41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_7341 on replicon NC_010679
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010679  Bphyt_7341  type IV secretion system protein VirD4  100 
 
 		 562 aa  1165    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0552655  normal  0.0313402 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1111  type IV secretion system protein VirD4  42.22 
 
 		 509 aa  311  2.9999999999999997e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1567  putative type IV secretory pathway VirD4 component  29.17 
 
 		 571 aa  208  2e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1821  putative type IV secretory pathway VirD4 component  33.18 
 
 		 565 aa  199  1.0000000000000001e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.49149 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1026  hypothetical protein  28.94 
 
 		 657 aa  174  5e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.272564 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0177  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  30.19 
 
 		 578 aa  167  2.9999999999999998e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4194  hypothetical protein  30.75 
 
 		 665 aa  166  1.0000000000000001e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0224168 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2184  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  29.59 
 
 		 798 aa  150  5e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6944  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  29.77 
 
 		 702 aa  150  6e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0011  conjugal transfer protein TraD  30.22 
 
 		 723 aa  149  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.547678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4592  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  26.84 
 
 		 708 aa  146  9e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4390  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  26.84 
 
 		 708 aa  146  1e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.734886 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4615  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  26.84 
 
 		 708 aa  145  2e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4430  Type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  26.84 
 
 		 708 aa  145  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2425  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  28.1 
 
 		 616 aa  145  2e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.146549  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4425  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  26.84 
 
 		 707 aa  144  3e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.664949 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2490  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  26.96 
 
 		 629 aa  144  4e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4515  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  26.94 
 
 		 708 aa  144  4e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.115139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3560  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  25.7 
 
 		 604 aa  143  9e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.486257  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3982  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  28.92 
 
 		 776 aa  139  1e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5224  hypothetical protein  27.7 
 
 		 763 aa  137  6.0000000000000005e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.440863  normal  0.967503 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5160  hypothetical protein  27.23 
 
 		 768 aa  135  3e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2352  Sigma 54 interacting domain protein  25.99 
 
 		 672 aa  133  7.999999999999999e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009787  EcE24377A_C0001  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  28.15 
 
 		 743 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0076  putative type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  27.97 
 
 		 681 aa  131  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3905  hypothetical protein  27.95 
 
 		 760 aa  131  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0031  hypothetical protein  27.16 
 
 		 611 aa  116  8.999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4308  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  25.19 
 
 		 840 aa  115  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0280519 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_20  conjugative transfer protein TraD  25.51 
 
 		 692 aa  113  9e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0038  hypothetical protein  24.68 
 
 		 667 aa  110  6e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.140641  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6203  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  26.74 
 
 		 675 aa  107  5e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0652  putative type IV secretory pathway VirD4 components  23.23 
 
 		 602 aa  77  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1687  putative type IV secretory pathway VirD4 components  24.02 
 
 		 784 aa  68.6  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00283538  normal  0.176159 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7305  hypothetical protein  24.61 
 
 		 573 aa  65.5  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.457458  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1016  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  21.56 
 
 		 602 aa  54.3  0.000006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00046304  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1621  hypothetical protein  19.78 
 
 		 502 aa  52  0.00003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0062  TraD protein, putative  33.33 
 
 		 110 aa  47  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2451  TRAG family protein  22.94 
 
 		 559 aa  45.4  0.003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.885622  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2467  TRAG family protein  29.76 
 
 		 511 aa  44.3  0.006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.606871  hitchhiker  0.00000000721319 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0976  TRAG family protein  26.72 
 
 		 912 aa  43.9  0.008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5744  hypothetical protein  35.82 
 
 		 590 aa  43.5  0.01  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00575418 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>