More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_C1248 on replicon NC_007953
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007953  Bxe_C1248  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  100 
 
 
373 aa  764    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.81595 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2162  putative sigma54 specific transcriptional regulator  52.79 
 
 
366 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0332569  normal  0.224007 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0556  response regulator receiver protein  51.25 
 
 
367 aa  369  1e-101  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2982  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.55 
 
 
367 aa  360  3e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.165911  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34210  putative transcriptional regulator  53.41 
 
 
376 aa  358  7e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0247085  normal  0.0127418 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2771  sigma-54 dependent transcriptional regulator  50.27 
 
 
367 aa  358  8e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3918  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.55 
 
 
367 aa  358  9e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84668  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3248  helix-turn-helix, Fis-type  51.55 
 
 
368 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.12684  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2908  putative transcriptional regulator  53.6 
 
 
376 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.259707  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43900  Sigma54-dependent transcriptional activator protein  52.1 
 
 
367 aa  357  1.9999999999999998e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3467  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  51.27 
 
 
368 aa  352  5e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.154738  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34150  putative transcriptional regulator  49.11 
 
 
361 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.093709  normal  0.232942 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2903  putative transcriptional regulator  49.11 
 
 
361 aa  327  3e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0881  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.15 
 
 
373 aa  323  4e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.588109 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7716  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.56 
 
 
366 aa  318  1e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.416499  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0564  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.25 
 
 
391 aa  317  1e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3328  response regulator receiver protein  47.95 
 
 
352 aa  312  4.999999999999999e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6033  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.26 
 
 
376 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.516137  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5791  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.94 
 
 
375 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6156  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.94 
 
 
375 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.164312  normal  0.688082 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2612  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.78 
 
 
372 aa  306  3e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6136  putative sigma54 specific transcriptional regulator  48.27 
 
 
389 aa  306  3e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0424882  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3526  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.33 
 
 
377 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.658574  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5803  putative sigma54 specific transcriptional regulator  49.4 
 
 
376 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3993  putative sigma54 specific transcriptional regulator  47.62 
 
 
375 aa  302  8.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.717934  normal  0.104831 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6636  putative sigma54 specific transcriptional regulator  45.69 
 
 
375 aa  300  3e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.992107 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1567  sigma-54 factor, interaction region  44.76 
 
 
381 aa  295  1e-78  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0116194  hitchhiker  0.0000311693 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1772  putative sigma54 specific transcriptional regulator  45.24 
 
 
386 aa  291  2e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1472  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.67 
 
 
451 aa  263  3e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22350  sigma54-dependent activator protein  43.88 
 
 
343 aa  261  1e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2897  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.4 
 
 
473 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.189439  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1972  response regulator receiver protein  41.07 
 
 
455 aa  249  7e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1016  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.88 
 
 
455 aa  248  2e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.963955  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1999  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.55 
 
 
481 aa  246  6e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0236  sigma-54 transcriptional regulatory protein  39.36 
 
 
342 aa  246  6e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.143809  normal  0.138456 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0709  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.36 
 
 
342 aa  246  6e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.821581  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0629  sigma-54 dependent transcriptional regulator  39.07 
 
 
342 aa  244  1.9999999999999999e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3932  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.56 
 
 
451 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.215439  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3450  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.91 
 
 
448 aa  243  5e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4371  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.56 
 
 
451 aa  242  6e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109269  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1726  hypothetical protein  39.88 
 
 
437 aa  242  7e-63  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5122  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.77 
 
 
454 aa  242  7.999999999999999e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0127558 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1726  hypothetical protein  38.97 
 
 
437 aa  241  1e-62  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1496  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.56 
 
 
451 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.190196  normal  0.699272 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0775  helix-turn-helix, Fis-type  42.21 
 
 
457 aa  240  2.9999999999999997e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.118214 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2180  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.58 
 
 
455 aa  240  2.9999999999999997e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1993  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.81 
 
 
486 aa  240  4e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1872  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.6 
 
 
459 aa  239  4e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.24 
 
 
469 aa  239  5.999999999999999e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50180  two-component response regulator  48.32 
 
 
473 aa  239  8e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.966541  hitchhiker  0.00555849 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0500  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.53 
 
 
476 aa  238  1e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2807  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.88 
 
 
466 aa  238  1e-61  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.75933  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4272  two-component response regulator  46.64 
 
 
470 aa  237  2e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6061  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.88 
 
 
461 aa  237  2e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0687  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.04 
 
 
459 aa  237  3e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.120276  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0570  NifA subfamily transcriptional regulator  39.35 
 
 
508 aa  237  3e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.106051  normal  0.50757 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0595  helix-turn-helix, Fis-type  38.3 
 
 
459 aa  236  4e-61  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2299  response regulator receiver protein  39.47 
 
 
446 aa  236  4e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3070  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.67 
 
 
447 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.6792 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1322  sigma-54 factor, interaction region  39.94 
 
 
446 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2928  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.67 
 
 
447 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0682  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.24 
 
 
456 aa  236  5.0000000000000005e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.105475  normal  0.791887 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2578  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.53 
 
 
446 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4250  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.74 
 
 
483 aa  236  6e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.126719  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001184  putative two-component response regulator  40 
 
 
443 aa  235  7e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1276  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.73 
 
 
459 aa  235  7e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3842  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.73 
 
 
459 aa  235  9e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0615627  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1461  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.34 
 
 
459 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.402822  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1616  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.98 
 
 
452 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0540  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.39 
 
 
445 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2938  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.37 
 
 
447 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1435  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.37 
 
 
447 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1364  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.84 
 
 
447 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.885668  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3068  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.06 
 
 
452 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04971  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  47.2 
 
 
444 aa  234  2.0000000000000002e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2827  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.68 
 
 
470 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0126149 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3981  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.37 
 
 
433 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0945  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.81 
 
 
459 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.540348  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4383  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.43 
 
 
483 aa  234  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.246116  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02891  flagellar regulatory protein C  38.1 
 
 
445 aa  234  3e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0823  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.75 
 
 
456 aa  233  3e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.449732 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0922  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48 
 
 
462 aa  234  3e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.554455  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.71 
 
 
497 aa  233  3e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.56 
 
 
1079 aa  233  3e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4406  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.43 
 
 
483 aa  234  3e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.378923  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0300  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.56 
 
 
457 aa  233  3e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4088  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  41.39 
 
 
457 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  hitchhiker  0.0065577  normal  0.672706 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4456  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.39 
 
 
457 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.764911  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0079  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.15 
 
 
433 aa  233  5e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.819278  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4373  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.61 
 
 
469 aa  233  5e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4396  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.61 
 
 
469 aa  233  5e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1180  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  37.87 
 
 
449 aa  233  5e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4418  transcriptional regulatory protein ZraR  38.94 
 
 
441 aa  232  8.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.298897  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1931  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40 
 
 
477 aa  232  9e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00933111  normal  0.149931 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2563  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.62 
 
 
480 aa  232  9e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247378 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1280  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.39 
 
 
446 aa  232  9e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1719  flagellar regulatory protein C  45.42 
 
 
479 aa  232  9e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0473988  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4021  transcriptional regulatory protein ZraR  38.27 
 
 
441 aa  231  1e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0128092  normal  0.0227655 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4497  transcriptional regulatory protein ZraR  38.27 
 
 
441 aa  231  1e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000279415  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4454  transcriptional regulatory protein ZraR  37.96 
 
 
441 aa  231  1e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.209341  hitchhiker  0.000519331 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>