More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6083 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6083  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 234 aa  467  1.0000000000000001e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1290  short chain dehydrogenase  87.93 
 
 		 234 aa  389  1e-107  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4383  short chain dehydrogenase  87.93 
 
 		 234 aa  376  1e-103  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0101  short chain dehydrogenase  87.93 
 
 		 234 aa  371  1e-102  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.451177  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0305  short chain dehydrogenase  81.9 
 
 		 234 aa  345  4e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.123589  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2285  short chain dehydrogenase  60.87 
 
 		 233 aa  281  8.000000000000001e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4798  short chain dehydrogenase  56.7 
 
 		 234 aa  244  6.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.58679 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0196  short chain dehydrogenase  56.7 
 
 		 234 aa  239  2e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.641579  normal  0.448139 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5340  short chain dehydrogenase  56.7 
 
 		 234 aa  240  2e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.980591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5406  short chain dehydrogenase  55.36 
 
 		 234 aa  236  2e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5455  short chain dehydrogenase  55.36 
 
 		 234 aa  236  2e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.319749 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4814  short chain dehydrogenase  55.36 
 
 		 234 aa  236  3e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.910102 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0036  putative short chain dehydrogenase  57.21 
 
 		 232 aa  235  5.0000000000000005e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00856815  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4944  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.68 
 
 		 235 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.68 
 
 		 235 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0088  short chain dehydrogenase  52.81 
 
 		 237 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0426  short chain dehydrogenase  52.81 
 
 		 237 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0587  short chain dehydrogenase  52.81 
 
 		 237 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2001  short chain dehydrogenase  52.81 
 
 		 237 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3095  short chain dehydrogenase  52.81 
 
 		 237 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0406  short chain dehydrogenase  52.81 
 
 		 237 aa  211  5.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.603523  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10890  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  50.68 
 
 		 235 aa  207  1e-52  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2287  short chain dehydrogenase  52.38 
 
 		 234 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0234  short chain dehydrogenase  47.3 
 
 		 227 aa  200  9.999999999999999e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.100339 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2181  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.88 
 
 		 241 aa  198  5e-50  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0351  short chain dehydrogenase  52.63 
 
 		 332 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.853624  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.15 
 
 		 232 aa  196  3e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.132567  normal  0.124295 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1361  short chain dehydrogenase  49.57 
 
 		 234 aa  192  3e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.338763  normal  0.94608 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.22 
 
 		 258 aa  190  2e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0139  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.57 
 
 		 233 aa  187  9e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0817814 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2153  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.16 
 
 		 242 aa  182  3e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5248  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 		 276 aa  182  5.0000000000000004e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.225539 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0488  short chain dehydrogenase  47.83 
 
 		 228 aa  181  8.000000000000001e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.249212  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6375  putative short chain dehydrogenase  45.69 
 
 		 231 aa  180  2e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.930619 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0499  short chain dehydrogenase  47.39 
 
 		 228 aa  179  4e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0510  short chain dehydrogenase  47.39 
 
 		 228 aa  179  4e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2696  putative short-chain oxidoreductase  44.95 
 
 		 256 aa  177  9e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0368477  normal  0.782631 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.4 
 
 		 243 aa  177  1e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.666378 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37030  short-chain alcohol dehydrogenase  46.78 
 
 		 241 aa  174  9.999999999999999e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.731779 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4878  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.7 
 
 		 237 aa  162  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0560826 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0014  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 		 245 aa  159  5e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4495  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.44 
 
 		 237 aa  158  6e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4582  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.44 
 
 		 237 aa  158  6e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.138824 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0361  short chain dehydrogenase  40.44 
 
 		 244 aa  157  1e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000319132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0688  short chain dehydrogenase  37.28 
 
 		 237 aa  157  1e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.437388  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1857  short chain dehydrogenase  40.95 
 
 		 245 aa  156  2e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.960393 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2361  short chain dehydrogenase  40.09 
 
 		 243 aa  157  2e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13195  short chain dehydrogenase  42.92 
 
 		 235 aa  152  4e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.433482 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37000  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  41.38 
 
 		 239 aa  144  1e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.559047 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7169  short chain dehydrogenase  40.72 
 
 		 238 aa  144  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.53 
 
 		 237 aa  139  3e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.998256 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 		 247 aa  136  3.0000000000000003e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.169085  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2067  short chain dehydrogenase  34.82 
 
 		 265 aa  135  4e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0338341  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0292  short chain dehydrogenase  34.67 
 
 		 243 aa  133  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.640514  hitchhiker  0.000719162 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3502  putative oxidoreductase  35.84 
 
 		 244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.398353 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0209  short chain dehydrogenase  37 
 
 		 244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.665383  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1856  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.97 
 
 		 235 aa  117  9.999999999999999e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.21396  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0874  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 		 254 aa  118  9.999999999999999e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.74 
 
 		 239 aa  113  3e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6205  short chain dehydrogenase  31.17 
 
 		 274 aa  95.9  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.218013  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.85 
 
 		 300 aa  95.5  6e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3439  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.16 
 
 		 270 aa  95.1  7e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.349709 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.33 
 
 		 317 aa  95.1  8e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1778  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.56 
 
 		 243 aa  95.1  8e-19  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.809428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3255  putative short chain dehydrogenase  30.17 
 
 		 413 aa  95.1  8e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.695501  normal  0.516031 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.8 
 
 		 271 aa  94.4  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.318083 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.13 
 
 		 418 aa  94.7  1e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2675  hypothetical protein  30.53 
 
 		 417 aa  94.7  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6716  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.25 
 
 		 247 aa  94  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.06 
 
 		 338 aa  93.6  2e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1655  hypothetical protein  33.87 
 
 		 283 aa  93.2  3e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2175  short chain dehydrogenase  34.09 
 
 		 272 aa  93.2  3e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.328635  hitchhiker  0.00607004 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2060  short chain dehydrogenase  33.64 
 
 		 270 aa  92.8  4e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1648  hypothetical protein  33.87 
 
 		 283 aa  92.8  4e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2965  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.02 
 
 		 293 aa  92.8  4e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.23 
 
 		 254 aa  92.8  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.496264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3562  short chain dehydrogenase  33.02 
 
 		 236 aa  92  7e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1505  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.44 
 
 		 244 aa  91.7  8e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0160485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1782  short chain dehydrogenase  32.09 
 
 		 236 aa  91.7  9e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0228  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.3 
 
 		 306 aa  90.5  2e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2279  short chain dehydrogenase  37.02 
 
 		 272 aa  90.9  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.15727 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0513  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 		 233 aa  90.9  2e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 		 254 aa  90.5  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.251484  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1497  protein of unknown function DUF35  29.33 
 
 		 417 aa  89.7  4e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10768  putative oxidoreductase  35.62 
 
 		 304 aa  89.4  4e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.465871  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.79 
 
 		 258 aa  89.4  5e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.79 
 
 		 314 aa  89  6e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0687851  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5847  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.49 
 
 		 281 aa  89  6e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10492  short-chain type oxidoreductase  35.78 
 
 		 251 aa  88.6  7e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.591118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 		 243 aa  88.6  8e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1616  short chain dehydrogenase  32.12 
 
 		 236 aa  88.2  9e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.124879  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1818  short chain dehydrogenase  32.12 
 
 		 236 aa  88.2  9e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4153  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.69 
 
 		 273 aa  87.8  1e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1996  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.62 
 
 		 279 aa  88.2  1e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000141613  normal  0.0207226 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.21 
 
 		 268 aa  87.8  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.710903  normal  0.301955 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6615  short chain dehydrogenase  32.11 
 
 		 271 aa  88.2  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.522985  normal  0.0823373 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.17 
 
 		 261 aa  87.8  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0587036  normal  0.882414 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4962  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.07 
 
 		 290 aa  87.8  1e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.00000187582  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.38 
 
 		 268 aa  88.2  1e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2049  short chain dehydrogenase  33.18 
 
 		 286 aa  87.8  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000200632 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>