128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_6117 on replicon NC_007971
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007971  Rmet_6117  cytochrome c protein CopJ  100 
 
 		 174 aa  361  3e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0965626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3236  hypothetical protein  56.1 
 
 		 182 aa  145  3e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2780  cytochrome c class I  44.44 
 
 		 164 aa  141  5e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3596  hypothetical protein  51.15 
 
 		 144 aa  137  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.705754 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3264  c-type cytochrome  50 
 
 		 143 aa  134  8e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3996  cytochrome c, class I  50 
 
 		 143 aa  133  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.91399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0189  putative cytochrome c class I  56.25 
 
 		 144 aa  126  2.0000000000000002e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.380806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1741  cytochrome c, class I  53.77 
 
 		 143 aa  124  8.000000000000001e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0186546  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2192  cytochrome c class I  46.92 
 
 		 166 aa  123  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3786  cytochrome c class I  42.76 
 
 		 160 aa  120  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117464  normal  0.511619 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4062  cytochrome c class I  42.76 
 
 		 160 aa  120  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1391  cytochrome c, class I  39.13 
 
 		 151 aa  97.4  9e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1272  cytochrome c, class I  40 
 
 		 143 aa  96.7  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.139813  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3248  cytochrome c, class I  40 
 
 		 143 aa  96.7  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0517083  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1402  hypothetical protein  42.48 
 
 		 170 aa  93.6  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.781476  normal  0.402158 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0573  cytochrome c, class I  38.1 
 
 		 196 aa  90.9  7e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0439994  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2157  hypothetical protein  41.67 
 
 		 171 aa  90.5  1e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.580825  normal  0.120798 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0522  hypothetical protein  36.36 
 
 		 177 aa  84.7  6e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0440  cytochrome c class I  35.45 
 
 		 152 aa  82.8  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00184102  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2114  cytochrome c, class I  34.55 
 
 		 148 aa  70.9  0.00000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1575  cytochrome c, class I  33.65 
 
 		 148 aa  69.3  0.00000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2638  cytochrome c class I  29.45 
 
 		 154 aa  64.3  0.0000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2294  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  27.97 
 
 		 453 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2471  cytochrome c, class I  30.83 
 
 		 450 aa  55.5  0.0000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6799  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.86 
 
 		 454 aa  53.1  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.131117  normal  0.655046 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2835  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.08 
 
 		 448 aa  52  0.000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0245579  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0249  cytochrome c family protein  25.78 
 
 		 432 aa  51.2  0.000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.767699  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0915  cytochrome C  25.78 
 
 		 432 aa  51.2  0.000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.136594  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2697  cytochrome c family protein  25.78 
 
 		 432 aa  51.2  0.000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2380  cytochrome c family protein  25.78 
 
 		 432 aa  51.2  0.000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0736  cytochrome c family protein  25.78 
 
 		 432 aa  51.2  0.000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0749  cytochrome c family protein  25.78 
 
 		 432 aa  51.2  0.000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2461  cytochrome c family protein  25.78 
 
 		 432 aa  51.2  0.000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8114  cytochrome c class I  27.93 
 
 		 419 aa  50.8  0.000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.719165  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0650  putative periplasmic cytochrome c  26.36 
 
 		 432 aa  50.4  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.524273  normal  0.460926 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3309  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.36 
 
 		 432 aa  50.4  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4954  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.24 
 
 		 420 aa  50.4  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.353681  normal  0.0290114 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0628  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.13 
 
 		 432 aa  50.1  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5764  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.7 
 
 		 447 aa  50.1  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.729406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0201  cytochrome c, class I  32.54 
 
 		 432 aa  49.3  0.00003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1830  cytochrome c, class I  31.5 
 
 		 432 aa  48.9  0.00003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.550626 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4716  membrane-bound dehydrogenase domain protein  30 
 
 		 759 aa  49.3  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0863725  normal  0.0139154 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0428  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.58 
 
 		 432 aa  48.9  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20531  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2058  cytochrome c, class I  26.36 
 
 		 432 aa  48.9  0.00004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.37855  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2669  cytochrome c, class I  26.36 
 
 		 432 aa  48.9  0.00004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2698  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.36 
 
 		 432 aa  48.9  0.00004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2722  cytochrome c, class I  26.36 
 
 		 432 aa  48.5  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.272858  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2594  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.36 
 
 		 432 aa  48.5  0.00005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.529763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5997  cytochrome c, class I  25.58 
 
 		 432 aa  47.8  0.00007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.221404 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3623  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  27.43 
 
 		 447 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0608  cytochrome c family protein  25 
 
 		 432 aa  47  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4075  putative cytochrome c precursor  27.66 
 
 		 468 aa  47.4  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.635845  normal  0.598856 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2222  cytochrome c, class I  32.17 
 
 		 395 aa  47  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000427443  normal  0.28108 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61130  putative c-type cytochrome  27.72 
 
 		 415 aa  47  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00213286  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0625  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.17 
 
 		 461 aa  47.4  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.956199  normal  0.273824 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2110  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  27.43 
 
 		 447 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.701093  normal  0.375253 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5264  putative c-type cytochrome  27.72 
 
 		 415 aa  47  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1489  cytochrome C  27.69 
 
 		 430 aa  46.2  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.322936  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1350  cytochrome c family protein  27.69 
 
 		 430 aa  46.2  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.47168  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1219  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  29.25 
 
 		 343 aa  46.6  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.983776  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0709  cytochrome c oxidase subunit II  34.23 
 
 		 355 aa  46.2  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.669005  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1563  cytochrome c class I  31.93 
 
 		 147 aa  45.8  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1926  cytochrome c class I  34 
 
 		 150 aa  45.8  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000015189 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1356  cytochrome c family protein  27.69 
 
 		 430 aa  46.2  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2877  cytochrome c family protein  27.69 
 
 		 430 aa  45.4  0.0004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3449  cytochrome c, class I  30.93 
 
 		 428 aa  45.4  0.0004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.354735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0810  cytochrome c, class I  31.48 
 
 		 158 aa  45.4  0.0004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2986  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  32 
 
 		 447 aa  45.4  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.47949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1172  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  30.28 
 
 		 339 aa  45.1  0.0005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1599  cytochrome c, class I  26.58 
 
 		 438 aa  45.1  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.050865  normal  0.778619 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1231  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  30 
 
 		 339 aa  45.1  0.0005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1333  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  30 
 
 		 339 aa  45.1  0.0005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3661  hypothetical protein  28.57 
 
 		 132 aa  44.7  0.0007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4201  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.76 
 
 		 418 aa  44.7  0.0007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3382  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  32.38 
 
 		 417 aa  44.3  0.0008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.545776 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4245  cytochrome c, class I  30.1 
 
 		 391 aa  44.3  0.0008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01290  cytochrome c oxidase, subunit II  28.71 
 
 		 374 aa  44.3  0.0008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.46157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2377  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  33.33 
 
 		 417 aa  44.3  0.0008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.105053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3266  cytochrome c class I  32 
 
 		 394 aa  44.3  0.0008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1321  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.09 
 
 		 425 aa  44.3  0.0008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4590  cytochrome c class I  33.33 
 
 		 388 aa  44.3  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0325  cytochrome c oxidase subunit II  33.02 
 
 		 382 aa  43.5  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0125401 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0759  putative cytochrome c  26.62 
 
 		 296 aa  43.5  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.681503 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2280  cytochrome c, class I  27.56 
 
 		 429 aa  43.5  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3387  cytochrome c, class I  26.26 
 
 		 440 aa  43.9  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.647099  normal  0.180039 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4339  cytochrome c, class I  29.73 
 
 		 393 aa  43.9  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2349  cytochrome c family protein  29.6 
 
 		 203 aa  43.9  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4456  cytochrome c class I  33.33 
 
 		 388 aa  44.3  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.103229  normal  0.67524 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2783  cytochrome c class I  29.2 
 
 		 151 aa  43.1  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.796513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4125  cytochrome c, class I  29.73 
 
 		 202 aa  43.5  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1343  cytochrome c1  25.83 
 
 		 269 aa  43.5  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.035457  normal  0.0260958 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4115  hypothetical protein  32.99 
 
 		 394 aa  43.1  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.675645  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4251  hypothetical protein  32.99 
 
 		 394 aa  43.1  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0931386  normal  0.175621 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2127  cytochrome c class I  31.31 
 
 		 202 aa  42.7  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.169346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5887  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  23.02 
 
 		 419 aa  43.5  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.526257  normal  0.403041 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1760  hypothetical protein  31.43 
 
 		 394 aa  42.7  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00200685 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1680  cytochrome c oxidase, subunit II  32 
 
 		 402 aa  42.7  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.450721  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1995  cytochrome c class I  32.48 
 
 		 293 aa  42.7  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0213556  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4418  cytochrome c, class I  23.57 
 
 		 419 aa  42.4  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.115814  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5973  cytochrome c class I  62.07 
 
 		 412 aa  42.4  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0365316 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>