65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4887 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4887  putative cytochrome c region protein  100 
 
 		 179 aa  360  5.0000000000000005e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.362181 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8678  cytochrome c class I  64.71 
 
 		 185 aa  219  9.999999999999999e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00176651  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5874  cytochrome c class I  61.49 
 
 		 180 aa  217  6e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.362058  normal  0.18158 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3340  cytochrome c, class I  62.42 
 
 		 194 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.147633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3665  cytochrome c, class I  62.42 
 
 		 194 aa  212  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.514371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0152  putative sulfite oxidase cytochrome subunit  64.86 
 
 		 195 aa  204  6e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2167  putative sulfite oxidase cytochrome c subunit, SoxD  60.12 
 
 		 180 aa  202  2e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7231  cytochrome c class I  54.8 
 
 		 200 aa  197  6e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.77975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1895  putative cytochrome c  61.74 
 
 		 181 aa  195  3e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6593  cytochrome c, class I  57.83 
 
 		 174 aa  184  7e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.263002 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1239  cytochrome c, class I  57.83 
 
 		 174 aa  184  7e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6197  cytochrome c class I  63.77 
 
 		 174 aa  179  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4162  putative sulfite oxidase cytochrome subunit (SoxD)  54.84 
 
 		 225 aa  179  2e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3677  putative sulfite oxidase cytochrome subunit (SoxD)  52.29 
 
 		 252 aa  174  7e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.699117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1517  putative cytochrome  56.46 
 
 		 260 aa  170  1e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.936874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0147  cytochrome c, class I  58.33 
 
 		 222 aa  168  4e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3042  cytochrome c, class I  55.7 
 
 		 259 aa  167  9e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.909018  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2087  putative sulfite oxidase cytochrome subunit  54.55 
 
 		 180 aa  165  2.9999999999999998e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.829458 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4956  putative sulfite oxidase cytochrome subunit (SoxD)  53.38 
 
 		 251 aa  161  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3912  hypothetical protein  51.02 
 
 		 211 aa  156  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.411473 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2801  cytochrome c  46.59 
 
 		 342 aa  157  1e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.26281 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4251  putative cytochrome  51.66 
 
 		 242 aa  155  4e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460774  normal  0.218955 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4367  cytochrome c, class I  50.33 
 
 		 243 aa  154  7e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4156  cytochrome c, class I  47.1 
 
 		 382 aa  153  1e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.1533  normal  0.864347 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3211  putative sulfite oxidase cytochrome subunit  45.39 
 
 		 206 aa  150  1e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1094  cytochrome c, class I  49.68 
 
 		 188 aa  149  2e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0912  putative sulfite oxidase cytochrome subunit  52.87 
 
 		 202 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.68088  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1616  cytochrome c class I  49.02 
 
 		 171 aa  146  2.0000000000000003e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.986895 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0560  sulfite oxidase cytochrome subunit  44.17 
 
 		 209 aa  141  6e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2987  cytochrome c, class I  46.02 
 
 		 188 aa  141  6e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.29363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2734  cytochrome c class I  50.68 
 
 		 200 aa  134  5e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.207547  hitchhiker  0.0000919605 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0341  putative cytochrome c, class I precursor  42.7 
 
 		 186 aa  134  6.0000000000000005e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2059  diheme cytochrome c SoxD  44.16 
 
 		 382 aa  129  3e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173988  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3257  cytochrome c, class I  46.45 
 
 		 344 aa  126  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.225415  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2868  cytochrome c class I  42.21 
 
 		 187 aa  125  5e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2437  diheme cytochrome c SoxD  41.21 
 
 		 355 aa  124  9e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3133  cytochrome c, class I  43.67 
 
 		 348 aa  121  6e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.460697  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3444  hypothetical protein  40.13 
 
 		 182 aa  114  7.999999999999999e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.568465  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3203  Mo-co oxidoreductase dimerization domain protein  40.13 
 
 		 182 aa  114  7.999999999999999e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.595677  hitchhiker  0.0000523602 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0802  cytochrome c, class I  40.49 
 
 		 360 aa  112  3e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.641735  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2285  cytochrome c, class I  43.59 
 
 		 346 aa  112  3e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00711214  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2630  cytochrome c, class I  39.88 
 
 		 404 aa  111  5e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.820751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1590  cytochrome c class I  42.68 
 
 		 344 aa  110  9e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.960712  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3783  cytochrome c class I  40 
 
 		 355 aa  107  9.000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1666  cytochrome c class I  41.94 
 
 		 344 aa  107  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185876  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0586  hypothetical protein  33.96 
 
 		 239 aa  96.7  1e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.649014  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0157  hypothetical protein  34.12 
 
 		 331 aa  89  3e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000097536  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5154  extracellular solute-binding protein  31.3 
 
 		 401 aa  54.3  0.0000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1149  Pyrrolo-quinoline quinone  36.11 
 
 		 678 aa  54.3  0.0000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.261687  normal  0.842615 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3241  extracellular solute-binding protein  29.73 
 
 		 415 aa  53.9  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0294244  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5127  extracellular solute-binding protein  29.73 
 
 		 415 aa  53.9  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.600349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0307  putative cytochrome c  32.35 
 
 		 410 aa  51.2  0.000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0124667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7193  cytochrome c class I  34.91 
 
 		 409 aa  50.1  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.99524  normal  0.500209 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2798  cytochrome c, class I  34.31 
 
 		 410 aa  48.5  0.00005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.228923  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1569  cytochrome c, class I  31.73 
 
 		 141 aa  47  0.0001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.832933  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2891  cytochrome c, class I  28.57 
 
 		 201 aa  45.4  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5973  cytochrome c class I  33.67 
 
 		 412 aa  45.4  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0365316 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5894  cytochrome c class I  30.39 
 
 		 421 aa  44.3  0.0008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.18364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0051  cytochrome c family protein  28.57 
 
 		 347 aa  43.9  0.001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0036  cytochrome c family protein  28.57 
 
 		 347 aa  43.9  0.001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.170219  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0075  cytochrome c family protein  28.57 
 
 		 347 aa  43.9  0.001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.667536  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6161  cytochrome c, class I  29.7 
 
 		 424 aa  42.4  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.969705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1140  cytochrome c, mono- and diheme variant  26.96 
 
 		 269 aa  42.4  0.004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.000421025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3640  cytochrome c class I  32.41 
 
 		 417 aa  41.2  0.008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.102782  normal  0.70332 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6117  cytochrome c protein CopJ  32 
 
 		 174 aa  40.8  0.009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0965626  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>