More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_5429 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010623  Bphy_5429  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
370 aa  771    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.835836  normal  0.485743 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5951  extracellular solute-binding protein family 1  73.78 
 
 
382 aa  531  1e-149  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2187  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  78.16 
 
 
316 aa  525  1e-148  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.202649 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1360  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  66.67 
 
 
377 aa  498  1e-140  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0349752 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5813  extracellular solute-binding protein  71.78 
 
 
376 aa  495  1e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3878  extracellular solute-binding protein  71.78 
 
 
376 aa  495  1e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4491  extracellular solute-binding protein  71.78 
 
 
376 aa  495  1e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3926  extracellular solute-binding protein  67.03 
 
 
374 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.808306  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4390  extracellular solute-binding protein  66.76 
 
 
374 aa  488  1e-137  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.243685  normal  0.0624884 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4157  extracellular solute-binding protein  65.42 
 
 
374 aa  472  1e-132  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.194913  normal  0.672619 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3242  extracellular solute-binding protein  52.8 
 
 
340 aa  363  2e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1330  extracellular solute-binding protein family 1  52.65 
 
 
349 aa  346  3e-94  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1540  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  26 
 
 
353 aa  130  5.0000000000000004e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.713242  normal  0.652305 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1204  extracellular solute-binding protein  25.83 
 
 
349 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1493  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  27.37 
 
 
355 aa  112  1.0000000000000001e-23  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0784207  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1401  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.17 
 
 
349 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1180  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.17 
 
 
349 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1182  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.17 
 
 
349 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69652  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1378  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.17 
 
 
349 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00178306 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0492  transport protein  27.19 
 
 
369 aa  110  3e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1442  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.17 
 
 
349 aa  110  3e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1202  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  25.83 
 
 
345 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1300  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  25.83 
 
 
345 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1340  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.83 
 
 
349 aa  108  1e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4004  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.17 
 
 
349 aa  106  7e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000629977 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1010  extracellular solute-binding protein  23.45 
 
 
350 aa  106  8e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0468  ABC transport protein  27.36 
 
 
372 aa  105  9e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1208  extracellular solute-binding protein  27.9 
 
 
366 aa  105  1e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.139759  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0326  extracellular solute-binding protein family 1  27.99 
 
 
357 aa  104  2e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00599972  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2226  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.09 
 
 
360 aa  105  2e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2816  extracellular solute-binding protein  25.72 
 
 
354 aa  104  3e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.293576  normal  0.888288 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1938  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor  24.72 
 
 
360 aa  102  1e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1108  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.17 
 
 
357 aa  101  2e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0892  extracellular solute-binding protein family 1  22.22 
 
 
350 aa  101  2e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.388428  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1643  extracellular solute-binding protein  26.05 
 
 
357 aa  100  4e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1534  extracellular solute-binding protein family 1  28.57 
 
 
357 aa  100  4e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1221  extracellular solute-binding protein family 1  23.13 
 
 
359 aa  99.4  9e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0132  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  23.2 
 
 
343 aa  99  1e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1769  extracellular solute-binding protein family 1  27.48 
 
 
351 aa  98.2  2e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1287  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  24.82 
 
 
355 aa  97.8  2e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.180605  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  26.03 
 
 
363 aa  97.8  3e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0194  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  26.06 
 
 
359 aa  96.7  6e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1846  extracellular solute-binding protein family 1  26.07 
 
 
342 aa  95.5  1e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0748296  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1226  extracellular solute-binding protein family 1  26.28 
 
 
359 aa  95.1  2e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000135939  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0747  extracellular solute-binding protein  25.31 
 
 
354 aa  93.2  6e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.389252  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1064  extracellular solute-binding protein  24.2 
 
 
374 aa  93.2  7e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000691325  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1166  extracellular solute-binding protein  24.51 
 
 
366 aa  92.4  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000290123  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0844  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  23.4 
 
 
356 aa  91.7  2e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3377  extracellular solute-binding protein family 1  23.28 
 
 
414 aa  90.9  3e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0107966  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1801  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  24.28 
 
 
375 aa  91.3  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.563755  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1108  extracellular solute-binding protein  24.51 
 
 
366 aa  90.9  4e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000316767  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3192  extracellular solute-binding protein family 1  24.51 
 
 
366 aa  90.5  4e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683038  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1145  hypothetical protein  21.69 
 
 
340 aa  89.4  8e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0894  extracellular solute-binding protein  24.56 
 
 
370 aa  89.7  8e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1566  extracellular solute-binding protein family 1  26.89 
 
 
346 aa  88.2  2e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.127283  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1140  hypothetical protein  21.36 
 
 
340 aa  88.2  2e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3955  twin-arginine translocation pathway signal  21.78 
 
 
374 aa  88.6  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1199  extracellular solute-binding protein  24.23 
 
 
366 aa  87  4e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000384833  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1064  extracellular solute-binding protein  24.85 
 
 
373 aa  87  4e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1364  extracellular solute-binding protein  22.54 
 
 
344 aa  87.4  4e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2162  extracellular solute-binding protein  25.69 
 
 
374 aa  87.4  4e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1048  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  24.48 
 
 
345 aa  87  4e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00610599  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1021  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  23.45 
 
 
375 aa  87  5e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2583  extracellular solute-binding protein family 1  22.86 
 
 
349 aa  86.7  6e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000231381  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2968  extracellular solute-binding protein family 1  26.77 
 
 
356 aa  86.7  6e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.897922 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1289  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  23.41 
 
 
357 aa  86.7  7e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000830378  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0344  extracellular solute-binding protein  23.47 
 
 
346 aa  86.3  8e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1184  extracellular solute-binding protein  23.96 
 
 
357 aa  86.3  9e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000549625  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1162  extracellular solute-binding protein  23.96 
 
 
357 aa  86.3  9e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.227001  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0633  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  24.15 
 
 
363 aa  85.1  0.000000000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.176739  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0345  extracellular solute-binding protein  26.5 
 
 
357 aa  84.7  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0323  twin-arginine translocation pathway signal  24.91 
 
 
371 aa  84.7  0.000000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1160  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  25 
 
 
361 aa  84.3  0.000000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000302553  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2804  extracellular solute-binding protein  21.94 
 
 
353 aa  84.7  0.000000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.336498 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2837  extracellular solute-binding protein  24.47 
 
 
396 aa  84  0.000000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000153831  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4501  extracellular solute-binding protein family 1  26.09 
 
 
367 aa  83.6  0.000000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.410168  normal  0.591091 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3929  family 1 extracellular solute-binding protein  22.54 
 
 
363 aa  83.6  0.000000000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.156398  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4671  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  24.93 
 
 
361 aa  83.2  0.000000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.728612  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  25.99 
 
 
345 aa  83.2  0.000000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  25.7 
 
 
369 aa  82.4  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1509  extracellular solute-binding protein  24.86 
 
 
364 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.168578 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2730  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  25.7 
 
 
369 aa  82.4  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1704  extracellular solute-binding protein family 1  22.35 
 
 
354 aa  82.4  0.00000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1563  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  25.7 
 
 
369 aa  82.4  0.00000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1368  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  24.39 
 
 
370 aa  81.6  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1584  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  22.97 
 
 
347 aa  81.3  0.00000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00366918  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5050  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  25.14 
 
 
364 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.388938  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6328  extracellular solute-binding protein  25.14 
 
 
364 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.545502  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3000  extracellular solute-binding protein  23.84 
 
 
387 aa  82  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00190221  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1751  extracellular solute-binding protein  25.14 
 
 
364 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1551  extracellular solute-binding protein  23.42 
 
 
363 aa  81.3  0.00000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161993  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1767  extracellular solute-binding protein  25.41 
 
 
364 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910155  normal  0.511303 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2918  extracellular solute-binding protein  23.56 
 
 
387 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000482793  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3097  extracellular solute-binding protein  23.56 
 
 
387 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0218628  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1927  extracellular solute-binding protein family 1  23.77 
 
 
341 aa  80.5  0.00000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.96322  hitchhiker  0.000000194914 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1131  extracellular solute-binding protein  23.16 
 
 
366 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2867  extracellular solute-binding protein  24.25 
 
 
345 aa  80.1  0.00000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1645  extracellular solute-binding protein  24.11 
 
 
396 aa  80.1  0.00000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.222493  normal  0.608221 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1957  extracellular solute-binding protein family 1  26.01 
 
 
358 aa  79.7  0.00000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3076  extracellular solute-binding protein  22.38 
 
 
351 aa  79.7  0.00000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0574821 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>