More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2701 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2701  transcriptional regulator  100 
 
 		 270 aa  538  9.999999999999999e-153  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.166109  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2323  transcriptional regulator, DeoR family  36.09 
 
 		 266 aa  150  2e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0659  DeoR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 288 aa  146  3e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0255217  normal  0.62024 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0146  transcriptional regulator, DeoR family  35.06 
 
 		 250 aa  145  1e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000230525  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2386  DeoR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 268 aa  144  2e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.216225  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0997  transcriptional regulator, DeoR family  34.24 
 
 		 267 aa  142  6e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.566799 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0575  DeoR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 274 aa  142  7e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000140104  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0131  DeoR family transcriptional regulator  37.9 
 
 		 253 aa  142  7e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2957  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  36.36 
 
 		 257 aa  141  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2988  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  36.36 
 
 		 257 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.192742  normal  0.0479774 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0011  DeoR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 258 aa  141  9.999999999999999e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000425621  unclonable  0.00000000668451 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3039  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  36.36 
 
 		 257 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00817735 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3023  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  36.36 
 
 		 257 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.471381  hitchhiker  0.00000157031 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3146  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  36.36 
 
 		 257 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.435865  normal  0.0282064 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3170  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  35.06 
 
 		 257 aa  140  3e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2991  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  35.06 
 
 		 257 aa  140  3e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02557  DNA-bindng transcriptional repressor  35.06 
 
 		 257 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.632125  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1005  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  35.06 
 
 		 257 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0173868  hitchhiker  0.000000410448 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0982  transcriptional regulator, DeoR family  35.06 
 
 		 257 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.015396  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02522  hypothetical protein  35.06 
 
 		 257 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.810713  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2843  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  35.06 
 
 		 257 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3849  DeoR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 257 aa  139  6e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.697136 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2577  DeoR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 256 aa  139  7e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2830  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  34.3 
 
 		 257 aa  138  7.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000942539 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0890  transcriptional regulator, DeoR family  35.5 
 
 		 260 aa  137  2e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.390832  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0842  transcriptional regulator, DeoR family  37.83 
 
 		 254 aa  137  2e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000306507  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0408  transcriptional regulator, DeoR family  32.47 
 
 		 257 aa  137  2e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.237553  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3957  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  34.78 
 
 		 257 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0642  DeoR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 256 aa  136  4e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000291189  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1716  transcriptional regulator, DeoR family  32.05 
 
 		 252 aa  135  6.0000000000000005e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.467325  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2392  transcriptional regulator, DeoR family  35.6 
 
 		 253 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3818  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  32.53 
 
 		 258 aa  130  2.0000000000000002e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.892973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0712  transcriptional regulator, DeoR family  33.91 
 
 		 258 aa  130  3e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0568  regulatory protein DeoR  31.17 
 
 		 254 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.250668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0312  DeoR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 264 aa  129  5.0000000000000004e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.812153  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0995  DeoR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 258 aa  128  8.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.775359  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0943  transcriptional repressor AgaR  32.93 
 
 		 258 aa  128  8.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2563  transcriptional regulator, DeoR family  36.64 
 
 		 254 aa  128  8.000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.488958  normal  0.0207401 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3377  DeoR-family regulatory protein  32.93 
 
 		 258 aa  128  8.000000000000001e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.365901 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3571  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  31.76 
 
 		 269 aa  128  1.0000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.557659 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3428  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  30.12 
 
 		 269 aa  126  3e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02996  DNA-binding transcriptional dual regulator  30.12 
 
 		 269 aa  126  5e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0574  transcriptional regulator, DeoR family  30.12 
 
 		 269 aa  126  5e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02947  hypothetical protein  30.12 
 
 		 269 aa  126  5e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4445  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  30.12 
 
 		 269 aa  126  5e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3321  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  30.12 
 
 		 269 aa  126  5e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0569  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  30.12 
 
 		 269 aa  126  5e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2761  transcriptional regulator, DeoR family  34.63 
 
 		 257 aa  125  5e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3611  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  30.12 
 
 		 269 aa  125  6e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1701  DeoR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 264 aa  125  6e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.596529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3908  DeoR family transcriptional regulator  37.34 
 
 		 267 aa  125  8.000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00814425  normal  0.0123745 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0377  DeoR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 261 aa  125  9e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1681  DeoR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 309 aa  125  9e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.109023  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2385  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  31.51 
 
 		 269 aa  124  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1880  transcriptional regulator, DeoR family  32.47 
 
 		 254 aa  124  2e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0608  GntR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 254 aa  124  2e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0720  DeoR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 253 aa  124  2e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.528248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1193  GlpR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 260 aa  123  3e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.604361 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2702  DeoR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 261 aa  122  4e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0299  DeoR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 253 aa  122  4e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.179752  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2536  DeoR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 261 aa  122  5e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2603  DeoR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 261 aa  122  5e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3309  transcriptional regulator, DeoR family  33.06 
 
 		 260 aa  122  8e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.006875  hitchhiker  0.00121126 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2486  transcriptional regulator, DeoR family  33.06 
 
 		 287 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.382458  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3574  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32.62 
 
 		 257 aa  121  9.999999999999999e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.333034 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0478  DeoR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 254 aa  121  9.999999999999999e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3457  DeoR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 265 aa  120  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0252866 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2807  DeoR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 260 aa  120  1.9999999999999998e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.807975  normal  0.355136 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1439  transcriptional regulator, DeoR family  34.21 
 
 		 275 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0159016  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1535  transcriptional regulator, DeoR family  33.19 
 
 		 253 aa  120  1.9999999999999998e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.556819  hitchhiker  0.00734434 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2219  regulatory protein DeoR  35.66 
 
 		 256 aa  120  1.9999999999999998e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.0075585  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1187  DeoR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 257 aa  120  3e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2660  transcriptional regulator, DeoR family  35.37 
 
 		 254 aa  120  3e-26  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.360297  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2797  regulatory protein DeoR  34.33 
 
 		 254 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4482  DeoR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 256 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000793967 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4660  DeoR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 260 aa  119  6e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3222  DeoR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 257 aa  118  9.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14330  transcriptional regulator, DeoR family  34.6 
 
 		 282 aa  117  9.999999999999999e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2613  transcriptional regulator, DeoR family  33.06 
 
 		 257 aa  117  9.999999999999999e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000333133  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1148  galactitol utilization operon repressor  31.62 
 
 		 257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5910  transcriptional regulator, DeoR family  37.23 
 
 		 254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.874866 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0729  transcriptional regulator, DeoR family  32.51 
 
 		 256 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000103564 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2691  DeoR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134445  hitchhiker  0.00149692 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4954  transcriptional regulator, DeoR family  31.47 
 
 		 283 aa  117  1.9999999999999998e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.461137  normal  0.587881 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1557  DeoR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.839673 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3069  galactitol utilization operon repressor  31.62 
 
 		 259 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.377342  hitchhiker  0.0000149488 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0977  DeoR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.96922  normal  0.682272 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0974  galactitol utilization operon repressor  31.62 
 
 		 259 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.430087 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2226  galactitol utilization operon repressor  31.62 
 
 		 257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3032  DeoR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2378  galactitol utilization operon repressor  31.62 
 
 		 257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2873  DeoR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3139  transcriptional regulator, DeoR family  32.03 
 
 		 255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02585  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.03 
 
 		 265 aa  117  3e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0953  transcriptional regulator, DeoR family  32.03 
 
 		 255 aa  117  3e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4225  transcriptional regulator, DeoR family  33.33 
 
 		 253 aa  117  3e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.320526  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02550  hypothetical protein  32.03 
 
 		 265 aa  117  3e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3321  DeoR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 245 aa  116  3.9999999999999997e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3377  transcriptional regulator, DeoR family  30.77 
 
 		 257 aa  116  5e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2724  DeoR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 260 aa  116  5e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>