151 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
TDE0018  CDS  NC_002967  23163  23663  501  LysM domain-containing protein  NP_970635  unclonable  1.25361e-09  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0019  CDS  NC_002967  23755  25419  1665  formate--tetrahydrofolate ligase  NP_970636  unclonable  1.14952e-06  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0030  CDS  NC_002967  38018  38797  780  prolipoprotein diacylglyceryl transferase, putative  NP_970647  unclonable  6.20053e-09  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0031  CDS  NC_002967  38925  39185  261  hypothetical protein  NP_970648  unclonable  3.32041e-10  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0156  CDS  NC_002967  180434  183661  3228  adenylate/guanylate cyclase catalytic domain-containing protein  NP_970773  unclonable  0.000640114  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0177  CDS  NC_002967  209881  210555  675  hypothetical protein  NP_970793  unclonable  8.13125e-09  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0178  CDS  NC_002967  210628  212718  2091  methyl-accepting chemotaxis protein  NP_970794  unclonable  2.10736e-05  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0204  CDS  NC_002967  237108  238628  1521  glutamyl-tRNA synthetase  NP_970820  unclonable  4.64542e-07  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0207  CDS  NC_002967  241742  243097  1356  GntP family permease  NP_970823  unclonable  3.42719e-07  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0212  CDS  NC_002967  247348  248325  978  hypothetical protein  NP_970828  unclonable  7.28433e-08  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0213  CDS  NC_002967  248408  249550  1143  TPR domain-containing protein  NP_970829  unclonable  8.56086e-08  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0228  CDS  NC_002967  259701  260693  993  hypothetical protein  NP_970844  unclonable  8.38825e-08  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0230  CDS  NC_002967  262889  263971  1083  DNA replication and repair protein RecF  NP_970846  unclonable  6.12971e-08  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0231  CDS  NC_002967  263980  265083  1104  DNA polymerase III, beta subunit  NP_970847  unclonable  8.74025e-08  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0274  CDS  NC_002967  304720  306513  1794  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  NP_970888  unclonable  2.98465e-06  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0295  CDS  NC_002967  324310  326757  2448  DNA gyrase, A subunit  NP_970909  unclonable  0.000104169  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0298  CDS  NC_002967  328103  330061  1959  hypothetical protein  NP_970912  unclonable  5.64529e-06  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0316  CDS  NC_002967  348960  350549  1590  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  NP_970930  unclonable  1.54446e-06  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0317  CDS  NC_002967  350796  351176  381  hypothetical protein  NP_970931  unclonable  1.56434e-09  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0336  CDS  NC_002967  375283  376401  1119  hypothetical protein  NP_970950  unclonable  6.39163e-08  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0404  CDS  NC_002967  455449  455589  141  hypothetical protein  NP_971018  unclonable  2.85386e-10  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0405  CDS  NC_002967  455610  457241  1632  major outer sheath protein  NP_971019  unclonable  1.86977e-06  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0409  CDS  NC_002967  461717  462193  477  hypothetical protein  NP_971023  unclonable  2.20174e-09  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0439  CDS  NC_002967  495194  495913  720  hypothetical protein  NP_971053  unclonable  8.2985e-09  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0440  CDS  NC_002967  496091  496366  276  DNA-binding protein  NP_971054  unclonable  3.74773e-10  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0441  CDS  NC_002967  496466  496735  270  hypothetical protein  NP_971055  unclonable  3.90206e-10  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0442  CDS  NC_002967  496779  497813  1035  hypothetical protein  NP_971056  unclonable  2.18862e-08  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0443  CDS  NC_002967  498078  499052  975  hypothetical protein  NP_971057  unclonable  3.69612e-08  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0447  CDS  NC_002967  502898  505876  2979  TPR domain-containing protein  NP_971061  unclonable  0.000620141  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0449  CDS  NC_002967  506639  507121  483  ferritin, putative  NP_971063  unclonable  1.33256e-09  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0457  CDS  NC_002967  513665  514189  525  hypothetical protein  NP_971071  unclonable  1.58062e-09  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0458  CDS  NC_002967  514167  514280  114  hypothetical protein  NP_971072  unclonable  1.76344e-10  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0459  CDS  NC_002967  514522  515301  780  hypothetical protein  NP_971073  unclonable  1.29693e-08  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0460  CDS  NC_002967  515364  516032  669  transporter, putative  NP_971074  unclonable  6.71937e-09  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0525  CDS  NC_002967  570690  571223  534  hypothetical protein  NP_971139  unclonable  1.85554e-09  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0651    NC_002967  685993  688064  2072      unclonable  1.72129e-05  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0652  CDS  NC_002967  688317  689051  735  hypothetical protein  NP_971265  unclonable  4.53959e-09  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0716  CDS  NC_002967  750968  751804  837  CAAX amino terminal protease family protein  NP_971328  unclonable  1.80726e-08  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0717  CDS  NC_002967  751919  752440  522  hypothetical protein  NP_971329  unclonable  2.33957e-09  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0737  CDS  NC_002967  775498  775764  267  hypothetical protein  NP_971348  unclonable  3.70913e-10  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0743  CDS  NC_002967  778858  779811  954  thioredoxin reductase  NP_971354  unclonable  4.08634e-08  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0811  CDS  NC_002967  831071  832438  1368  efflux protein, putative  NP_971421  unclonable  2.82778e-07  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0812  CDS  NC_002967  832584  834197  1614  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  NP_971422  unclonable  2.43426e-06  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0815  CDS  NC_002967  836067  837455  1389  hypothetical protein  NP_971425  unclonable  4.88544e-07  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0816  CDS  NC_002967  837461  838654  1194  M20/M25/M40 family peptidase  NP_971426  unclonable  9.10031e-08  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0823  CDS  NC_002967  844881  845312  432  (3R)-hydroxymyristoyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase, putative  NP_971433  unclonable  1.31883e-09  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0842  CDS  NC_002967  861855  863903  2049  cytoplasmic filament protein A  NP_971452  unclonable  3.33525e-05  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0850  CDS  NC_002967  872470  874635  2166  methyl-accepting chemotaxis protein  NP_971460  unclonable  2.24033e-05  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0851  CDS  NC_002967  874839  875087  249  hypothetical protein  NP_971461  unclonable  3.94268e-10  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0881  CDS  NC_002967  901307  901552  246  ribosomal protein S16  NP_971491  unclonable  8.38528e-10  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0888  CDS  NC_002967  904823  905065  243  hypothetical protein  NP_971498  unclonable  1.1564e-09  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0889  CDS  NC_002967  905230  905874  645  hypothetical protein  NP_971499  unclonable  9.47448e-09  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0902  CDS  NC_002967  919470  920222  753  hypothetical protein  NP_971512  unclonable  7.20917e-09  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE0922  CDS  NC_002967  941937  943730  1794  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  NP_971532  unclonable  4.16921e-06  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1041  CDS  NC_002967  1068464  1070560  2097  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  NP_971649  unclonable  2.43364e-05  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1047  CDS  NC_002967  1074237  1074611  375  30S ribosomal protein S12  NP_971655  unclonable  6.71738e-10  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1072  CDS  NC_002967  1100881  1103496  2616  putative lipoprotein  NP_971680  unclonable  0.000214841  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1180  CDS  NC_002967  1209009  1209923  915  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  NP_971788  unclonable  2.54745e-08  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1194  CDS  NC_002967  1225113  1227683  2571  hypothetical protein  NP_971801  unclonable  0.000186085  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1231  CDS  NC_002967  1263569  1265293  1725  hypothetical protein  NP_971838  unclonable  3.76662e-06  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1232  CDS  NC_002967  1265443  1267122  1680  hypothetical protein  NP_971839  unclonable  1.46578e-06  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1233  CDS  NC_002967  1267343  1267669  327  hypothetical protein  NP_971840  unclonable  3.6344e-10  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1237  CDS  NC_002967  1270508  1270876  369  hypothetical protein  NP_971844  unclonable  7.35783e-10  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1238  CDS  NC_002967  1270955  1271305  351  preprotein translocase subunit SecG  NP_971845  unclonable  6.3807e-10  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1259  CDS  NC_002967  1292336  1293760  1425  amino acid carrier family protein  NP_971866  unclonable  4.59573e-07  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1275  CDS  NC_002967  1309660  1310613  954  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  NP_971882  unclonable  4.95045e-08  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1288  CDS  NC_002967  1326457  1327335  879  CAAX amino terminal protease family protein  NP_971895  unclonable  1.50846e-08  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1296  CDS  NC_002967  1333554  1333844  291  ribosomal subunit interface protein, putative  NP_971902  unclonable  5.9451e-10  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1328  CDS  NC_002967  1363052  1363492  441  hypothetical protein  NP_971934  unclonable  1.2407e-09  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1329  CDS  NC_002967  1363643  1365406  1764  AAA family ATPase  NP_971935  unclonable  3.61614e-06  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1339  CDS  NC_002967  1375947  1376228  282  stage V sporulation protein G  NP_971945  unclonable  6.3807e-10  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1408  CDS  NC_002967  1450969  1451679  711  flagellar filament outer layer protein FlaA, putative  NP_972014  unclonable  8.38492e-09  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1501  CDS  NC_002967  1548181  1550982  2802  pyruvate phosphate dikinase  NP_972107  unclonable  0.000334669  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1508  CDS  NC_002967  1556116  1556511  396  hypothetical protein  NP_972114  unclonable  2.4604e-09  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1509  CDS  NC_002967  1556529  1557194  666  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein, putative  NP_972115  unclonable  8.91306e-09  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1510  CDS  NC_002967  1557320  1558588  1269  hypothetical protein  NP_972116  unclonable  3.53289e-07  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1580  CDS  NC_002967  1627579  1629816  2238  hypothetical protein  NP_972186  unclonable  2.61216e-05  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1651  CDS  NC_002967  1698211  1698822  612  BioY family protein  NP_972257  unclonable  4.63296e-09  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1652  CDS  NC_002967  1698947  1700614  1668  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  NP_972258  unclonable  1.77723e-06  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1660  CDS  NC_002967  1710800  1715356  4557  leucine rich repeat domain-containing protein  NP_972265  unclonable  0.00213306  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1668  CDS  NC_002967  1721358  1722734  1377  amino acid permease family protein  NP_972273  unclonable  3.79191e-07  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1670  CDS  NC_002967  1724003  1724551  549  MarR family transcriptional regulator  NP_972275  unclonable  2.03174e-09  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1678  CDS  NC_002967  1730292  1730573  282  30S ribosomal protein S6  NP_972283  unclonable  6.85553e-10  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1710  CDS  NC_002967  1765306  1765575  270  30S ribosomal protein S20  NP_972314  unclonable  3.12483e-10  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1711  CDS  NC_002967  1765642  1766808  1167  RelA/SpoT domain-containing protein  NP_972315  unclonable  6.26045e-08  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1712  CDS  NC_002967  1766956  1768005  1050  flagellar filament outer layer protein  NP_972316  unclonable  2.30251e-08  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1713  CDS  NC_002967  1768100  1768558  459  hypothetical protein  NP_972317  unclonable  1.30525e-09  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1714  CDS  NC_002967  1768573  1769586  1014  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  NP_972318  unclonable  3.14617e-08  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1853  CDS  NC_002967  1882056  1882172  117  hypothetical protein  NP_972457  unclonable  1.62728e-10  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1854  CDS  NC_002967  1882482  1882805  324  nucleotidyltransferase family protein  NP_972458  unclonable  6.3807e-10  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1855  CDS  NC_002967  1882986  1883273  288  hypothetical protein  NP_972459  unclonable  7.28203e-10  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1856  CDS  NC_002967  1883273  1884016  744  radical SAM domain-containing protein  NP_972460  unclonable  1.20837e-08  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1857  CDS  NC_002967  1884019  1884540  522  hypothetical protein  NP_972461  unclonable  3.32835e-09  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1858  CDS  NC_002967  1884772  1885086  315  PadR family transcriptional regulator  NP_972462  unclonable  7.89415e-10  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1865  CDS  NC_002967  1889231  1892284  3054  M16 family peptidase  NP_972469  unclonable  0.000469623  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1871  CDS  NC_002967  1893752  1894612  861  hypothetical protein  NP_972475  unclonable  2.01815e-08  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1872  CDS  NC_002967  1894659  1894781  123  hypothetical protein  NP_972476  unclonable  3.25351e-10  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1873  CDS  NC_002967  1894819  1895685  867  hypothetical protein  NP_972477  unclonable  2.78939e-08  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1889  CDS  NC_002967  1909590  1910978  1389  branched-chain amino acid transport system II carrier protein  NP_972492  unclonable  3.56974e-07  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
TDE1890  CDS  NC_002967  1911152  1911289  138  hypothetical protein  NP_972493  unclonable  1.98896e-10  n/a    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>