More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0877 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_0877  putative dioxygenase  100 
 
 
452 aa  940    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.297728  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8462  Rieske (2Fe-2S) domain protein  80.86 
 
 
448 aa  776    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6982  phthalate 4,5-dioxygenase  71.56 
 
 
438 aa  675    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2268  Rieske (2Fe-2S) protein  81.86 
 
 
452 aa  798    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0946291  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5154  Rieske (2Fe-2S) region  66.67 
 
 
440 aa  642    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.291358  normal  0.277417 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1175  Phthalate 4,5-dioxygenase  82.52 
 
 
452 aa  803    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.769494  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1445  Rieske (2Fe-2S) protein  59.95 
 
 
437 aa  563  1.0000000000000001e-159  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.491711  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2133  twin-arginine translocation pathway signal  54.39 
 
 
484 aa  492  9.999999999999999e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.395399  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3201  phthalate 4,5-dioxygenase  37.11 
 
 
436 aa  257  4e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5781  Rieske (2Fe-2S) region  37.31 
 
 
417 aa  245  9.999999999999999e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5548  putative Phthalate 4,5-dioxygenase subunit alpha  36.21 
 
 
439 aa  234  3e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2370  putative phthalate 4,5-dioxygenase oxygenase subunit (OhpA2)  35.04 
 
 
440 aa  231  1e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000399664  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3537  aromatic acid dioxygenase alpha subunit  32.21 
 
 
440 aa  229  1e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.329598 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2928  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.57 
 
 
445 aa  216  9e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.149906  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0574  phthalate 4,5-dioxygenase  35.66 
 
 
406 aa  213  7e-54  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.105836  normal  0.217979 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7254  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.17 
 
 
430 aa  209  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4958  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.36 
 
 
443 aa  208  2e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.879177  normal  0.275764 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2779  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.36 
 
 
443 aa  208  2e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.261515  normal  0.259625 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4882  phthalate 4,5-dioxygenase  34.31 
 
 
422 aa  207  3e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4805  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.5 
 
 
443 aa  205  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0495821  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1910  phthalate 4,5-dioxygenase, oxygenase subunit  35.01 
 
 
438 aa  202  9e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.578876  normal  0.581965 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3062  phthalate 4,5-dioxygenase  32.84 
 
 
431 aa  202  9.999999999999999e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.021682 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1687  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.25 
 
 
449 aa  199  6e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2359  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.14 
 
 
410 aa  196  7e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.128163  normal  0.731078 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3532  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.91 
 
 
446 aa  189  8e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.048657  normal  0.0515471 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4795  phthalate 4,5-dioxygenase  32.45 
 
 
412 aa  187  3e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.269335  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4627  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.42 
 
 
417 aa  185  1.0000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3529  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.08 
 
 
433 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.551503  normal  0.104416 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5678  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.98 
 
 
408 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0000120872  normal  0.0293014 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5901  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.98 
 
 
408 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00683325  hitchhiker  0.00740172 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1044  phthalate 4,5-dioxygenase  29.97 
 
 
454 aa  179  1e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.714091 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4881  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.63 
 
 
434 aa  177  4e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0555  phthalate 4,5-dioxygenase  31.63 
 
 
470 aa  177  5e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.547165  normal  0.18525 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4297  phthalate 4,5-dioxygenase  30.84 
 
 
392 aa  176  7e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6324  phthalate 4,5-dioxygenase  30.47 
 
 
437 aa  173  5.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1473  Rieske (2Fe-2S) region  29.95 
 
 
398 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.826795  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1543  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.77 
 
 
519 aa  138  2e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.453445  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1001  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.63 
 
 
380 aa  119  9e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2050  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  34.83 
 
 
327 aa  110  4.0000000000000004e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0319051  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1184  Rieske (2Fe-2S) domain protein  26.12 
 
 
358 aa  109  9.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6610  vanillate demethylase oxygenase subunit  31.25 
 
 
380 aa  100  4e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.581564  normal  0.184804 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1185  Rieske (2Fe-2S) domain protein  29.27 
 
 
364 aa  100  6e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2687  Rieske (2Fe-2S) protein  37.5 
 
 
356 aa  97.1  6e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2492  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  32.72 
 
 
315 aa  96.7  8e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2686  Rieske (2Fe-2S) protein  34.29 
 
 
376 aa  93.6  7e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2036  hypothetical protein  28.92 
 
 
334 aa  92  2e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502892  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1557  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.74 
 
 
450 aa  91.7  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0276963  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1530  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.74 
 
 
450 aa  91.7  3e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0436  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.34 
 
 
326 aa  90.9  4e-17  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2137  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.76 
 
 
450 aa  90.9  4e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3246  vanillate monooxygenase  33.67 
 
 
347 aa  90.1  7e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.546586  normal  0.604076 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4278  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.57 
 
 
362 aa  90.1  8e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.844018 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2688  Rieske (2Fe-2S) protein  42.11 
 
 
352 aa  90.1  8e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2035  hypothetical protein  31.33 
 
 
345 aa  89.7  9e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4419  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain-containing protein  32.45 
 
 
367 aa  88.6  2e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.257041  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0127  Rieske (2Fe-2S) protein  33.33 
 
 
355 aa  89  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4330  vanillate monooxygenase  29.94 
 
 
366 aa  88.2  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0440139 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3984  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  24.93 
 
 
356 aa  87.4  4e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.643695  normal  0.0193847 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4593  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.06 
 
 
353 aa  87.8  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.743349  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2500  Rieske (2Fe-2S) region  30.54 
 
 
359 aa  87.4  5e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.455012 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1488  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25 
 
 
321 aa  87.4  5e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0113839  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1575  Rieske (2Fe-2S) protein  28.65 
 
 
346 aa  87.4  5e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.869006  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5126  vanillate monooxygenase  29.49 
 
 
352 aa  87.4  5e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1442  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25 
 
 
324 aa  87.4  5e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000193123  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3671  oxidoreductase alpha subunit  24.68 
 
 
407 aa  86.7  8e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0725789  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1549  vanillate monooxygenase  29.95 
 
 
359 aa  85.9  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.619122  normal  0.0130812 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4769  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  32.16 
 
 
367 aa  85.9  0.000000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.289545  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3119  vanillate monooxygenase  36.02 
 
 
358 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011700  PHATRDRAFT_50613  Tic55 component of chloroplast import machinery  32.57 
 
 
498 aa  85.9  0.000000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1867  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  32.03 
 
 
388 aa  85.5  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.687816 
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_43309  predicted protein  33.72 
 
 
492 aa  85.1  0.000000000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.231154  hitchhiker  0.00124797 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1056  Rieske (2Fe-2S) region  38.14 
 
 
499 aa  85.5  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00144994  hitchhiker  0.000116875 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1872  Rieske (2Fe-2S) protein  30.23 
 
 
356 aa  85.5  0.000000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.171768  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3952  Rieske (2Fe-2S) protein  30.77 
 
 
340 aa  84.3  0.000000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.112958 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1541  vanillate monooxygenase  32.4 
 
 
423 aa  83.6  0.000000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00031597  hitchhiker  0.00167065 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2297  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.89 
 
 
352 aa  83.2  0.000000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.125012  normal  0.643759 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2305  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.89 
 
 
352 aa  83.2  0.000000000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.560893  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2258  Rieske (2Fe-2S) region  32.89 
 
 
352 aa  83.2  0.000000000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.236496  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0175  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  24.94 
 
 
363 aa  83.2  0.000000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2143  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.61 
 
 
372 aa  82.8  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.444634  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0418  Rieske (2Fe-2S) protein  28.7 
 
 
353 aa  83.2  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.842278  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0222  vanillate O-demethylase oxygenase subunit oxidoreductase protein  27.11 
 
 
342 aa  81.3  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000016692  normal  0.0221534 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0993  Rieske (2Fe-2S) region  32.39 
 
 
350 aa  81.3  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000318811 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7059  Rieske (2Fe-2S) domain protein  25.07 
 
 
364 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.2387  normal  0.465604 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26228  predicted protein  30.6 
 
 
668 aa  80.5  0.00000000000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.281249  normal  0.273766 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2919  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30.59 
 
 
338 aa  80.5  0.00000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.563703  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0648  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.33 
 
 
361 aa  80.1  0.00000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.149026 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4245  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.14 
 
 
371 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2918  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.56 
 
 
337 aa  79.7  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.333438  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4568  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25 
 
 
356 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.380862  hitchhiker  0.000303241 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0659  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.33 
 
 
361 aa  79.3  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.210033 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2310  vanillate monooxygenase  30 
 
 
362 aa  79.7  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0218143 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1535  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  23.58 
 
 
331 aa  78.6  0.0000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3570  Rieske (2Fe-2S) region  25.98 
 
 
355 aa  79  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0161982  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1136  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  41.23 
 
 
373 aa  79  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.959251  normal  0.28876 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0622  putative Rieske (2Fe-2S) protein  38.05 
 
 
314 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0948094 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1559  vanillate monooxygenase  25.87 
 
 
347 aa  79  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.662697  normal  0.47859 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0795  Rieske (2Fe-2S) domain protein  29.31 
 
 
497 aa  79  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.266613  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0769  Rieske (2Fe-2S) domain protein  29.31 
 
 
497 aa  79  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1307  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  24.53 
 
 
355 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.992701  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>