138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3786 on replicon NC_009955
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009955  Dshi_3786  cytochrome c class I  100 
 
 		 160 aa  330  3e-90  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117464  normal  0.511619 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4062  cytochrome c class I  100 
 
 		 160 aa  330  3e-90  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1741  cytochrome c, class I  64.1 
 
 		 143 aa  162  2.0000000000000002e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0186546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3236  hypothetical protein  56.41 
 
 		 182 aa  142  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0189  putative cytochrome c class I  60 
 
 		 144 aa  133  9e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.380806  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2780  cytochrome c class I  48.59 
 
 		 164 aa  130  5e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3264  c-type cytochrome  55.56 
 
 		 143 aa  127  9.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3996  cytochrome c, class I  54.63 
 
 		 143 aa  124  8.000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.91399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6117  cytochrome c protein CopJ  42.76 
 
 		 174 aa  120  9e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0965626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3596  hypothetical protein  51.3 
 
 		 144 aa  118  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.705754 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2192  cytochrome c class I  51.46 
 
 		 166 aa  115  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0573  cytochrome c, class I  38.02 
 
 		 196 aa  95.5  2e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0439994  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1272  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 143 aa  94.4  5e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.139813  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3248  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 143 aa  94.4  5e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0517083  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1391  cytochrome c, class I  35.96 
 
 		 151 aa  89.4  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0522  hypothetical protein  41.12 
 
 		 177 aa  84.3  6e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2157  hypothetical protein  31.09 
 
 		 171 aa  79.7  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.580825  normal  0.120798 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0440  cytochrome c class I  32.79 
 
 		 152 aa  75.1  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00184102  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1402  hypothetical protein  31.25 
 
 		 170 aa  72.4  0.000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.781476  normal  0.402158 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1575  cytochrome c, class I  32.06 
 
 		 148 aa  70.5  0.000000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2114  cytochrome c, class I  33.04 
 
 		 148 aa  67.8  0.00000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2471  cytochrome c, class I  34.43 
 
 		 450 aa  54.7  0.0000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4096  putative cytochrome c  31.91 
 
 		 447 aa  52.8  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687974  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1163  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.83 
 
 		 448 aa  52.4  0.000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6211  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  32.28 
 
 		 448 aa  50.8  0.000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.783844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0084  cytochrome c, class I  32.43 
 
 		 433 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33640  dehydrogenase cytochrome c subunit  31.25 
 
 		 434 aa  50.1  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2502  cytochrome c, class I  30.91 
 
 		 450 aa  50.1  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2294  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  31.36 
 
 		 453 aa  50.4  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2835  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.96 
 
 		 448 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0245579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6799  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.57 
 
 		 454 aa  49.3  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.131117  normal  0.655046 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4201  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.41 
 
 		 418 aa  49.3  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1719  cytochrome c, class I  27.21 
 
 		 437 aa  48.9  0.00003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.444977  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4896  cytochrome c class I  31.03 
 
 		 142 aa  48.9  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2138  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.53 
 
 		 439 aa  48.9  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.622417  normal  0.750578 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3623  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  31.48 
 
 		 447 aa  48.1  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00910  gluconate dehydrogenase cytochrome c subunit  32.46 
 
 		 439 aa  48.1  0.00005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.367446  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3250  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  33.93 
 
 		 422 aa  48.1  0.00005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.27905  normal  0.409121 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2110  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  32.32 
 
 		 447 aa  48.1  0.00005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.701093  normal  0.375253 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0249  cytochrome c family protein  29 
 
 		 432 aa  47.4  0.00008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.767699  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0915  cytochrome C  29 
 
 		 432 aa  47.4  0.00008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.136594  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2697  cytochrome c family protein  29 
 
 		 432 aa  47.4  0.00008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2380  cytochrome c family protein  29 
 
 		 432 aa  47.4  0.00008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0736  cytochrome c family protein  29 
 
 		 432 aa  47.4  0.00008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0749  cytochrome c family protein  29 
 
 		 432 aa  47.4  0.00008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2461  cytochrome c family protein  29 
 
 		 432 aa  47.4  0.00008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4216  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  33.04 
 
 		 434 aa  47.4  0.00009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.659443  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02321  hypothetical protein  31.58 
 
 		 203 aa  47  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0244328  normal  0.13211 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1689  cytochrome c, class I  32.43 
 
 		 430 aa  46.6  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0300798  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3175  cytochrome c, class I  33.04 
 
 		 432 aa  46.6  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5193  cytochrome c, class I  33.04 
 
 		 432 aa  46.6  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00931011 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1282  cytochrome c, class I  29.75 
 
 		 427 aa  46.6  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4806  cytochrome c class I  26.12 
 
 		 136 aa  47  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.167135  normal  0.0495406 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8114  cytochrome c class I  28.7 
 
 		 419 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.719165  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5084  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  33.04 
 
 		 432 aa  46.6  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3822  cytochrome c family protein  40.32 
 
 		 304 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.445859  normal  0.312064 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1601  cytochrome c, class I  32.14 
 
 		 432 aa  46.2  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.023048  normal  0.40449 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2280  cytochrome c, class I  31.07 
 
 		 429 aa  45.8  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3449  cytochrome c, class I  28.19 
 
 		 428 aa  46.2  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.354735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3959  cytochrome c, class I  32.14 
 
 		 434 aa  46.2  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4408  cytochrome c, class I  32.14 
 
 		 434 aa  46.2  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3387  cytochrome c, class I  29.75 
 
 		 440 aa  46.2  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.647099  normal  0.180039 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1948  cytochrome c, class I  40.32 
 
 		 304 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.510162  normal  0.709424 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3191  cytochrome c class I  40.32 
 
 		 304 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5949  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  32.14 
 
 		 434 aa  46.2  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.275687  normal  0.160447 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3444  hypothetical protein  42.19 
 
 		 182 aa  45.4  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.568465  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3203  Mo-co oxidoreductase dimerization domain protein  42.19 
 
 		 182 aa  45.4  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.595677  hitchhiker  0.0000523602 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4954  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.73 
 
 		 420 aa  45.8  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.353681  normal  0.0290114 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5504  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.93 
 
 		 425 aa  45.4  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0326388  normal  0.134115 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2986  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.03 
 
 		 447 aa  45.8  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.47949  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2127  cytochrome c class I  30.53 
 
 		 202 aa  45.4  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.169346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3537  cytochrome c class I  40.32 
 
 		 304 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.429309  normal  0.0523965 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0428  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26 
 
 		 432 aa  45.1  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20531  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1453  cytochrome c, class I  31.15 
 
 		 432 aa  45.1  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1243  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29 
 
 		 424 aa  45.1  0.0004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.154169  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4961  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.53 
 
 		 426 aa  44.7  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.360414  normal  0.0488597 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0650  putative periplasmic cytochrome c  26 
 
 		 432 aa  44.7  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.524273  normal  0.460926 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3309  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26 
 
 		 432 aa  44.7  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5470  cytochrome c, class I  37.11 
 
 		 631 aa  44.7  0.0006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.343465  normal  0.0783661 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0608  cytochrome c family protein  28 
 
 		 432 aa  44.7  0.0006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2783  cytochrome c class I  29.27 
 
 		 151 aa  44.7  0.0006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.796513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4312  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.05 
 
 		 420 aa  44.7  0.0006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.327428  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3382  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  27.83 
 
 		 417 aa  44.3  0.0007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.545776 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4156  cytochrome c, class I  41.43 
 
 		 382 aa  44.3  0.0007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.1533  normal  0.864347 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2377  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  27.83 
 
 		 417 aa  44.3  0.0008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.105053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2566  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.83 
 
 		 415 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.79853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4958  cytochrome c, class I  26.17 
 
 		 424 aa  43.9  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.134188 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5705  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.18 
 
 		 433 aa  43.5  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0776178 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3948  cytochrome c, class I  27.73 
 
 		 419 aa  43.9  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.130568  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0201  cytochrome c, class I  31.71 
 
 		 432 aa  43.5  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3851  cytochrome c, class I  26.23 
 
 		 420 aa  43.5  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585006  normal  0.540211 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3041  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  29.29 
 
 		 286 aa  43.5  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4418  cytochrome c, class I  27.73 
 
 		 419 aa  43.9  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.115814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2565  cytochrome c, class I  28 
 
 		 424 aa  43.5  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.938803  hitchhiker  0.00615552 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2030  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.51 
 
 		 433 aa  43.9  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000305388 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4625  cytochrome c class I  31.25 
 
 		 197 aa  43.9  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.887243  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3829  cytochrome c, class I  31.25 
 
 		 439 aa  43.1  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0398501  normal  0.201929 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5487  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  35.4 
 
 		 451 aa  43.1  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4297  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.25 
 
 		 441 aa  43.1  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0628  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27 
 
 		 432 aa  43.1  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>