More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_3974 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_3974  amino acid ABC transporter permease  100 
 
 
219 aa  441  1e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0732034  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2440  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.23 
 
 
219 aa  236  2e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221978  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1031  amino acid ABC transporter permease  51.76 
 
 
214 aa  219  1.9999999999999999e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000917559  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3128  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.87 
 
 
222 aa  207  9e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0272486 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1707  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.05 
 
 
219 aa  207  1e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4063  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.04 
 
 
216 aa  204  8e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1600  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.88 
 
 
214 aa  204  9e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4669  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.41 
 
 
214 aa  198  3.9999999999999996e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.287398  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5267  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.5 
 
 
219 aa  195  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.316086  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6998  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.47 
 
 
216 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0176333 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1496  amino acid ABC transporter permease  47.47 
 
 
216 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6333  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.47 
 
 
216 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.200705  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5461  amino acid ABC transporter permease  45.81 
 
 
216 aa  194  6e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0218905 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1918  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.04 
 
 
215 aa  193  1e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.179252 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5543  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.5 
 
 
219 aa  193  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.468657 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5247  amino acid ABC transporter, permease protein  47.78 
 
 
215 aa  192  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2075  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.44 
 
 
219 aa  192  3e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.280824 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3249  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.15 
 
 
218 aa  192  4e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.862152  normal  0.352927 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5948  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.7 
 
 
213 aa  192  5e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.518149  normal  0.0212185 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1688  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  43 
 
 
218 aa  189  4e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.022194  normal  0.493441 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1503  amino acid ABC transporter permease  45.54 
 
 
212 aa  188  5.999999999999999e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4925  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.22 
 
 
214 aa  188  5.999999999999999e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4962  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.56 
 
 
218 aa  187  8e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0311986  normal  0.0537626 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3209  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.45 
 
 
216 aa  187  1e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3669  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.57 
 
 
217 aa  186  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.101493  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6713  ABC amino acid transporter, inner membrane subunit  42.4 
 
 
218 aa  186  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0163  amino acid ABC transporter permease  46.04 
 
 
214 aa  186  2e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.784261  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3977  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.43 
 
 
213 aa  186  2e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.734464  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1510  ABC transporter membrane spanning protein  44.06 
 
 
219 aa  183  1.0000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0175  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.58 
 
 
217 aa  183  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5080  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.54 
 
 
218 aa  183  2.0000000000000003e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2599  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.44 
 
 
216 aa  181  5.0000000000000004e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.635143  normal  0.180313 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0019  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.16 
 
 
217 aa  181  7e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0014  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.16 
 
 
217 aa  181  7e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.792397  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7088  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.29 
 
 
213 aa  180  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3418  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.67 
 
 
217 aa  179  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3747  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.08 
 
 
218 aa  180  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3462  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43 
 
 
216 aa  180  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0209  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.16 
 
 
217 aa  177  9e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0296  amino acid ABC transporter permease  45.81 
 
 
215 aa  177  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3474  amino acid ABC transporter permease  42.13 
 
 
216 aa  177  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0304  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.28 
 
 
215 aa  177  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0228  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.21 
 
 
217 aa  175  5e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0447  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.57 
 
 
216 aa  175  6e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2105  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  43.32 
 
 
217 aa  174  8e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5458  ABC transporter membrane spanning protein (amino acid)  41.78 
 
 
216 aa  174  9e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2430  ABC polar amino acid transporter inner membrane protein  39.39 
 
 
216 aa  173  1.9999999999999998e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.891065  normal  0.0353371 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3334  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.26 
 
 
217 aa  173  1.9999999999999998e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.281722 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4511  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.52 
 
 
216 aa  171  6.999999999999999e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0761922  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1491  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.91 
 
 
217 aa  169  3e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2073  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.6 
 
 
216 aa  169  3e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3447  amino acid ABC transporter permease  41.33 
 
 
217 aa  165  5.9999999999999996e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3672  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.14 
 
 
216 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3327  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.33 
 
 
217 aa  164  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3467  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40 
 
 
217 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3188  amino acid ABC transporter, permease protein  41.33 
 
 
217 aa  164  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3991  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.71 
 
 
215 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.841796  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0934  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41 
 
 
218 aa  162  3e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.080844  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3311  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.5 
 
 
218 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1743  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.72 
 
 
216 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0879  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.5 
 
 
218 aa  161  9e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0962107  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0909  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.9 
 
 
218 aa  154  1e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.436863  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3108  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.58 
 
 
214 aa  149  3e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6679  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.69 
 
 
215 aa  148  6e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0343  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.66 
 
 
216 aa  143  2e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0325  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.14 
 
 
216 aa  143  2e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0469  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter, permease protein EhuC  37.11 
 
 
216 aa  138  7e-32  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1466  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein/permease protein  35.27 
 
 
727 aa  135  4e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3132  amino acid ABC transporter permease  36.27 
 
 
222 aa  135  5e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.9281  normal  0.0247415 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0123  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.32 
 
 
321 aa  135  7.000000000000001e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1057  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.27 
 
 
216 aa  132  5e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000168875  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0791  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.65 
 
 
221 aa  130  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0218334  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0693  amino acid ABC transporter permease  34.56 
 
 
229 aa  131  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1052  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.95 
 
 
218 aa  129  4.0000000000000003e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.233768  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1927  glutamine-binding periplasmic protein/glutamine transport system permease protein  35.68 
 
 
222 aa  129  4.0000000000000003e-29  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4751  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.22 
 
 
224 aa  129  5.0000000000000004e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.73498e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0688  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.47 
 
 
232 aa  128  6e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.452276  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0727  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.68 
 
 
503 aa  128  6e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000479447  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3695  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.95 
 
 
315 aa  127  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.538203  normal  0.259206 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3405  amino acid ABC transporter, permease protein  32.82 
 
 
263 aa  127  1.0000000000000001e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.679621  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5576  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.81 
 
 
503 aa  127  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1296  amino acid ABC transporter permease  35.64 
 
 
218 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0905  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.18 
 
 
218 aa  126  2.0000000000000002e-28  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1127  amino acid ABC transporter permease  32.88 
 
 
237 aa  126  3e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0717  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.07 
 
 
215 aa  126  3e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1027  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.69 
 
 
223 aa  125  3e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0998  amino acid ABC transporter, permease protein PEB1  31.4 
 
 
250 aa  125  6e-28  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0474623  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0927  amino acid ABC transporter, permease protein PEB1  31.4 
 
 
250 aa  125  6e-28  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0060542  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0442  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.27 
 
 
320 aa  125  6e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0611  amino acid ABC transporter, permease protein  34.29 
 
 
217 aa  124  7e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000123395  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0500  amino acid ABC transporter permease  35.78 
 
 
242 aa  124  8.000000000000001e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0894  amino acid ABC transporter, permease protein PEB1  30.85 
 
 
250 aa  124  9e-28  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.305674  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1631  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.84 
 
 
227 aa  124  9e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4429  amino acid ABC transporter, permease protein  31.25 
 
 
209 aa  124  1e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.21779  normal  0.228122 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0754  amino acid ABC transporter, permease  31.25 
 
 
232 aa  124  1e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.200013  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1036  amino acid ABC transporter, permease protein  31.25 
 
 
209 aa  124  1e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000692373  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5073  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.75 
 
 
320 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0909  amino acid ABC transporter, permease protein  31.25 
 
 
209 aa  124  1e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0166995  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1461  ABC-type amino acid transport system, periplasmic and permease components  35.75 
 
 
736 aa  124  1e-27  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1163  amino acid ABC transporter, permease protein PEB1  32.49 
 
 
229 aa  124  1e-27  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0440986  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>