More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_2342 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_2342  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 344 aa  702    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6638  LysR family transcriptional regulator  78.53 
 
 		 338 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.224115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5603  LysR family transcriptional regulator  74.26 
 
 		 359 aa  529  1e-149  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.469593 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5256  LysR family transcriptional regulator  74.26 
 
 		 359 aa  529  1e-149  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0091  LysR family transcriptional regulator  75.95 
 
 		 353 aa  522  1e-147  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4625  LysR family transcriptional regulator  75.38 
 
 		 331 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00069577 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5409  transcriptional regulator, LysR family  64.56 
 
 		 347 aa  419  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199216  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2405  transcriptional regulator, LysR family  57.01 
 
 		 345 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2423  transcriptional regulator, LysR family  57.01 
 
 		 345 aa  402  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.896405 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5557  LysR family transcriptional regulator  58.54 
 
 		 345 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5786  LysR family transcriptional regulator  58.54 
 
 		 345 aa  397  1e-109  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.286417 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1996  transcriptional regulator, LysR family  58.39 
 
 		 343 aa  374  1e-103  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 335 aa  199  6e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 303 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6102  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 324 aa  195  1e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 297 aa  192  5e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 295 aa  191  2e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2818  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 316 aa  190  2.9999999999999997e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 298 aa  189  4e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 298 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 298 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 298 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 298 aa  189  7e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 305 aa  189  7e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 298 aa  188  9e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 338 aa  189  9e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 322 aa  186  4e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 323 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 302 aa  185  1.0000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 323 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 324 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 324 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  33.79 
 
 		 289 aa  182  6e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 334 aa  182  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  37.1 
 
 		 295 aa  182  1e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 324 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 324 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 324 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0781  transcriptional regulator  38.38 
 
 		 435 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 289 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0793  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 415 aa  179  7e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 289 aa  179  7e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0954  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 428 aa  179  7e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0632  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 324 aa  179  8e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 334 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 334 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 334 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 334 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 334 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 334 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  33.1 
 
 		 289 aa  178  1e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0887  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0888177 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5120  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 299 aa  176  4e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 292 aa  176  4e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 297 aa  176  4e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3831  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 335 aa  176  5e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.267692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 334 aa  176  6e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 334 aa  176  6e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 298 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 334 aa  176  6e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31780  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 303 aa  175  9e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 334 aa  175  9e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 334 aa  175  9e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 334 aa  175  9e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.99 
 
 		 290 aa  175  9.999999999999999e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0600  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  33.91 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 334 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 334 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5389  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  36.75 
 
 		 293 aa  174  2.9999999999999996e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 292 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 292 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2223  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 310 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  32.88 
 
 		 307 aa  173  3.9999999999999995e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0363  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 307 aa  173  3.9999999999999995e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 295 aa  173  5e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  37.2 
 
 		 297 aa  173  5e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 298 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 292 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 298 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.45 
 
 		 298 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 298 aa  172  9e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_003296  RS05493  transcription regulator protein  34.6 
 
 		 323 aa  172  1e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.564857 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 292 aa  172  1e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 334 aa  172  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 292 aa  171  1e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5534  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 289 aa  171  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2700  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 303 aa  171  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.469247  normal  0.332498 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  32.99 
 
 		 289 aa  171  2e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 288 aa  171  2e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 334 aa  171  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5774  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.963827 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>