More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2157 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2157  hypothetical protein  100 
 
 		 171 aa  350  4e-96  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.580825  normal  0.120798 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0573  cytochrome c, class I  51.82 
 
 		 196 aa  124  4.0000000000000003e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0439994  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0522  hypothetical protein  40.77 
 
 		 177 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0440  cytochrome c class I  39.86 
 
 		 152 aa  105  4e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00184102  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3596  hypothetical protein  47.37 
 
 		 144 aa  96.3  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.705754 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1402  hypothetical protein  39.23 
 
 		 170 aa  94.7  5e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.781476  normal  0.402158 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3996  cytochrome c, class I  46.08 
 
 		 143 aa  92.4  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.91399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3236  hypothetical protein  34.67 
 
 		 182 aa  91.7  5e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3264  c-type cytochrome  45.1 
 
 		 143 aa  90.1  1e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6117  cytochrome c protein CopJ  41.67 
 
 		 174 aa  90.5  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0965626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1575  cytochrome c, class I  37.04 
 
 		 148 aa  88.2  4e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2114  cytochrome c, class I  36.04 
 
 		 148 aa  88.6  4e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1272  cytochrome c, class I  39.6 
 
 		 143 aa  88.2  5e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.139813  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3248  cytochrome c, class I  39.6 
 
 		 143 aa  88.2  5e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0517083  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1391  cytochrome c, class I  38.39 
 
 		 151 aa  87  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0189  putative cytochrome c class I  41.51 
 
 		 144 aa  85.5  3e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.380806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1741  cytochrome c, class I  35.4 
 
 		 143 aa  84  9e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0186546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2780  cytochrome c class I  31.9 
 
 		 164 aa  80.9  0.000000000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3786  cytochrome c class I  31.09 
 
 		 160 aa  79.7  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117464  normal  0.511619 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2192  cytochrome c class I  37.84 
 
 		 166 aa  79.3  0.00000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4062  cytochrome c class I  31.09 
 
 		 160 aa  79.7  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2638  cytochrome c class I  29.52 
 
 		 154 aa  63.9  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1674  cytochrome c oxidase, subunit II  40.62 
 
 		 380 aa  58.5  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1088  cytochrome c, class I  30.94 
 
 		 143 aa  58.2  0.00000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000582284  hitchhiker  0.0000137635 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1245  cytochrome c oxidase, subunit II  36.84 
 
 		 400 aa  57  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.731852  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2860  cytochrome c oxidase, subunit II  37.23 
 
 		 389 aa  55.8  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.699909  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3537  cytochrome c oxidase, subunit II  37.23 
 
 		 389 aa  55.5  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0700115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3907  cytochrome c oxidase, subunit II  35.42 
 
 		 390 aa  55.1  0.0000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1848  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.28 
 
 		 318 aa  54.3  0.0000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0149886  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3387  cytochrome c, class I  29.81 
 
 		 440 aa  53.5  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.647099  normal  0.180039 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4392  cytochrome c oxidase, subunit II  36.46 
 
 		 392 aa  53.5  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1243  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  32.32 
 
 		 424 aa  53.5  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.154169  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0878  cytochrome c oxidase, subunit II  33.68 
 
 		 401 aa  53.5  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1321  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.77 
 
 		 425 aa  52.8  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1050  cytochrome c oxidase, subunit CcoP  30.77 
 
 		 326 aa  53.1  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.26248  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1988  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30.7 
 
 		 323 aa  52.8  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0201798  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02300  hypothetical protein  29.75 
 
 		 324 aa  53.5  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2565  cytochrome c, class I  32.32 
 
 		 424 aa  52.8  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.938803  hitchhiker  0.00615552 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003470  cytochrome c oxidase subunit CcoP  31.4 
 
 		 324 aa  53.1  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.204703  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2513  cytochrome c family protein  28.06 
 
 		 146 aa  52.8  0.000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.42595  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1845  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  35.42 
 
 		 349 aa  52.4  0.000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0017  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30 
 
 		 293 aa  52.4  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0246  cytochrome c class I  31.82 
 
 		 251 aa  52.4  0.000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3818  cytochrome c oxidase, subunit II  40.17 
 
 		 388 aa  52  0.000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.198752 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1874  cytochrome c class I  32.79 
 
 		 220 aa  52  0.000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0991365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0125  cytochrome c oxidase, subunit II  32.41 
 
 		 521 aa  51.6  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4654  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.84 
 
 		 429 aa  51.6  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4137  cytochrome c class I  33.64 
 
 		 320 aa  51.2  0.000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2794  cytochrome-c oxidase fixP chain  30.39 
 
 		 290 aa  51.2  0.000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.40028  normal  0.764362 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6289  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  33.65 
 
 		 530 aa  51.2  0.000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.550632  normal  0.0291984 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5887  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.84 
 
 		 419 aa  51.2  0.000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.526257  normal  0.403041 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4201  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.13 
 
 		 418 aa  50.4  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1529  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.33 
 
 		 296 aa  50.4  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1432  cytochrome c, class I  26.92 
 
 		 217 aa  50.4  0.00001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.632156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2538  cytochrome c, class I  32.2 
 
 		 313 aa  50.4  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.663631  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1940  cytochrome c oxidase, subunit II  30.91 
 
 		 385 aa  50.1  0.00001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0684443  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3181  putative cytochrome C oxidase polypeptide II precursor  33.68 
 
 		 398 aa  50.1  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.8149  normal  0.584186 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2361  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.29 
 
 		 322 aa  50.1  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2217  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.29 
 
 		 318 aa  49.7  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.04222  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1680  cytochrome c oxidase, subunit II  37 
 
 		 402 aa  50.1  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.450721  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8114  cytochrome c class I  28.16 
 
 		 419 aa  49.7  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.719165  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3637  iron permease FTR1  33.04 
 
 		 664 aa  49.7  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.489611 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1956  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30.3 
 
 		 322 aa  50.1  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6575  cytochrome c, class I  32.69 
 
 		 554 aa  49.7  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0822253  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1380  cytochrome c oxidase, subunit II  32.98 
 
 		 389 aa  49.7  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.459391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3851  cytochrome c, class I  29.09 
 
 		 420 aa  49.3  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585006  normal  0.540211 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2217  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.29 
 
 		 322 aa  48.9  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000127298  normal  0.441817 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1719  cytochrome c, class I  29 
 
 		 437 aa  49.3  0.00003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.444977  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4490  hypothetical protein  29.29 
 
 		 322 aa  48.9  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2204  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.29 
 
 		 322 aa  48.9  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000397613  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2167  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.29 
 
 		 322 aa  48.9  0.00004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0262117  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60490  putative cytochrome c  35.48 
 
 		 675 aa  48.9  0.00004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00637068  normal  0.0584653 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3370  cytochrome c, class I  30.53 
 
 		 691 aa  48.5  0.00004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384758  normal  0.0138407 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4312  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.91 
 
 		 420 aa  48.9  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.327428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2217  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.29 
 
 		 322 aa  48.9  0.00004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.106993  normal  0.268308 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2253  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.96 
 
 		 298 aa  48.5  0.00004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.168664  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0428  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.77 
 
 		 432 aa  48.1  0.00005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20531  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1282  cytochrome c, class I  25.96 
 
 		 427 aa  48.1  0.00005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4418  cytochrome c, class I  29.09 
 
 		 419 aa  48.1  0.00006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.115814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3948  cytochrome c, class I  29.09 
 
 		 419 aa  48.1  0.00006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.130568  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1543  cytochrome c, class I  29.09 
 
 		 419 aa  47.8  0.00007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0303209  normal  0.534087 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1566  diheme cytochrome c  26.81 
 
 		 324 aa  47.8  0.00007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1877  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.81 
 
 		 325 aa  47.8  0.00007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.020094  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3043  cytochrome c class I  30.43 
 
 		 163 aa  47.8  0.00007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2009  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.28 
 
 		 322 aa  47.8  0.00007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0902386  hitchhiker  0.0000000272898 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1966  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.28 
 
 		 322 aa  47.8  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00926304  hitchhiker  0.00889683 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2110  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.28 
 
 		 322 aa  47.8  0.00007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0408813  normal  0.504179 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0957  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.87 
 
 		 723 aa  47.8  0.00008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.12457  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0314  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  32.63 
 
 		 421 aa  47.8  0.00008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659537  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1660  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.69 
 
 		 287 aa  47.4  0.0001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0290388  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5211  putative cytochrome c  34.41 
 
 		 675 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.0072933  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1833  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.69 
 
 		 287 aa  47  0.0001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.432152  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2499  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  33.68 
 
 		 726 aa  46.6  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.345014  normal  0.965839 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6536  cytochrome c, class I  29.81 
 
 		 527 aa  47.4  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.403161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5499  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.85 
 
 		 537 aa  47.4  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00943544 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1645  cytochrome c oxidase, subunit II  30.09 
 
 		 385 aa  47  0.0001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.856042  normal  0.904416 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0450  cytochrome c class I  25.44 
 
 		 149 aa  47  0.0001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1294  cytochrome c, class I  29.81 
 
 		 527 aa  47.4  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0963416  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1280  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.36 
 
 		 296 aa  47  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0936  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.23 
 
 		 321 aa  47  0.0001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>