More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_4217 on replicon NC_008765
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008765  Ajs_4217  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 
302 aa  612  9.999999999999999e-175  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.77511  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4798  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  63.92 
 
 
330 aa  355  3.9999999999999996e-97  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.765348  normal 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0012  DNA polymerase III fragment  33.22 
 
 
287 aa  110  3e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2319  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.18 
 
 
217 aa  103  5e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.127163  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2362  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.18 
 
 
201 aa  98.2  1e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0173378  hitchhiker  0.0000149348 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2342  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.35 
 
 
201 aa  96.3  6e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.944243  normal 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6889  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  34.93 
 
 
293 aa  90.1  4e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.796423  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3499  exonuclease  36.31 
 
 
198 aa  85.9  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108148  hitchhiker  4.31103e-25 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0836  conserved hypothetical protein, putative exonuclease  32 
 
 
459 aa  85.9  7e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000965957  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0007  YacC  30.04 
 
 
282 aa  82.4  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.292935  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003462  DNA polymerase III alpha subunit (gram-positive type)  31.89 
 
 
205 aa  77  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02308  hypothetical protein  32.26 
 
 
217 aa  76.6  0.0000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  34.25 
 
 
570 aa  68.9  0.00000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0181  putative exonuclease  32.47 
 
 
289 aa  66.6  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.66165  normal  0.100194 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0352  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.88 
 
 
426 aa  66.6  0.0000000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4659  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.56 
 
 
203 aa  66.2  0.0000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.102752 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1848  DNA-directed DNA polymerase  36.69 
 
 
233 aa  65.5  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3002  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.76 
 
 
372 aa  63.2  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.457806  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1339  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.98 
 
 
201 aa  62.8  0.000000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0133405  hitchhiker  0.000000000461521 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4151  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.41 
 
 
729 aa  62.8  0.000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  35.59 
 
 
584 aa  63.2  0.000000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1567  DNA-directed DNA polymerase  34.9 
 
 
236 aa  61.6  0.00000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2183  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.36 
 
 
233 aa  60.5  0.00000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.536096  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1500  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.33 
 
 
240 aa  60.1  0.00000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000153009  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1099  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.33 
 
 
240 aa  60.1  0.00000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0819547  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2791  DNA polymerase III subunit epsilon  34.07 
 
 
241 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0063034  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0498  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.33 
 
 
240 aa  58.5  0.0000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.231087  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.2 
 
 
719 aa  58.9  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  32.72 
 
 
616 aa  58.9  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1255  DNA polymerase III subunit epsilon  37.37 
 
 
244 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0108719  normal  0.264434 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1478  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.34 
 
 
231 aa  58.9  0.0000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0948171  normal  0.333081 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0803  DNA polymerase III subunit epsilon  37.37 
 
 
244 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  36.36 
 
 
242 aa  58.5  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1284  DNA polymerase III subunit epsilon  37.37 
 
 
244 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000499827  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5270  DNA polymerase III subunit epsilon  34.59 
 
 
308 aa  58.9  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1068  DNA polymerase III, epsilon chain  31.34 
 
 
277 aa  58.2  0.0000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1004  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.26 
 
 
282 aa  57.4  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1420  DNA-directed DNA polymerase  30.64 
 
 
180 aa  57.4  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.178173 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  38.78 
 
 
729 aa  57.4  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0495  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.19 
 
 
239 aa  57.4  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal  0.693329 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0478  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 
184 aa  57  0.0000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  28.27 
 
 
315 aa  56.6  0.0000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0867  DNA polymerase III subunit epsilon  33.06 
 
 
249 aa  57  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20144  normal  0.642442 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4426  DNA polymerase III subunit epsilon  36.36 
 
 
244 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000436585  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.38 
 
 
731 aa  57  0.0000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2874  DNA polymerase III subunit epsilon  36.36 
 
 
244 aa  57  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0167654  normal  0.331291 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  40 
 
 
237 aa  56.6  0.0000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3713  DNA polymerase III subunit epsilon  34.65 
 
 
252 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.687255  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4141  DNA polymerase III subunit epsilon  34.65 
 
 
252 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.962875  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1724  DNA polymerase III subunit epsilon  34.65 
 
 
252 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0762  DNA polymerase III subunit epsilon  32.59 
 
 
240 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.869408  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.38 
 
 
722 aa  56.2  0.0000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0555  DNA polymerase III subunit epsilon  32.59 
 
 
240 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1161  DNA polymerase III subunit epsilon  36.36 
 
 
244 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.383588  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0597  DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 
253 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126045  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2190  DNA polymerase III subunit epsilon  36.36 
 
 
240 aa  56.2  0.0000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1599  DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 
253 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1465  DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 
253 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  37.76 
 
 
714 aa  56.2  0.0000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1495  DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 
253 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1272  DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 
253 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.337432  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3631  DNA polymerase III subunit epsilon  28.27 
 
 
315 aa  55.8  0.0000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.095912  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3366  DNA polymerase III subunit epsilon  28.27 
 
 
315 aa  55.8  0.0000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000146706  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0839  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.68 
 
 
236 aa  55.8  0.0000009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  40.82 
 
 
617 aa  55.5  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  28.27 
 
 
315 aa  55.1  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2036  DNA polymerase III subunit epsilon  32.59 
 
 
244 aa  55.5  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1597  DNA polymerase III subunit epsilon  28.27 
 
 
315 aa  55.1  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0450283  hitchhiker  0.0000576312 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2682  DNA polymerase III subunit epsilon  34.23 
 
 
254 aa  55.5  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0295591 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3611  DNA polymerase III, epsilon subunit  36 
 
 
230 aa  55.5  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1109  DNA polymerase III subunit epsilon  34.23 
 
 
254 aa  55.5  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2686  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.77 
 
 
610 aa  55.1  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.700207  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2209  DNA polymerase III subunit epsilon  36.36 
 
 
241 aa  55.5  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000456486  normal  0.23975 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  33.51 
 
 
590 aa  55.5  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1055  DNA polymerase III subunit epsilon  34.23 
 
 
254 aa  55.5  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.328501  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3404  DNA polymerase III subunit epsilon  27.75 
 
 
315 aa  54.7  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1831  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.64 
 
 
240 aa  54.3  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0389617 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.46 
 
 
721 aa  54.7  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  33.33 
 
 
239 aa  55.1  0.000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3672  DNA polymerase III subunit epsilon  27.75 
 
 
315 aa  54.7  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.22056  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3622  DNA polymerase III subunit epsilon  28.19 
 
 
315 aa  54.7  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000564162 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12219  hypothetical protein  32.4 
 
 
645 aa  54.7  0.000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0113  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.31 
 
 
230 aa  54.7  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.37 
 
 
769 aa  54.7  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  39.8 
 
 
719 aa  54.7  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3719  DNA polymerase III subunit epsilon  28.26 
 
 
315 aa  55.1  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128581  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2250  hypothetical protein  40.59 
 
 
242 aa  55.1  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  36.52 
 
 
574 aa  54.7  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3810  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  38.61 
 
 
405 aa  54.7  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.730242  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  30.81 
 
 
551 aa  53.9  0.000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1618  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.74 
 
 
234 aa  53.9  0.000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.910547  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.5 
 
 
595 aa  54.3  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3466  DNA polymerase III subunit epsilon  33.66 
 
 
254 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2073  DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 
242 aa  53.9  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.466344  normal  0.632153 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1751  DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 
242 aa  53.5  0.000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.36 
 
 
225 aa  53.9  0.000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1662  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.62 
 
 
232 aa  53.5  0.000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.862026 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1173  DNA polymerase III subunit epsilon  35.35 
 
 
244 aa  53.5  0.000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0119092  normal  0.138843 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2828  DNA polymerase III, epsilon subunit  36 
 
 
234 aa  53.9  0.000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.37287  normal  0.103192 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29590  DNA polymerase III subunit epsilon  32.67 
 
 
244 aa  53.5  0.000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.340517  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>