64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0189 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0189  putative cytochrome c class I  100 
 
 		 144 aa  298  2e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.380806  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3236  hypothetical protein  64.91 
 
 		 182 aa  157  4e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3996  cytochrome c, class I  59.48 
 
 		 143 aa  142  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.91399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3264  c-type cytochrome  58.62 
 
 		 143 aa  140  6e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3596  hypothetical protein  63.11 
 
 		 144 aa  135  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.705754 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2192  cytochrome c class I  53.17 
 
 		 166 aa  134  4e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4062  cytochrome c class I  60 
 
 		 160 aa  133  7.000000000000001e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3786  cytochrome c class I  60 
 
 		 160 aa  133  7.000000000000001e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117464  normal  0.511619 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6117  cytochrome c protein CopJ  56.25 
 
 		 174 aa  126  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0965626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1741  cytochrome c, class I  58.56 
 
 		 143 aa  122  1e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0186546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2780  cytochrome c class I  53.27 
 
 		 164 aa  122  2e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1272  cytochrome c, class I  44.9 
 
 		 143 aa  94.7  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.139813  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3248  cytochrome c, class I  44.9 
 
 		 143 aa  94.7  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0517083  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1391  cytochrome c, class I  43.88 
 
 		 151 aa  92  3e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0440  cytochrome c class I  40 
 
 		 152 aa  90.1  8e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00184102  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2157  hypothetical protein  41.51 
 
 		 171 aa  85.5  2e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.580825  normal  0.120798 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0522  hypothetical protein  37.72 
 
 		 177 aa  82.4  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0573  cytochrome c, class I  36.54 
 
 		 196 aa  76.6  0.00000000000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0439994  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2114  cytochrome c, class I  34.23 
 
 		 148 aa  72.4  0.000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1575  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 148 aa  71.2  0.000000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1402  hypothetical protein  34.19 
 
 		 170 aa  70.9  0.000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.781476  normal  0.402158 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1369  cytochrome c class I  28.68 
 
 		 161 aa  51.2  0.000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8114  cytochrome c class I  32.04 
 
 		 419 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.719165  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3041  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  34.29 
 
 		 286 aa  48.1  0.00004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2638  cytochrome c class I  25.23 
 
 		 154 aa  47  0.00008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2618  Nitrite reductase (NO-forming)  31.5 
 
 		 560 aa  46.6  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0412143  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2127  cytochrome c class I  35.09 
 
 		 202 aa  45.8  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.169346  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2868  cytochrome c class I  37.63 
 
 		 187 aa  45.4  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1236  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  32.38 
 
 		 286 aa  44.7  0.0004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.385578  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0171  putative cytochrome c, class I  28.83 
 
 		 469 aa  43.9  0.0007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1620  outer membrane nitrite reductase, putative  35.64 
 
 		 189 aa  43.9  0.0007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.704464  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0062  cytochrome c oxidase, subunit II  28.85 
 
 		 374 aa  43.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0885746  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0625  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.25 
 
 		 461 aa  43.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.956199  normal  0.273824 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4075  putative cytochrome c precursor  30.19 
 
 		 468 aa  43.5  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.635845  normal  0.598856 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3864  cytochrome c oxidase, subunit II  31.73 
 
 		 513 aa  43.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02321  hypothetical protein  36.17 
 
 		 203 aa  43.5  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0244328  normal  0.13211 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3791  cytochrome c oxidase, subunit II  31.73 
 
 		 513 aa  42  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1543  cytochrome c, class I  29.41 
 
 		 419 aa  42.4  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0303209  normal  0.534087 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4324  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  32.99 
 
 		 202 aa  42.7  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.753936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2835  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.7 
 
 		 448 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0245579  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0450  cytochrome c class I  27.78 
 
 		 149 aa  41.6  0.003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001445  cytochrome c oxidase polypeptide II  28.95 
 
 		 356 aa  42  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.633895  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2294  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  27.97 
 
 		 453 aa  41.6  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3818  cytochrome c oxidase, subunit II  30.84 
 
 		 388 aa  42  0.003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.198752 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4954  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.43 
 
 		 420 aa  42  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.353681  normal  0.0290114 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3991  cytochrome c oxidase, subunit II  30.77 
 
 		 513 aa  41.6  0.004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0180  cytochrome c oxidase subunit II  29.81 
 
 		 366 aa  41.6  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2986  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.3 
 
 		 447 aa  41.2  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.47949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4796  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.93 
 
 		 440 aa  41.2  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.160851 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06272  cytochrome c oxidase, subunit II  29.41 
 
 		 405 aa  41.2  0.005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2030  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.13 
 
 		 433 aa  41.2  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000305388 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4311  cytochrome c oxidase, subunit II  30.77 
 
 		 518 aa  40.8  0.006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.997623  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3648  cytochrome c class I  23.62 
 
 		 147 aa  40.8  0.006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00073069  normal  0.303937 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7231  cytochrome c class I  35 
 
 		 200 aa  40.8  0.006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.77975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5887  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.57 
 
 		 419 aa  40.8  0.007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.526257  normal  0.403041 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4245  cytochrome c, class I  27.83 
 
 		 391 aa  40.4  0.007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0152  putative sulfite oxidase cytochrome subunit  31.13 
 
 		 195 aa  40.8  0.007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3948  cytochrome c, class I  29.46 
 
 		 419 aa  40.8  0.007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.130568  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01290  cytochrome c oxidase, subunit II  29.81 
 
 		 374 aa  40.8  0.007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.46157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4418  cytochrome c, class I  29.46 
 
 		 419 aa  40.8  0.007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.115814  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4654  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.52 
 
 		 429 aa  40.4  0.008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3851  cytochrome c, class I  28.45 
 
 		 420 aa  40.4  0.009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585006  normal  0.540211 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4312  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.43 
 
 		 420 aa  40.4  0.009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.327428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0325  cytochrome c oxidase subunit II  31.62 
 
 		 382 aa  40.4  0.009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0125401 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>