428  normal  0.136455 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5805  threonine dehydratase  40.42 
 
 		 323 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6169  threonine dehydratase  40.42 
 
 		 323 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0794807  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1852  threonine dehydratase  35.17 
 
 		 402 aa  163  3e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000042395  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31740  predicted protein  36.9 
 
 		 468 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.414163 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  37.41 
 
 		 326 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1237  threonine dehydratase  40.75 
 
 		 412 aa  162  5.0000000000000005e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000221207 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3125  L-threonine ammonia-lyase  35.99 
 
 		 526 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00487268  normal  0.103539 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0704  threonine dehydratase  36.71 
 
 		 507 aa  162  6e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0011  threonine dehydratase  40.29 
 
 		 402 aa  162  9e-39  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.059163  normal  0.133507 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0320  L-threonine ammonia-lyase  44.05 
 
 		 312 aa  161  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1165  threonine dehydratase  40.48 
 
 		 412 aa  161  1e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.499375  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1619  threonine dehydratase  42.65 
 
 		 400 aa  160  2e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.458983  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48270  threonine dehydratase  37.37 
 
 		 504 aa  160  2e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0128  threonine dehydratase  35.19 
 
 		 503 aa  160  2e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0305  serine/threonine dehydratase  36.88 
 
 		 322 aa  160  2e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.333559 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1763  threonine dehydratase, biosynthetic  37.37 
 
 		 512 aa  160  2e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5774  threonine dehydratase  39.51 
 
 		 323 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.154998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08511  threonine dehydratase  35.54 
 
 		 514 aa  160  3e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.306662  hitchhiker  0.00240564 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  36.13 
 
 		 329 aa  159  5e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3278  threonine dehydratase  35.25 
 
 		 531 aa  159  5e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6018  threonine dehydratase  39.16 
 
 		 323 aa  159  7e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>