More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9155 on replicon NC_011984
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011984  Avi_9155  DNA polymerase III alpha chain  100 
 
 		 363 aa  742    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3765  DNA polymerase III, alpha subunit  72.5 
 
 		 1087 aa  528  1e-149  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3809  DNA polymerase III, alpha subunit  71.2 
 
 		 1096 aa  517  1.0000000000000001e-145  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.595243  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3292  DNA polymerase III, alpha subunit  67.5 
 
 		 1082 aa  481  1e-135  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0677218  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5159  DNA polymerase III, alpha subunit  65.93 
 
 		 1087 aa  461  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.572913  normal  0.312122 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2294  DNA polymerase III alpha chain  66.47 
 
 		 1097 aa  459  9.999999999999999e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2860  nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type  70.61 
 
 		 409 aa  459  9.999999999999999e-129  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3147  DNA polymerase III, alpha subunit  70.53 
 
 		 1059 aa  438  9.999999999999999e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0808  DNA polymerase III, alpha subunit  70.66 
 
 		 1059 aa  440  9.999999999999999e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.881912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2802  DNA polymerase III, alpha subunit  63.09 
 
 		 1090 aa  430  1e-119  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.549156 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5603  DNA polymerase III, alpha subunit  65.69 
 
 		 1099 aa  421  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00446711 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5201  DNA polymerase III, alpha subunit  63.11 
 
 		 1053 aa  386  1e-106  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0149235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4496  DNA polymerase III, alpha subunit  58.54 
 
 		 1075 aa  372  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0964877  normal  0.0589388 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5157  DNA polymerase III, alpha subunit  56.86 
 
 		 1072 aa  357  9.999999999999999e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5036  DNA polymerase III, alpha subunit  56.16 
 
 		 1071 aa  339  2.9999999999999998e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.38358  normal  0.080697 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4576  DNA polymerase III, alpha subunit  56.16 
 
 		 1071 aa  336  3.9999999999999995e-91  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.427966 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1331  DNA polymerase III, alpha subunit  55.08 
 
 		 1049 aa  331  2e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.235182  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5094  DNA polymerase III, alpha subunit  54.3 
 
 		 1070 aa  325  7e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.695828  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2345  DNA polymerase III, alpha subunit  46.93 
 
 		 1076 aa  274  2.0000000000000002e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.818037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3021  DNA polymerase III, alpha subunit  45.81 
 
 		 1116 aa  273  3e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4214  DNA polymerase III, alpha subunit  42.7 
 
 		 1154 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0746067 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2398  DNA polymerase III, alpha subunit  47.04 
 
 		 1045 aa  271  1e-71  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.800911 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3890  DNA polymerase III, alpha subunit  44.44 
 
 		 1150 aa  269  5.9999999999999995e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.227818  normal  0.0207545 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0079  error-prone DNA polymerase  47.9 
 
 		 1077 aa  269  7e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0175  DNA polymerase III, alpha subunit  49.19 
 
 		 1126 aa  269  7e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1558  DNA polymerase III, alpha subunit  46.53 
 
 		 1097 aa  268  8e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.156224 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1071  DNA polymerase III, alpha subunit  46.67 
 
 		 1145 aa  267  2e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.049044 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3380  DNA polymerase III, alpha subunit  48.99 
 
 		 1055 aa  267  2e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.176631 
 
 
-
 
NC_004310  BR0069  error-prone DNA polymerase  47.57 
 
 		 1077 aa  265  7e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3998  DNA polymerase III, alpha subunit  48.2 
 
 		 1116 aa  263  3e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1538  DNA polymerase III, alpha subunit  45.09 
 
 		 1078 aa  262  8e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3263  DNA polymerase III, alpha subunit  46.04 
 
 		 1126 aa  261  1e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.230885  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2006  error-prone DNA polymerase  46.45 
 
 		 1195 aa  256  4e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2531  DNA polymerase III, alpha subunit  44.71 
 
 		 1085 aa  256  5e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.465943 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1831  DNA polymerase III, alpha subunit  45.85 
 
 		 1093 aa  255  8e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.715135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3468  DNA polymerase III, alpha subunit  46.22 
 
 		 1116 aa  255  1.0000000000000001e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.822294 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3563  error-prone DNA polymerase  47.62 
 
 		 1165 aa  253  3e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.863163  normal  0.552046 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2780  DNA polymerase III, alpha subunit  42.46 
 
 		 1092 aa  250  2e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.551574 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1903  error-prone DNA polymerase  45.01 
 
 		 1110 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.989909  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5393  DNA polymerase III, alpha subunit  41.23 
 
 		 1074 aa  246  6e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1119  DNA polymerase III, alpha subunit  43.18 
 
 		 1196 aa  243  3e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0282531  normal  0.883779 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4291  DNA polymerase III, alpha subunit  44.71 
 
 		 1077 aa  238  8e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.271094  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2014  DNA polymerase III, alpha subunit  43.73 
 
 		 1096 aa  236  6e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.202336  normal  0.139953 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1970  DNA polymerase III, alpha subunit  43.13 
 
 		 1049 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3149  error-prone DNA polymerase  41.16 
 
 		 1025 aa  231  2e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0619  DNA polymerase III, alpha subunit  41.8 
 
 		 1033 aa  228  1e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.130808 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0202  DNA polymerase III, alpha subunit  42.04 
 
 		 1043 aa  226  4e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0663239 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1325  DNA polymerase III, alpha subunit  39.17 
 
 		 1026 aa  224  1e-57  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1948  DNA polymerase III, alpha subunit  43.27 
 
 		 1075 aa  224  2e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0463  DNA polymerase III, alpha subunit  43.65 
 
 		 1044 aa  224  2e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1095  DNA polymerase III, alpha subunit  43.17 
 
 		 1044 aa  223  3e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1733  error-prone DNA polymerase  45.27 
 
 		 1112 aa  220  3e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.647587  hitchhiker  0.00382273 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1942  DNA polymerase III, alpha subunit  42.95 
 
 		 1027 aa  219  7e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0322539 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1175  DNA polymerase III, alpha subunit  44.37 
 
 		 1025 aa  218  1e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.286001  normal  0.0989959 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2732  DNA polymerase III, alpha subunit  43.41 
 
 		 1044 aa  217  2.9999999999999998e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.421518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55610  error-prone DNA polymerase  41.16 
 
 		 1031 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0362545 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1934  error-prone DNA polymerase  38.59 
 
 		 1026 aa  216  4e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0139985  normal  0.548087 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2795  DNA polymerase III, alpha subunit, putative  38.61 
 
 		 1031 aa  216  4e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0590978  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2738  error-prone DNA polymerase  39.23 
 
 		 1026 aa  216  4e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.201336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1532  DNA polymerase III, alpha subunit  40.81 
 
 		 1099 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0291245  normal  0.633763 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4841  error-prone DNA polymerase  39.87 
 
 		 1024 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2599  DNA polymerase III, alpha subunit  39.94 
 
 		 1040 aa  213  2.9999999999999995e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4461  DNA polymerase III, alpha subunit  38.3 
 
 		 1117 aa  213  3.9999999999999995e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.681559  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2598  error-prone DNA polymerase  38.59 
 
 		 1026 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.254359  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0800  error-prone DNA polymerase  42.22 
 
 		 1075 aa  212  7e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.338798 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2428  error-prone DNA polymerase  39.81 
 
 		 1026 aa  212  9e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.370616  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2164  DNA polymerase III, alpha subunit, putative  39.82 
 
 		 1047 aa  211  2e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1227  DNA polymerase III, alpha subunit  37.72 
 
 		 1084 aa  211  2e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2523  error-prone DNA polymerase  37.97 
 
 		 1031 aa  210  3e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.494212  normal  0.761235 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4488  error-prone DNA polymerase  40 
 
 		 1079 aa  209  4e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.458186  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4621  error-prone DNA polymerase  40 
 
 		 1079 aa  209  4e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0743632  normal  0.186746 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0102  DNA polymerase III, alpha subunit  54.41 
 
 		 994 aa  209  8e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2785  DNA polymerase III, alpha subunit  54.23 
 
 		 940 aa  206  4e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.27044  normal  0.619093 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1123  DNA polymerase III, alpha subunit  54.23 
 
 		 940 aa  206  5e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4523  error-prone DNA polymerase  41.59 
 
 		 1111 aa  205  8e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.364889  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3119  error-prone DNA polymerase  38.59 
 
 		 1026 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.684006  normal  0.216364 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4130  error-prone DNA polymerase  40.58 
 
 		 1153 aa  204  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.975833 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0973  DNA polymerase III, alpha subunit  38.59 
 
 		 1039 aa  204  3e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.309607  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0828  DNA polymerase III, alpha subunit  44.73 
 
 		 1023 aa  203  4e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6269  DNA polymerase III, alpha subunit  40.06 
 
 		 1049 aa  203  4e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0338143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4047  DNA polymerase III, alpha subunit  40 
 
 		 1070 aa  203  5e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2200  DNA polymerase III, alpha subunit  39.94 
 
 		 1197 aa  202  5e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.846036  normal  0.413997 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1612  DNA polymerase III, alpha subunit  41.08 
 
 		 1132 aa  202  6e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.929723  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0510  error-prone DNA polymerase  42.54 
 
 		 1072 aa  202  7e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0527  error-prone DNA polymerase  42.54 
 
 		 1072 aa  202  7e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0692  error-prone DNA polymerase  42.19 
 
 		 1072 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.310882  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0114  error-prone DNA polymerase  42.54 
 
 		 1063 aa  199  5e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3145  error-prone DNA polymerase  42.54 
 
 		 1063 aa  199  5e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2902  error-prone DNA polymerase  42.54 
 
 		 1063 aa  199  5e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1474  error-prone DNA polymerase  42.54 
 
 		 1063 aa  199  5e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1028  pantoate-beta-alanine ligase  37.14 
 
 		 1029 aa  197  2.0000000000000003e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2336  DNA polymerase III, alpha subunit  40.25 
 
 		 1142 aa  196  4.0000000000000005e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.479232  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0445  error-prone DNA polymerase  42.86 
 
 		 1084 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.553328  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2248  DNA polymerase III, alpha subunit  39.94 
 
 		 1133 aa  195  1e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.649933  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2213  error-prone DNA polymerase  40.95 
 
 		 1071 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0271039  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2826  error-prone DNA polymerase  40.95 
 
 		 1071 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.27708  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2837  error-prone DNA polymerase  40.32 
 
 		 1071 aa  192  9e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6156  error-prone DNA polymerase  40.19 
 
 		 1068 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.80972  normal  0.557426 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2886  error-prone DNA polymerase  40 
 
 		 1071 aa  189  5e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.811803  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3428  DNA-directed DNA polymerase  39.42 
 
 		 641 aa  189  7e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>