More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_3052 on replicon NC_010622
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010622  Bphy_3052  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  594  1e-169  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3918  transcriptional regulator, LysR family  82.94 
 
 		 299 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.369694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0014  LysR family transcriptional regulator  83.61 
 
 		 299 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3380  LysR family transcriptional regulator  78.86 
 
 		 299 aa  448  1e-125  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.771452  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2930  LysR family transcriptional regulator  78.86 
 
 		 299 aa  448  1e-125  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2989  LysR family transcriptional regulator  78.86 
 
 		 299 aa  448  1e-125  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0203  LysR family transcriptional regulator  78.86 
 
 		 299 aa  448  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3334  LysR family transcriptional regulator  79.53 
 
 		 299 aa  448  1e-125  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3998  LysR family transcriptional regulator  78.86 
 
 		 299 aa  448  1e-125  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4072  LysR family transcriptional regulator  78.86 
 
 		 299 aa  448  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1613  LysR family transcriptional regulator  78.86 
 
 		 299 aa  448  1e-125  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0072  LysR family transcriptional regulator  82.55 
 
 		 312 aa  437  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0083  LysR family transcriptional regulator  82.55 
 
 		 299 aa  436  1e-121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0081  LysR family transcriptional regulator  83.89 
 
 		 312 aa  436  1e-121  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0099  LysR family transcriptional regulator  81.88 
 
 		 312 aa  431  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2974  LysR family transcriptional regulator  81.88 
 
 		 312 aa  433  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0081  LysR family transcriptional regulator  81.88 
 
 		 312 aa  433  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3262  LysR family transcriptional regulator  81.21 
 
 		 299 aa  426  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.467777 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3373  LysR family transcriptional regulator  57.24 
 
 		 295 aa  317  1e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0300  transcriptional regulator, LysR family  56.04 
 
 		 301 aa  314  9.999999999999999e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0181  LysR family transcriptional regulator  52.9 
 
 		 314 aa  293  2e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.835722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0988  LysR family transcriptional regulator  45.79 
 
 		 310 aa  263  3e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.665564 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3388  LysR family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 305 aa  251  1e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.604965 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1198  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 296 aa  195  6e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.369484  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2092  transcriptional regulator, LysR family  37.71 
 
 		 298 aa  192  5e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03093  transcription regulator protein  40.4 
 
 		 297 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.386003 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4798  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0115843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3456  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 		 296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.192038  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2122  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 296 aa  149  5e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.371996  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2178  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 		 292 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0263296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2130  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 		 292 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.175681  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1036  transcriptional regulator, LysR family  37.45 
 
 		 291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391737  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1600  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 310 aa  124  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.102225 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2465  transcriptional regulator, LysR family  41.57 
 
 		 423 aa  112  6e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1329  LysR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 304 aa  106  5e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2246  transcriptional regulator, LysR family  32.37 
 
 		 321 aa  105  7e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.604756 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1410  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 304 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.807333  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4554  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 305 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1388  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 304 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.275315 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0928  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 304 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.830783  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1905  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 304 aa  105  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.204877 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1290  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 309 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.109093  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2823  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 305 aa  100  4e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.135524  normal  0.141091 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5612  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 294 aa  99  8e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3479  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 		 297 aa  98.2  1e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 296 aa  98.2  1e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2660  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 321 aa  98.6  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1312  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 305 aa  98.6  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 296 aa  98.2  1e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 320 aa  98.2  1e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 296 aa  97.4  2e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0803  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 308 aa  97.4  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6402  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 306 aa  97.4  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356896  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 297 aa  95.9  7e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 309 aa  95.9  8e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2682  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 323 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 298 aa  95.1  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2830  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 303 aa  95.1  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 305 aa  95.1  1e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0620  LysR, substrate-binding  35.74 
 
 		 307 aa  94.4  2e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1007  fhu operon transcription regulator  32.53 
 
 		 296 aa  94.4  2e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000456933  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0896  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 321 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0937961  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1817  hypothetical protein  33.92 
 
 		 321 aa  93.6  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.504025  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 310 aa  93.6  3e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3404  LysR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 293 aa  94  3e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.729223  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 306 aa  94  3e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0454  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 341 aa  93.6  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.499714  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0706  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 341 aa  93.6  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.897426  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  33.59 
 
 		 302 aa  93.6  4e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1661  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 341 aa  93.6  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.557878  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1638  transcriptional regulator  33.92 
 
 		 341 aa  93.6  4e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.511589  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1424  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 337 aa  93.6  4e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18619  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3361  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 307 aa  93.2  4e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000023746  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1612  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 301 aa  93.2  4e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 300 aa  92.8  6e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 298 aa  92.8  7e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 298 aa  92.8  7e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 332 aa  92.4  8e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3565  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 303 aa  92  9e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.116622  normal  0.0782096 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3211  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 283 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  24.07 
 
 		 300 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1113  transcriptional regulator, LysR family  28.98 
 
 		 311 aa  91.7  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 300 aa  92  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2558  DNA-binding transcriptional activator XapR  28.69 
 
 		 294 aa  91.7  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000632847  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2367  transcriptional regulator, LysR family  31.8 
 
 		 301 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  23.84 
 
 		 300 aa  90.9  2e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  23.84 
 
 		 300 aa  91.3  2e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 341 aa  90.9  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 300 aa  90.9  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3522  transcriptional regulator, LysR family  26.44 
 
 		 283 aa  91.3  2e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1747  transcriptional regulator, LysR family  27.8 
 
 		 283 aa  91.3  2e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.337394  normal  0.482419 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 300 aa  91.3  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4303  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 293 aa  90.5  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3557  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 283 aa  90.5  3e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.423553  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0704  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 338 aa  90.5  3e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.271413  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3514  transcriptional regulator, LysR family  26.96 
 
 		 283 aa  90.5  3e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 298 aa  90.9  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 298 aa  90.9  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 300 aa  90.5  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0835  LysR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 282 aa  90.5  3e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>