More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5741 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_5741  response regulator receiver protein  100 
 
 		 127 aa  249  6e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621186  normal  0.95967 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6494  response regulator receiver protein  98.43 
 
 		 127 aa  246  7e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.640412  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6166  response regulator receiver protein  65.55 
 
 		 125 aa  163  6.9999999999999995e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2406  response regulator receiver protein  47.54 
 
 		 124 aa  105  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.88187 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2399  response regulator receiver protein  45.53 
 
 		 128 aa  103  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7251  response regulator receiver protein  43.8 
 
 		 133 aa  102  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2885  response regulator receiver domain-containing protein  45.45 
 
 		 123 aa  96.3  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.514979 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0182  response regulator receiver domain-containing protein  43.9 
 
 		 129 aa  94.4  5e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.622103  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7266  response regulator receiver protein  44.07 
 
 		 122 aa  92.8  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4620  response regulator receiver protein  43.93 
 
 		 128 aa  92.4  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5088  response regulator receiver protein  38.94 
 
 		 124 aa  91.3  5e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3179  response regulator receiver protein  38.94 
 
 		 132 aa  90.9  5e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00699153  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5182  response regulator receiver protein  40.87 
 
 		 152 aa  90.1  9e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.468487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2381  response regulator receiver protein  45.38 
 
 		 124 aa  89.7  1e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5691  response regulator receiver protein  39.82 
 
 		 127 aa  87.4  6e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.263538 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2681  response regulator receiver protein  42.2 
 
 		 121 aa  78.2  0.00000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5742  response regulator receiver protein  40 
 
 		 131 aa  77.4  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3714  response regulator receiver protein  35.9 
 
 		 256 aa  76.6  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.400104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0212  response regulator receiver domain-containing protein  38.68 
 
 		 137 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2318  response regulator receiver protein  44.54 
 
 		 125 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2460  two component LuxR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 210 aa  75.5  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1267  response regulator receiver protein  40 
 
 		 123 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5317  two-component response regulator  39.81 
 
 		 110 aa  74.7  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000227819  normal  0.530809 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1086  response regulator receiver protein  39.13 
 
 		 123 aa  74.3  0.0000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2344  two component LuxR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 208 aa  72.8  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2452  response regulator receiver domain-containing protein  35.4 
 
 		 140 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.927738 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2455  response regulator receiver domain-containing protein  36.75 
 
 		 124 aa  71.2  0.000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3728  response regulator receiver protein  37.38 
 
 		 117 aa  71.2  0.000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2041  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 214 aa  70.9  0.000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.212509  hitchhiker  0.00400016 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1466  response regulator receiver protein  38.68 
 
 		 131 aa  70.9  0.000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1519  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.32 
 
 		 228 aa  70.9  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.444774  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0686  two component LuxR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 203 aa  69.3  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3812  two component LuxR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 208 aa  68.9  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.922787  normal  0.026414 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2250  response regulator receiver domain-containing protein  37.39 
 
 		 123 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5188  response regulator receiver protein  35.56 
 
 		 101 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00701464 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2139  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.38 
 
 		 213 aa  68.9  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2460  response regulator receiver protein  37.37 
 
 		 131 aa  68.2  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.732516  normal  0.518565 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5240  response regulator  37.74 
 
 		 122 aa  67.4  0.00000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3729  two component LuxR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 209 aa  67.4  0.00000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2968  two component LuxR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 207 aa  67.4  0.00000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.138 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5346  two component LuxR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 210 aa  67  0.00000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0593225  normal  0.752943 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5523  response regulator receiver protein  37.39 
 
 		 122 aa  67  0.00000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2505  two component LuxR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 210 aa  67  0.00000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.382458  normal  0.897172 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3910  two component LuxR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 210 aa  67  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.855973 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3610  two component LuxR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 210 aa  67  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.603365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5150  response regulator receiver protein  36.75 
 
 		 122 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.56838 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0232  response regulator receiver protein  38.68 
 
 		 124 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.156918  normal  0.401209 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1546  response regulator receiver protein  35.25 
 
 		 131 aa  66.6  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0280611  normal  0.028816 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6678  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.75 
 
 		 207 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2977  response regulator receiver protein  39.82 
 
 		 208 aa  66.2  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.286368 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3516  two component LuxR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 210 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.584359  normal  0.0331166 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0400  two component LuxR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 202 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.331086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0317  LuxR family DNA-binding response regulator  33.04 
 
 		 250 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0309445  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1342  response regulator FixJ  33.04 
 
 		 205 aa  65.5  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.400465  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6901  response regulator receiver protein  32.17 
 
 		 123 aa  64.7  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.279255  normal  0.546779 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2871  response regulator receiver protein  34.78 
 
 		 206 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.313361  normal  0.346414 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5088  two component LuxR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 241 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.685625 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0181  two component LuxR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 210 aa  64.3  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0811  two-component response regulator  34.26 
 
 		 209 aa  63.9  0.0000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.184612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5632  response regulator receiver protein  29.57 
 
 		 140 aa  63.5  0.0000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.653856 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1194  two component LuxR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 210 aa  63.5  0.0000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00813352  normal  0.892025 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4618  two component LuxR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 224 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0922  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 462 aa  63.2  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.554455  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1825  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.82 
 
 		 205 aa  63.2  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0736095 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5521  response regulator receiver protein  35.14 
 
 		 120 aa  62.8  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0747322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0965  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 466 aa  62.8  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.605384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2536  two component regulator  32.2 
 
 		 204 aa  62.4  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.378867 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0978  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.48 
 
 		 466 aa  62.8  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0932912  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3049  response regulator receiver  34.19 
 
 		 228 aa  62.8  0.000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.651154  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1699  response regulator receiver domain-containing protein  33.33 
 
 		 124 aa  62  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000935694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1301  LuxR response regulator receiver  32.76 
 
 		 210 aa  62  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549132  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1719  response regulator receiver  29.57 
 
 		 231 aa  61.6  0.000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.760885  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1552  response regulator receiver protein  34.62 
 
 		 199 aa  61.6  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4054  response regulator receiver domain-containing protein  32.38 
 
 		 136 aa  62  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.75 
 
 		 1079 aa  62  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0215  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  32.17 
 
 		 528 aa  61.6  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0571306 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3389  response regulator receiver protein  34.17 
 
 		 211 aa  61.2  0.000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2166  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.84 
 
 		 220 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1123  Fis family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 202 aa  61.6  0.000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0645  two component LuxR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 240 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0944  response regulator receiver protein  33.04 
 
 		 136 aa  60.8  0.000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0268  two component LuxR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 203 aa  60.8  0.000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0126561  normal  0.200699 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4219  two component LuxR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 212 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.186755  normal  0.698621 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0211  two component LuxR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 228 aa  60.8  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.664514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5502  two component response regulator  32.71 
 
 		 212 aa  60.5  0.000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1268  two component LuxR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 220 aa  60.5  0.000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2568  response regulator protein  36 
 
 		 214 aa  60.5  0.000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0467638  hitchhiker  0.0000000292578 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3602  LuxR response regulator receiver  33.33 
 
 		 206 aa  59.7  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.66617  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0124  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.67 
 
 		 459 aa  59.7  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.99079  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1685  two component Fis family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 457 aa  60.1  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00529377  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2095  response regulator receiver protein  29.06 
 
 		 216 aa  59.7  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0106  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 459 aa  59.7  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.327572  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0113  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.67 
 
 		 459 aa  59.7  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.212971  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3890  response regulator receiver protein  38.32 
 
 		 184 aa  60.1  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.173819 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1906  response regulator FixJ  30.83 
 
 		 205 aa  59.7  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.700153  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25360  Response regulator, LuxR family  32.23 
 
 		 246 aa  60.1  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5540  response regulator receiver protein  31.71 
 
 		 226 aa  60.1  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0494649 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2620  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 532 aa  59.7  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0658498  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2392  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  32.76 
 
 		 458 aa  60.1  0.00000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0321511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0338  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  33.33 
 
 		 513 aa  59.7  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.102838 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>