More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8156 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011982  Avi_8156  ABC transporter  100 
 
 
264 aa  510  1e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.86 
 
 
267 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04230  putative permease of ABC transporter  45.41 
 
 
262 aa  190  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3144  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.59 
 
 
262 aa  186  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.058701  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.25 
 
 
272 aa  187  2e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2037  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotC  43.72 
 
 
269 aa  185  5e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0823298  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2838  ornithine carbamoyltransferase  39.68 
 
 
286 aa  183  3e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000365648  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6381  ornithine carbamoyltransferase  43.64 
 
 
258 aa  180  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.59 
 
 
264 aa  180  2e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1644  ornithine carbamoyltransferase  39 
 
 
285 aa  179  2.9999999999999997e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.574087 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5055  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.1 
 
 
264 aa  179  4e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.429894 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3925  ornithine carbamoyltransferase  40 
 
 
273 aa  179  4e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.13527  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1609  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  41.23 
 
 
273 aa  179  4.999999999999999e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0392744  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0825  ABC transporter membrane spanning protein  38.21 
 
 
271 aa  177  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2943  ornithine carbamoyltransferase  40 
 
 
272 aa  176  3e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6775  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.91 
 
 
260 aa  175  7e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.261463  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1008  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.16 
 
 
273 aa  174  9.999999999999999e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.507644  normal  0.428884 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0313  ornithine carbamoyltransferase  38.4 
 
 
273 aa  174  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.516071  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2805  ornithine carbamoyltransferase  36.72 
 
 
276 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.465458  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.02 
 
 
272 aa  172  5e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.562661  normal  0.792385 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3799  ornithine carbamoyltransferase  36.84 
 
 
260 aa  172  5.999999999999999e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.195582 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0378  Ornithine carbamoyltransferase  38.02 
 
 
272 aa  170  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0255644  hitchhiker  0.00261516 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0343  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  40.93 
 
 
256 aa  170  2e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4192  ornithine carbamoyltransferase  43.29 
 
 
259 aa  170  2e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.457573  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4563  Ornithine carbamoyltransferase  43.29 
 
 
259 aa  170  2e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.145972 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.18 
 
 
272 aa  169  6e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00439076  hitchhiker  0.00000318128 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1847  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  36.51 
 
 
254 aa  168  7e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0489966  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8149  ABC transporter  38.33 
 
 
266 aa  168  9e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.828592  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0287  ABC transporter permease  44.35 
 
 
269 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3072  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  37.22 
 
 
244 aa  167  1e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1244  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.8 
 
 
272 aa  167  2e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.268212  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3854  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.84 
 
 
273 aa  166  2.9999999999999998e-40  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.181021  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2817  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.39 
 
 
287 aa  166  2.9999999999999998e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1063  ornithine carbamoyltransferase  38.37 
 
 
293 aa  166  4e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1405  ornithine carbamoyltransferase  35.04 
 
 
256 aa  166  4e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.386311  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6836  putrescine ABC transporter membrane protein  38.65 
 
 
274 aa  166  4e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263779  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1451  ornithine carbamoyltransferase  35.04 
 
 
256 aa  166  4e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1364  TonB-dependent receptor  38.24 
 
 
270 aa  166  5e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  37.78 
 
 
266 aa  166  5e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  36.89 
 
 
266 aa  166  5e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2347  Ornithine carbamoyltransferase  35.68 
 
 
288 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00485927 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4637  Ornithine carbamoyltransferase  37.3 
 
 
266 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.476846  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1906  putrescine transport system permease protein  40.34 
 
 
288 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.386242 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2866  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  37.77 
 
 
257 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  36.32 
 
 
266 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  36.32 
 
 
266 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  36.32 
 
 
266 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  36.32 
 
 
266 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  36.32 
 
 
266 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1015  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.6 
 
 
278 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  36.32 
 
 
266 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0237  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  38.2 
 
 
276 aa  163  2.0000000000000002e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  36.32 
 
 
266 aa  161  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  36.32 
 
 
266 aa  161  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.92 
 
 
267 aa  161  9e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.242595  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1379  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.74 
 
 
266 aa  161  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.361864  normal  0.102972 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.08 
 
 
280 aa  160  2e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0526069  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.91 
 
 
277 aa  160  3e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.097439  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17620  polyamine transport protein PotC  36.7 
 
 
256 aa  160  3e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.92 
 
 
261 aa  159  4e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.260601  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00456  putrescine transport protein; permease  41.48 
 
 
253 aa  159  4e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.033567  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3046  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.3 
 
 
279 aa  159  5e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1532  polyamine transport protein PotC  36.24 
 
 
256 aa  159  6e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3520  ornithine carbamoyltransferase  35.48 
 
 
272 aa  159  6e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.238195 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1582  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  35.62 
 
 
256 aa  159  6e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.147817  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1061  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.3 
 
 
266 aa  159  6e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.115095  normal  0.340586 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2385  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.89 
 
 
279 aa  159  6e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3018  ornithine carbamoyltransferase  36.89 
 
 
279 aa  159  6e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2999  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.89 
 
 
279 aa  159  6e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.26863  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6348  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  36.89 
 
 
279 aa  158  7e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2811  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  36.89 
 
 
279 aa  158  7e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2098  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.4 
 
 
292 aa  158  7e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.26536  normal  0.0890799 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2908  ornithine carbamoyltransferase  37.3 
 
 
279 aa  158  7e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3672  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  36.05 
 
 
256 aa  158  8e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0937  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit PotI  36.11 
 
 
303 aa  158  9e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.023039  normal  0.311866 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6034  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.35 
 
 
259 aa  157  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.958438 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2727  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  35.2 
 
 
281 aa  157  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1063  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  36.48 
 
 
258 aa  158  1e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000694719  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2398  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit  38.86 
 
 
266 aa  157  1e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2642  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  35.2 
 
 
281 aa  157  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0735295  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.44 
 
 
266 aa  157  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.108007  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4661  Ornithine carbamoyltransferase  36.11 
 
 
303 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.535796  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.22 
 
 
284 aa  157  1e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.153237 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003483  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotC  37.24 
 
 
256 aa  157  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000553951  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1273  polyamine ABC transporter, permease protein  38.06 
 
 
271 aa  157  2e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1566  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  35.2 
 
 
281 aa  157  2e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0748  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.53 
 
 
264 aa  157  2e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0148885  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2993  ornithine carbamoyltransferase  36.89 
 
 
279 aa  156  3e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.65 
 
 
271 aa  156  3e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0724945  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7680  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  37.5 
 
 
313 aa  155  4e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.540437  normal  0.115465 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1803  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  38.55 
 
 
257 aa  156  4e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.56 
 
 
267 aa  155  5.0000000000000005e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1261  Ornithine carbamoyltransferase  35.17 
 
 
273 aa  155  6e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1014  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  35.56 
 
 
281 aa  155  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1033  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  35.56 
 
 
281 aa  155  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1764  ornithine carbamoyltransferase  36.8 
 
 
273 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1937  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein (potC)-like protein  32.95 
 
 
266 aa  155  7e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0953  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  35.56 
 
 
281 aa  155  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1276  ornithine carbamoyltransferase  36.8 
 
 
272 aa  155  8e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.719655  normal  0.197685 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2997  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.65 
 
 
271 aa  155  8e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0208351  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>