More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_3415 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_3415  transcriptional regulator, IclR family  100 
 
 		 330 aa  664    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.257423  normal  0.172483 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0542  IclR family transcriptional regulator  97.92 
 
 		 290 aa  570  1.0000000000000001e-162  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2619  IclR family transcriptional regulator  85.15 
 
 		 317 aa  549  1e-155  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.471262  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2490  IclR family transcriptional regulator  85.2 
 
 		 305 aa  475  1e-133  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3489  transcriptional regulator  85.2 
 
 		 350 aa  475  1e-133  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3295  IclR family transcriptional regulator  85.2 
 
 		 300 aa  475  1e-133  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1175  IclR family transcriptional regulator  85.2 
 
 		 350 aa  476  1e-133  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0410  IclR family transcriptional regulator  85.2 
 
 		 300 aa  475  1e-133  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.616756  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1270  IclR family transcriptional regulator  85.2 
 
 		 324 aa  474  1e-133  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2768  IclR family transcriptional regulator  85.2 
 
 		 299 aa  473  1e-132  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.538606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0134  IclR family transcriptional regulator  84.84 
 
 		 365 aa  472  1e-132  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.102301  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0585  IclR family transcriptional regulator  84.84 
 
 		 299 aa  472  1e-132  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0767296  normal  0.0114736 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0617  IclR family transcriptional regulator  84.84 
 
 		 299 aa  472  1e-132  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.558444  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3452  IclR family transcriptional regulator  85.2 
 
 		 324 aa  474  1e-132  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.880887  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3490  IclR family transcriptional regulator  85.2 
 
 		 324 aa  474  1e-132  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3699  IclR family transcriptional regulator  84.48 
 
 		 299 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.258779  normal  0.616719 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0542  IclR family transcriptional regulator  85.56 
 
 		 299 aa  449  1e-125  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.851726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0518  IclR family transcriptional regulator  85.56 
 
 		 299 aa  449  1e-125  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.689346  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4121  IclR family transcriptional regulator  57.79 
 
 		 267 aa  287  2e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.101535  normal  0.932917 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2181  transcriptional regulator, IclR family  56.06 
 
 		 269 aa  280  3e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.169308  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1991  regulatory proteins, IclR  55.47 
 
 		 269 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0527624  normal  0.0427076 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51350  transcriptional regulator protein DgoR  56.18 
 
 		 261 aa  268  8e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03724  putative transcriptional regulator  55.2 
 
 		 255 aa  263  3e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4214  IclR family transcriptional regulator  55.2 
 
 		 284 aa  263  3e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00389286 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03673  hypothetical protein  55.2 
 
 		 284 aa  263  3e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4923  regulatory proteins, IclR  49.62 
 
 		 266 aa  256  3e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.877822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6621  transcriptional regulator, IclR family  54.4 
 
 		 273 aa  251  1e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.104953  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0393  transcriptional regulator, IclR family  53.36 
 
 		 261 aa  240  2e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.701286  normal  0.393158 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4911  IclR family transcriptional regulator  52.87 
 
 		 276 aa  235  9e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.406508  normal  0.192345 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5822  IclR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 294 aa  211  1e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0541  transcriptional regulator, IclR family  48.18 
 
 		 261 aa  205  1e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.765211  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  35.27 
 
 		 256 aa  138  1e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 268 aa  133  5e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0443  transcriptional regulator, TrmB  35.59 
 
 		 254 aa  130  3e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.915404  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  32.3 
 
 		 261 aa  129  6e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  35.65 
 
 		 259 aa  127  2.0000000000000002e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3702  transcriptional regulator, IclR family  32 
 
 		 252 aa  127  3e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.8457  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0724  transcriptional regulator, IclR family  34.4 
 
 		 246 aa  124  2e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0508551 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2031  IclR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 273 aa  123  5e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 254 aa  121  1.9999999999999998e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  32.06 
 
 		 277 aa  120  3e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4383  IclR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 269 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0499083 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2056  transcriptional regulator KdgR  31.32 
 
 		 263 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000211216  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2043  transcriptional regulator KdgR  31.7 
 
 		 263 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1289  transcriptional regulator KdgR  31.7 
 
 		 263 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000107384  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1985  transcriptional regulator KdgR  31.7 
 
 		 263 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.364862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1981  transcriptional regulator KdgR  31.7 
 
 		 263 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.364283  normal  0.0913734 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1473  transcriptional regulator KdgR  31.7 
 
 		 263 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0115946  normal  0.370857 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7726  IclR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 261 aa  116  6e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01798  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.94 
 
 		 263 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.440803  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1805  IclR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 263 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.954449  normal  0.233357 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2559  transcriptional regulator KdgR  30.94 
 
 		 263 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000361362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1918  transcriptional regulator KdgR  30.94 
 
 		 263 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000201259  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 267 aa  115  1.0000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2095  transcriptional regulator KdgR  30.94 
 
 		 263 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000995956  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2208  transcriptional regulator, IclR family  33.19 
 
 		 290 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0779  transcriptional regulator IclR  30.04 
 
 		 278 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01786  hypothetical protein  30.94 
 
 		 263 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1360  transcriptional regulator KdgR  30.94 
 
 		 263 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000169219  normal  0.0136372 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000924  transcriptional regulator KdgR KDG operon repressor  29.21 
 
 		 265 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 272 aa  114  3e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1885  transcriptional regulator, IclR family  31.32 
 
 		 263 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0160572  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2055  transcriptional regulator, IclR family  30.94 
 
 		 263 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0903474  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5758  IclR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 292 aa  113  5e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.201965  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1949  transcriptional regulator, IclR family  30.94 
 
 		 263 aa  112  6e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00482853  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3009  transcriptional regulator, IclR family  33.6 
 
 		 248 aa  112  7.000000000000001e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.592723  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1249  transcriptional regulator  32.84 
 
 		 271 aa  112  7.000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.568713  normal  0.308528 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 260 aa  112  8.000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3839  IclR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 264 aa  112  1.0000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0043  transcriptional regulator, IclR family  31.4 
 
 		 268 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9117  IclR family transciptional regulator  35.98 
 
 		 252 aa  110  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2397  regulatory protein, IclR  29.81 
 
 		 263 aa  111  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.162621  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2527  transcriptional regulator, IclR family  30.43 
 
 		 265 aa  110  3e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00648168  normal  0.235147 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2177  transcriptional regulator, IclR family  30.57 
 
 		 263 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00508287  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2653  transcriptional regulator  29.32 
 
 		 263 aa  109  7.000000000000001e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.618751  normal  0.01576 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3482  IclR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 263 aa  109  7.000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2885  IclR family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 238 aa  108  1e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1793  IclR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 263 aa  108  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1683  transcriptional regulator  29.32 
 
 		 263 aa  108  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2122  IclR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 263 aa  107  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000124752  decreased coverage  0.000111832 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0849  regulatory proteins, IclR  31.14 
 
 		 276 aa  107  2e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0198  Transcriptional regulator IclR  31.25 
 
 		 265 aa  108  2e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.101079  normal  0.134776 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  27.63 
 
 		 257 aa  108  2e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3333  transcriptional regulator, IclR family  29.6 
 
 		 252 aa  107  3e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.950577  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0712  transcriptional regulator, IclR family  33.33 
 
 		 265 aa  107  3e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.93668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4604  regulatory proteins, IclR  31.1 
 
 		 251 aa  105  8e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2617  IclR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 276 aa  105  9e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4797  transcriptional regulator, IclR family  32.56 
 
 		 258 aa  105  1e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1885  IclR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 249 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.216873 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0547  transcriptional regulator, IclR family  33.8 
 
 		 265 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.244078  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2510  transcriptional regulator, IclR family  32.74 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00153166  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3952  transcriptional repressor IclR  29.59 
 
 		 277 aa  104  2e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.398782  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3776  transcriptional repressor IclR  28.91 
 
 		 276 aa  104  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0458  regulatory protein, IclR  31.36 
 
 		 252 aa  104  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0309456 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0066  IclR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 284 aa  104  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0453  transcriptional repressor IclR  31.19 
 
 		 277 aa  104  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0122119  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0859  transcriptional regulator IclR-like protein  31.03 
 
 		 246 aa  103  3e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0882  IclR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 246 aa  103  3e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  27.95 
 
 		 257 aa  103  4e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4531  IclR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 283 aa  103  4e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.924227  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>