More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_4160 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_4160  LysR family substrate binding transcriptional regulator  100 
 
 
295 aa  610  1e-173  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.415883  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3725  transcriptional regulator, LysR family protein  53.45 
 
 
296 aa  334  1e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0853  putative glycine cleavage operon activator  29.54 
 
 
297 aa  136  4e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 
311 aa  133  3.9999999999999996e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.45 
 
 
305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.76 
 
 
306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.21 
 
 
305 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.21 
 
 
305 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.21 
 
 
305 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.21 
 
 
305 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.21 
 
 
305 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.93 
 
 
303 aa  129  6e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3381  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 
298 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4107  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 
298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.97 
 
 
303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1757  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 
298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0074148 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.86 
 
 
304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.37 
 
 
303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.37 
 
 
303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.37 
 
 
303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.37 
 
 
303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.31 
 
 
305 aa  127  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.31 
 
 
305 aa  127  3e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.31 
 
 
305 aa  127  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.37 
 
 
303 aa  127  3e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  29.35 
 
 
306 aa  126  4.0000000000000003e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.66 
 
 
303 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3680  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 
298 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.301341  hitchhiker  0.00043388 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.66 
 
 
303 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.66 
 
 
303 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.66 
 
 
303 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.38 
 
 
303 aa  126  6e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.35 
 
 
306 aa  125  8.000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  29.51 
 
 
305 aa  125  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 
305 aa  125  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.51 
 
 
305 aa  125  1e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.02 
 
 
303 aa  125  1e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.51 
 
 
305 aa  125  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.31 
 
 
303 aa  125  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.51 
 
 
305 aa  125  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.51 
 
 
305 aa  125  1e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  29.51 
 
 
305 aa  125  1e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.51 
 
 
305 aa  125  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.51 
 
 
305 aa  125  1e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.37 
 
 
303 aa  124  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 
305 aa  124  3e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3108  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 
312 aa  123  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12734  normal  0.186906 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.11 
 
 
303 aa  123  4e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5999  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 
330 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5634  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 
330 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7408  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 
330 aa  122  6e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.27 
 
 
303 aa  122  6e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6490  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 
330 aa  122  7e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 
305 aa  122  9e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0529  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 
347 aa  121  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.438898  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.51 
 
 
308 aa  121  9.999999999999999e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  27.92 
 
 
287 aa  121  9.999999999999999e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0449  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 
305 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.038969  normal  0.109175 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0423  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 
305 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 
309 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  29.48 
 
 
305 aa  121  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 
305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 
305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 
305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.76 
 
 
302 aa  121  1.9999999999999998e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.51 
 
 
307 aa  120  3e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.41 
 
 
308 aa  120  3e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2788  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
296 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1994  transcriptional regulator, LysR family  26.74 
 
 
311 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.576839 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 
310 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.51 
 
 
307 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3451  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 
291 aa  119  4.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.353033  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  27.72 
 
 
292 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0952  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 
312 aa  119  7e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.953475  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3066  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 
296 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.249094  hitchhiker  0.00377983 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4712  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 
297 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0181499  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 
296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 
315 aa  117  3e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4049  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 
290 aa  117  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.769313  normal  0.721068 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2834  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 
312 aa  116  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2548  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 
328 aa  117  3e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 
295 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2386  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 
296 aa  116  3.9999999999999997e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.455697  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6153  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 
330 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 
310 aa  116  5e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64910  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 
312 aa  115  6e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1983  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 
299 aa  115  6.9999999999999995e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360577  hitchhiker  0.00420822 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3881  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 
297 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2925  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 
296 aa  115  8.999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5573  LysR family transcriptional regulator  25.96 
 
 
301 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0212  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 
296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0028482  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 
317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5707  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 
290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0403331 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4598  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 
290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.343369 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3770  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 
290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0698  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 
320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  27.21 
 
 
314 aa  114  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0695  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 
294 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0978  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 
293 aa  113  3e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.955439  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4677  transcriptional regulator, LysR family  26.45 
 
 
312 aa  113  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>