166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1741 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1741  cytochrome c, class I  100 
 
 		 143 aa  296  4e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0186546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4062  cytochrome c class I  64.1 
 
 		 160 aa  162  2.0000000000000002e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3786  cytochrome c class I  64.1 
 
 		 160 aa  162  2.0000000000000002e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117464  normal  0.511619 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2780  cytochrome c class I  46.21 
 
 		 164 aa  129  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3236  hypothetical protein  54.81 
 
 		 182 aa  129  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6117  cytochrome c protein CopJ  53.77 
 
 		 174 aa  124  5e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0965626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0189  putative cytochrome c class I  58.56 
 
 		 144 aa  122  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.380806  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2192  cytochrome c class I  45.67 
 
 		 166 aa  114  3.9999999999999997e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3596  hypothetical protein  50.47 
 
 		 144 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.705754 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3996  cytochrome c, class I  50.96 
 
 		 143 aa  110  7.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.91399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3264  c-type cytochrome  50.96 
 
 		 143 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1272  cytochrome c, class I  39.2 
 
 		 143 aa  92.4  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.139813  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3248  cytochrome c, class I  39.2 
 
 		 143 aa  92.4  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0517083  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1391  cytochrome c, class I  38.79 
 
 		 151 aa  92  3e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0573  cytochrome c, class I  35.59 
 
 		 196 aa  90.5  7e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0439994  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2157  hypothetical protein  35.4 
 
 		 171 aa  84  6e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.580825  normal  0.120798 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0522  hypothetical protein  38.26 
 
 		 177 aa  79.7  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2114  cytochrome c, class I  36.21 
 
 		 148 aa  72  0.000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1402  hypothetical protein  35.92 
 
 		 170 aa  71.2  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.781476  normal  0.402158 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1575  cytochrome c, class I  36.7 
 
 		 148 aa  70.5  0.000000000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0440  cytochrome c class I  30.28 
 
 		 152 aa  60.1  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00184102  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2638  cytochrome c class I  30.77 
 
 		 154 aa  53.5  0.0000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0608  cytochrome c family protein  29.66 
 
 		 432 aa  52.8  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2835  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  33 
 
 		 448 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0245579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0858  cytochrome c, class I  30.91 
 
 		 429 aa  51.6  0.000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0249  cytochrome c family protein  27.97 
 
 		 432 aa  51.2  0.000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.767699  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0915  cytochrome C  27.97 
 
 		 432 aa  51.2  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.136594  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2697  cytochrome c family protein  27.97 
 
 		 432 aa  51.2  0.000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2380  cytochrome c family protein  27.97 
 
 		 432 aa  51.2  0.000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0736  cytochrome c family protein  27.97 
 
 		 432 aa  51.2  0.000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0749  cytochrome c family protein  27.97 
 
 		 432 aa  51.2  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2461  cytochrome c family protein  27.97 
 
 		 432 aa  51.2  0.000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0171  putative cytochrome c, class I  32.14 
 
 		 469 aa  50.8  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1243  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  32.23 
 
 		 424 aa  50.8  0.000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.154169  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4245  cytochrome c, class I  34.65 
 
 		 391 aa  50.4  0.000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2471  cytochrome c, class I  31 
 
 		 450 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5997  cytochrome c, class I  27.97 
 
 		 432 aa  50.1  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.221404 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0525  cytochrome c class I  29.52 
 
 		 214 aa  50.1  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1001  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  32.04 
 
 		 430 aa  50.1  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3376  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  32.04 
 
 		 426 aa  50.1  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0966  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  32.04 
 
 		 430 aa  50.1  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8114  cytochrome c class I  30.69 
 
 		 419 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.719165  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0628  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.12 
 
 		 432 aa  48.9  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4324  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  30.28 
 
 		 202 aa  48.9  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.753936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2565  cytochrome c, class I  32.52 
 
 		 424 aa  49.3  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.938803  hitchhiker  0.00615552 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0986  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.07 
 
 		 430 aa  48.9  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0428  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.56 
 
 		 432 aa  48.5  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20531  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2698  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.73 
 
 		 432 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5764  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.95 
 
 		 447 aa  48.5  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.729406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2502  cytochrome c, class I  25.95 
 
 		 450 aa  48.5  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0885  cytochrome c, class I  32.35 
 
 		 156 aa  48.9  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.457158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2058  cytochrome c, class I  27.73 
 
 		 432 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.37855  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2669  cytochrome c, class I  27.73 
 
 		 432 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2594  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.12 
 
 		 432 aa  48.1  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.529763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2722  cytochrome c, class I  27.12 
 
 		 432 aa  48.1  0.00004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.272858  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2110  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  30 
 
 		 447 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.701093  normal  0.375253 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2030  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  32.12 
 
 		 433 aa  48.1  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000305388 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3623  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  30 
 
 		 447 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02321  hypothetical protein  34.38 
 
 		 203 aa  47.8  0.00005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0244328  normal  0.13211 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1014  cytochrome c6 (soluble cytochrome f) (cytochrome c553)  29.77 
 
 		 128 aa  47.8  0.00005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.156053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0205  cytochrome c class I  36.63 
 
 		 647 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844315 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2294  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  30.21 
 
 		 453 aa  47.8  0.00006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1601  cytochrome c, class I  33.04 
 
 		 432 aa  47.4  0.00006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.023048  normal  0.40449 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0049  cytochrome c, class I:Iron permease FTR1  34.02 
 
 		 632 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2280  cytochrome c, class I  32.41 
 
 		 429 aa  47.4  0.00007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0650  putative periplasmic cytochrome c  26.98 
 
 		 432 aa  47  0.00008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.524273  normal  0.460926 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3829  cytochrome c, class I  33.98 
 
 		 439 aa  47  0.00008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0398501  normal  0.201929 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3309  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.98 
 
 		 432 aa  47  0.00008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0202  cytochrome c, class I  35.64 
 
 		 647 aa  47  0.00009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0180  cytochrome c family protein  35.64 
 
 		 636 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.558942  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3382  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  34.23 
 
 		 417 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.545776 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6799  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.45 
 
 		 454 aa  47  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.131117  normal  0.655046 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4297  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  33.98 
 
 		 441 aa  47  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3648  cytochrome c class I  30 
 
 		 147 aa  46.2  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00073069  normal  0.303937 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2996  cytochrome c oxidase, subunit II  30.77 
 
 		 329 aa  46.2  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.941612  hitchhiker  0.00487692 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1333  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  35.29 
 
 		 339 aa  46.2  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4216  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  33.66 
 
 		 434 aa  46.6  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.659443  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0226  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.44 
 
 		 467 aa  46.2  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2377  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  34.23 
 
 		 417 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.105053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1231  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  35.29 
 
 		 339 aa  46.2  0.0001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1172  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  35.29 
 
 		 339 aa  46.2  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2127  cytochrome c class I  33.33 
 
 		 202 aa  46.2  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.169346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5084  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.25 
 
 		 432 aa  45.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1104  cytochrome c, class I  29.31 
 
 		 416 aa  45.8  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3175  cytochrome c, class I  31.25 
 
 		 432 aa  45.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0201  cytochrome c, class I  32.26 
 
 		 432 aa  45.8  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5193  cytochrome c, class I  31.25 
 
 		 432 aa  45.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00931011 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0450  cytochrome c class I  26.5 
 
 		 149 aa  45.4  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2356  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.7 
 
 		 498 aa  46.2  0.0002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4954  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.31 
 
 		 420 aa  45.8  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.353681  normal  0.0290114 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3959  cytochrome c, class I  30.36 
 
 		 434 aa  45.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3250  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  33 
 
 		 422 aa  45.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.27905  normal  0.409121 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4408  cytochrome c, class I  30.36 
 
 		 434 aa  45.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5949  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  32.04 
 
 		 434 aa  45.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.275687  normal  0.160447 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4201  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.56 
 
 		 418 aa  45.4  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0456  cytochrome c, class I  24.37 
 
 		 463 aa  44.7  0.0004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2419  cytochrome c oxidase, subunit II  33.64 
 
 		 358 aa  44.7  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0372558  normal  0.514395 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1380  cytochrome c class I  28.67 
 
 		 133 aa  45.1  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.705063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4201  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.12 
 
 		 444 aa  44.7  0.0004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0553584  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1400  cytochrome c, class I  28.7 
 
 		 421 aa  44.3  0.0005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>