More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0201 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_1830  cytochrome c, class I  87.5 
 
 
432 aa  803    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.550626 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0201  cytochrome c, class I  100 
 
 
432 aa  900    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3369  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  50.12 
 
 
432 aa  450  1e-125  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.255177 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3607  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  51.85 
 
 
429 aa  439  9.999999999999999e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.105717  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3088  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  48.61 
 
 
442 aa  417  9.999999999999999e-116  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.161961  normal  0.0270934 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4058  isoquinoline 1-oxidoreductase  44.74 
 
 
1215 aa  357  1.9999999999999998e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.222777 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43810  putative cytochrome c  43.36 
 
 
433 aa  346  4e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3674  putative cytochrome c  43.06 
 
 
433 aa  344  1e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.315148  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0190  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  44.42 
 
 
1253 aa  343  2.9999999999999997e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4209  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  44.94 
 
 
1182 aa  343  2.9999999999999997e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.97346 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0663  isoquinoline 1-oxidoreductase  42.11 
 
 
1202 aa  343  4e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.80425  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2517  cytochrome c, class I  42.55 
 
 
976 aa  338  9.999999999999999e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.931319  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4332  Isoquinoline 1-oxidoreductase., Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.48 
 
 
1207 aa  334  2e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2490  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.92 
 
 
432 aa  333  3e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1669  pyrroloquinoline-quinone aldehyde dehydrogenase  44.67 
 
 
1183 aa  333  5e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.224955  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1905  cytochrome c, class I  42.39 
 
 
467 aa  332  1e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.331041  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3583  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding protein  42.06 
 
 
1187 aa  329  6e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2423  putative isoquinoline 1-oxidoreductase  43.67 
 
 
1181 aa  328  1.0000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1889  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding  42.06 
 
 
1187 aa  326  6e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2315  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  41.76 
 
 
1191 aa  325  1e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3925  cytochrome c, class I  44.03 
 
 
975 aa  324  2e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.073446 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2135  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  41.49 
 
 
1187 aa  324  2e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.270413 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3948  aldehyde dehydrogenase family protein, putative/cytochrome c family protein, putative  41.59 
 
 
1187 aa  322  7e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.564465 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4044  cytochrome c, class I  42.86 
 
 
806 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.489703  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4322  cytochrome c, class I  42.86 
 
 
806 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3481  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.36 
 
 
795 aa  320  3e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00233456 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4545  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.26 
 
 
831 aa  320  3e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1855  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.17 
 
 
996 aa  310  2.9999999999999997e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1183  cytochrome c, class I  41.12 
 
 
420 aa  303  3.0000000000000004e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.470462  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6358  cytochrome c, class I  37.76 
 
 
428 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0883371  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1470  cytochrome c, class I  37.76 
 
 
428 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.212518  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2448  cytochrome c, class I  39.72 
 
 
424 aa  302  9e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157698  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4958  cytochrome c, class I  38.32 
 
 
424 aa  302  1e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.134188 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5818  cytochrome c, class I  37.59 
 
 
426 aa  301  2e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.726262 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5601  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.35 
 
 
426 aa  300  3e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.31055  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7024  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.53 
 
 
428 aa  298  9e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.263193  normal  0.248436 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5504  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38 
 
 
425 aa  295  1e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0326388  normal  0.134115 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3929  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.89 
 
 
443 aa  295  2e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.476483  normal  0.0487834 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6039  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  41.61 
 
 
1179 aa  287  2e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0887172  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5705  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.78 
 
 
433 aa  275  9e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0776178 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1159  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.36 
 
 
466 aa  265  8.999999999999999e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4201  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.76 
 
 
444 aa  263  6e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0553584  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1414  cytochrome c family protein  38.56 
 
 
492 aa  257  3e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.186397  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2335  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.11 
 
 
426 aa  256  6e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000130755  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6548  cytochrome c, class I  38.29 
 
 
425 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1294  cytochrome c, class I  38.77 
 
 
425 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.618448  normal  0.723346 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1350  glucose dehydrogenase, beta subunit  38.06 
 
 
452 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0106089  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1435  glucose dehydrogenase, beta subunit  38.06 
 
 
452 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4441  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.19 
 
 
425 aa  251  2e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2590  cytochrome c family protein  38.06 
 
 
497 aa  251  2e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0808  cytochrome c, class I  38.92 
 
 
437 aa  251  2e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.71514  normal  0.0769565 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2014  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.3 
 
 
426 aa  250  3e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.684291  normal  0.0791101 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5949  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.24 
 
 
434 aa  249  7e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.275687  normal  0.160447 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1244  cytochrome c family protein  37.56 
 
 
452 aa  248  1e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.148627  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1084  cytochrome c family protein  37.56 
 
 
452 aa  248  1e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.508293  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0215  cytochrome c family protein  37.56 
 
 
452 aa  248  1e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0488  cytochrome c family protein  37.56 
 
 
452 aa  248  1e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.155198  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5084  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.99 
 
 
432 aa  248  2e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5193  cytochrome c, class I  37.99 
 
 
432 aa  248  2e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931011 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4216  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.75 
 
 
434 aa  248  2e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.659443  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3175  cytochrome c, class I  37.99 
 
 
432 aa  248  2e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3977  cytochrome c, class I  37.94 
 
 
425 aa  247  3e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.386742  normal  0.0120271 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7344  cytochrome c, class I  35.59 
 
 
501 aa  247  3e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.335201  normal  0.557089 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1601  cytochrome c, class I  38.25 
 
 
432 aa  247  3e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.023048  normal  0.40449 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4408  cytochrome c, class I  37.99 
 
 
434 aa  247  3e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3959  cytochrome c, class I  37.99 
 
 
434 aa  247  3e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.64 
 
 
427 aa  246  4.9999999999999997e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.310202  normal  0.354457 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0555  cytochrome c, class I  34.86 
 
 
407 aa  246  4.9999999999999997e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.474157  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3309  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.64 
 
 
432 aa  246  6.999999999999999e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4825  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.1 
 
 
531 aa  246  6.999999999999999e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0605523 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4552  cytochrome c, class I  37.28 
 
 
425 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.859169 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5752  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.28 
 
 
425 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.95358  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3816  cytochrome c, class I  37.28 
 
 
425 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0650  putative periplasmic cytochrome c  36.39 
 
 
432 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.524273  normal  0.460926 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4961  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.37 
 
 
426 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.360414  normal  0.0488597 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5292  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.83 
 
 
531 aa  244  3e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330766  normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0720  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.39 
 
 
427 aa  243  6e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.690125 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2085  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  35.71 
 
 
432 aa  243  6e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8114  cytochrome c class I  37.09 
 
 
419 aa  242  7.999999999999999e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.719165  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2479  cytochrome c family protein  35.39 
 
 
407 aa  242  9e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.217368  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4095  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.97 
 
 
425 aa  242  9e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.290618  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3829  cytochrome c, class I  37.91 
 
 
439 aa  242  9e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0398501  normal  0.201929 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3640  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  35.68 
 
 
395 aa  242  1e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2471  cytochrome c, class I  33.96 
 
 
450 aa  241  1e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4297  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.91 
 
 
441 aa  242  1e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2321  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.69 
 
 
434 aa  242  1e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0428  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.39 
 
 
432 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20531  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1689  cytochrome c, class I  36.58 
 
 
430 aa  240  4e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0300798  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0350  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.58 
 
 
461 aa  239  5e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4890  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.34 
 
 
436 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6144  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.92 
 
 
527 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.548869 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5370  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.29 
 
 
531 aa  238  1e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.173213  normal  0.778162 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1807  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  35.58 
 
 
469 aa  239  1e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000207286  hitchhiker  0.000745759 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0625  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.5 
 
 
461 aa  237  3e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.956199  normal  0.273824 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5764  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.18 
 
 
447 aa  237  4e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.729406  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1857  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  33.81 
 
 
538 aa  237  4e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.413717 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6575  cytochrome c, class I  36.92 
 
 
554 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0822253  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2504  putative cytochrome c  35.81 
 
 
434 aa  236  6e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.347672 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1599  cytochrome c, class I  34.26 
 
 
438 aa  236  8e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.050865  normal  0.778619 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1294  cytochrome c, class I  36.92 
 
 
527 aa  236  8e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0963416  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>